细菌真菌的分类也是根据它们的什么特征进行
细菌（英文：germs；bacteria）隶属生物学一类,是一类形状细短,结构简单,多以二分裂方式进行繁殖的原核生物,是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体,是大自然物质循环的主要参与者.细菌主要由细胞壁、细胞膜、细胞质、核质体等部分构成,有的细菌还有夹膜、鞭毛、菌毛等特殊结构.绝大多数细菌的直径大小在0.5μm之间.可根据形状分为三类,即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧形菌）.还有一种利用细菌的生活方式来分类,即可分为三大类：腐生生活、寄生生活及自养生存.
真菌（fungus；eumycetes）是具有真核和细胞壁的异养生物.种属很多,已报道的属达1万以上,种超过10万个.其营养体除少数低等类型为单细胞外,大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体.低等真菌的菌丝无隔膜,高等真菌的菌丝都有隔膜,前者称为无隔菌丝,后者称有隔菌丝.在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质,其次是纤维素.常见的真菌细胞器有：细胞核,线粒体,微体,核糖体,液泡,溶酶体,泡囊,内质网,微管,鞭毛等；常见的内含物有肝糖,晶体,脂体等. 真菌通常又分为三类,即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌）,它们归属于不同的亚门. 大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核,大多数属于担子菌亚门,少数属于子囊菌亚门.常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等.它们既是一类重要的菌类蔬菜,又是食品和制药工业的重要资源.
1、细菌：
可根据形状分为三类，即：球菌、杆菌和螺形菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。 还有一种利用细菌的生活方式来分类分为两大类：自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。
2、真菌：1729年，米凯利（Micheli）首次用显微镜观察研究真菌，提出了真菌分类检索表。1735年，林奈在《自然系统》等书中将真菌分为10属。以上工作即为真菌分类研究的起点，当时设置的一些属名至今仍沿用。1772年，林奈“双名法”的采用，对真菌分类学的发展起了巨大的推动作用。在很长一段时间里，依据林奈最早提出的两界说，真菌一直被列入植物界。现代分类学家已趋向于将真菌划分成一个单独的界——真菌界（KingdomFungi），在界下设真菌门和粘菌门。
贝塞（1950）：将真菌界划分为粘菌类、藻状菌纲、子囊菌纲、担子菌纲和半知菌纲。
惠特克（1969）：在界下设立三个亚界：裸菌亚界、双鞭毛亚界、真菌亚界；在真菌亚界下又设了后鞭毛分支和无鞭毛分支；在后一分支下才划出了接合菌门、子囊菌门和担子菌门。
安斯沃思（Ainsworth，1971、1973）：在真菌界下设立两门：粘菌门和真菌门。与以往不同的是，他将藻状菌进一步划分为鞭毛菌和接合菌，将原来属于真菌门的几个大纲，在门下升级至亚门，共有五亚门：鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。
马古利斯（1974）：其分类系统把粘菌排除在真菌界之外，将地衣包括进来，在界下直接设接合菌门、子囊菌门、担子菌门、半知菌门和地衣菌门。亚历克索普罗斯（Alexo-poulos）（1979）将真菌界分为裸菌门（即粘菌门）和真菌门，后者又分为鞭毛菌门（分单鞭毛菌亚门、双鞭毛菌亚门）、无鞭毛菌门（分接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门、半知菌亚门）。
阿尔克斯（1981）：将前人归入鞭毛菌亚门（纲）的一些种类独立提出，将其升级至门，设立了粘菌门、壶菌门、卵菌门和真菌门；在真菌门划出六纲：接合菌纲、内孢霉纲、焦菌纲、子囊菌纲、担子菌纲和半知菌纲。
产生多个分类系统的原因，是学者们在考虑真菌的亲缘关系时，对一些有用的标准评价不一。
一个理想的分类系统应该能正确反映真菌的自然亲缘关系和进化趋势。在现今已有的众多分类系统中，还没有一个被世界公认而确定合理的分类系统。
在将多个分类系统加以比较之后，多数人认为安斯沃思和亚历克索普罗斯二人的系统较为全面，接近合理，又反映了新进展的内容，已被越来越多的人所接受。安斯沃思将真菌门分为5亚门，18纲，68目。
