我觉得这其中的原因大概可以分为两方面,刘秀的才智以及刘玄的不作为。
从历史记载中我们可以看到,刘玄本人当上了皇帝之后,做出了许多错误的决定,首先是他引起了当时功臣的不满。因为在推翻王莽政权之中,有一支军队赤眉军在其中起到了非常关键的作用。然而在刘玄当上了皇帝之后,不仅仅是没有论功行赏,反而是收回了赤眉军部分将领的权利,仅仅是封了一个爵位,毫无作用。所以说这些人心中愤愤不平,也就不再尽心尽力。
而且当时刘玄太没有自己的主见,也可以说耳根子软,常常被别人牵着鼻子走。具体表现在每每遇到大事情的时候,他往往会听取一些文臣的意见,并且过于依赖。所以说他因此而下达了许多非常错误的指令,并且毫不自知。这些不仅仅逐渐的瓦解了他在当时的平民百姓心中的地位,也让他的政权也岌岌可危。
最重要的一点是刘玄以谋反的罪名杀掉了刘秀的哥哥,并且把刘秀发配到了边缘的地区,刘秀的内心彻底的起了反叛之心。而且刘玄并没有防备刘秀,没有足够的危机意识。这才使得刘秀在当时的地区暗暗的积蓄兵力,并且逐渐的甚至可以称是非常迅速的发展壮大起来。一直到被攻打到眼前,刘玄才意识到自己就是放虎归山,但是此时已经没有了翻盘的能力。所以说刘玄建立起来的政权仅仅是在两年之间就已经全盘覆灭,刘秀也因此建立了东汉,成为了开国皇帝。
总得来说,刘玄虽然推翻了王莽的政权,但是他本人并没有什么能力,所以说到最后才会在短短的时间内被刘秀打败。简而言之,就是能力的问题,能者居之。