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鲜花的颜色主要由花中的色素决定。花的色素主要有类胡萝卜素和花青素，类胡萝卜素使花瓣呈现黄色或橙;花青素则使花瓣呈现出红色、蓝色或紫色;如果花瓣细胞里不含任何色素，花就是白色的。
花瓣中含有各种色素，正是因为这些色素，才形成了花儿的五颜六色。造就花儿色泽最主要的色素，叫做“花青素”，它分布在细胞的液泡内，控制花的粉红色、红色、紫色及蓝色等颜色变化。花青素很调皮，在不同的环境下，会形成不同的颜色。在酸性溶液中，它呈现红色，酸性愈强，颜色愈红，比如一串红等。在碱性溶液中，它呈现蓝色， 碱性较强，会成为蓝黑色， 如墨菊、黑牡丹等。而当它处于中性环境的时候，则是紫色，比如桔梗花等。花青素虽然神通广大，但花的颜色并不全由它来控制，广泛存在于花瓣中的另一类色素，是类胡萝卜素。这种色素 “色如其名”，呈现出的色彩类似胡萝卜的颜色。目前已发现的类胡萝卜素有600多种以上，不同种类的类胡萝卜素能使花显出黄色、橙黄色、橙红色等。比如，黄色的迎春花花瓣内色素的主要成分就有类胡萝卜素。
此外，影响花朵颜色的色素还有类黄酮、醌类色素、甜菜色素等。万紫千红， 五彩缤纷， 主要就是因为，不同植物花朵内的色素成分和比例都不同所造成的。至于白花，那是因为细胞液里不含色素的原因。而绿色花，则是含有叶绿素的缘故。
由此看来，花朵内的色素对花色的形成起了关键性的作用，不过，色素并不是影响花色的唯一因素。花瓣组织结构的差异会影响对光的折射、反射，从而影响花朵颜色。同时生态因子也会影响花色，如光照、温度、湿度、土壤养分含量，会影响花瓣细胞的pH值， 酶、糖含量、花青素的稳定性等，进而影响花色素的合成或者导致有些花色素的分子结构改变， 造成花瓣呈现出不同的颜色。而且无色花也许存在，但一定是变异种，而且花的颜色很重要，无色花基本不可能存活。
