就在黄兴以为革命成功时,1913年3月20日,袁世凯派人刺杀了国9党重要领导人宋教仁,接着又派兵南下,企图一举扑灭南方革命力量。革命党人毫无准备,连吃败仗。黄兴对袁世凯的幻想破灭。7月12日,原江西都督李烈钧起兵讨袁,“二次”革命爆发。14日,黄兴到了南京,召集军事会议,决定出兵讨袁。但因种种原因,“二次革命”也失败了。黄兴先后流亡日本、美国。袁世凯死后,1916年7月8日,黄兴由日本回到上海。他和孙中山合作,共商建国大计。不久,因操劳过度,旧病复发,于10月31日去世,时年42岁。1917年春安葬湖南长沙岳麓山。