林肯上任后不久,南部奴隶主挑起了南北战争。在这场战争中,林肯肩上的担子之沉重,是以往绝大多数美国总统无法比拟的。但是,他凭借着自己的非凡毅力和决心履行了自己的职责,即使在遭到诋毁时,也从未动摇他的方向:恢复联邦、废除奴隶制。1862年9月,林肯发布了著名的《解放黑奴宣言》,宣布废除奴隶制,解放黑奴。1864年6月南北战争以北方胜利而告结束,它标志着奴隶制的彻底崩溃。
由于林肯的卓越功绩,1864年11月8日他再次当选为美国总统。然而,还没等林肯把他的战后政策付诸实施,悲剧发生了。1865年4月14日晚10时15分,林肯在华盛顿福特剧院遇刺。凶手是一个同情南方的精神错乱的演员。1865年4月15日,亚伯拉罕·林肯去世,时年56岁。林肯去世后,他的遗体在14个城市供群众凭吊了两个多星期,后被安葬在普林斯菲尔德。