主要区别是，性质不同、形成不同、组成不同，具体如下：
一、性质不同
1、种皮
种皮 ，指被覆于种子周围的皮。
2、果皮
果皮是指果实外壳或外皮。
二、形成不同
1、种皮
随种子的成熟，胚珠的珠被经不同程度的变化而形成。
2、果皮
果皮由子房壁的组织分化、发育而成的果实部分。
三、组成不同
1、种皮
裸子植物和被子植物合瓣花类是由一层构成的，离瓣花类和单子叶植物是由二层构成的。由二层构成的种皮，特分为内种皮和外种皮。
2、果皮
成熟的果皮一般可分为外果皮、中果皮、内果皮3层。
参考资料来源：百度百科-种皮
参考资料来源：百度百科-果皮
