根腐病主要危害西红柿根部，发病初期于主根和茎基部产生褐色斑，后逐渐扩大、凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎。纵剖茎基部或根部，维管束变为深褐色，之后根茎腐烂，不生长新根，发病后期，病株多枯萎而。
西红柿根腐病病原属半知菌亚门真菌，病菌以菌丝体和卵孢子随病残体在土壤中越冬。在苗床内传播主要是带菌的土壤、肥料、农具和浇水等。病菌从幼苗伤口侵入，再借雨水、灌溉水传播。高温、高湿宜于此病发生。苗床连茬、地面积水、施用未腐熟的肥料、地下害虫多、农事活动造成根部伤口多的地块发病较重。
防治措施：
农业措施。做好苗床土壤消毒工作，培育无病壮苗。平整土地，做好排灌系统、高畦栽培。重病地与非茄果类、瓜类蔬菜实行3年以上轮作。加强水肥管理，适时适量灌水，浇小水，切忌大水漫灌。雨后及时排水，浇水后及雨后适时中耕松土。施用充分腐熟的粪肥，增施磷、钾肥，避免肥料施用不当烧伤根系。初见发病植株及时拔除烧毁。
药剂防治。发病初期及时进行药剂防治，使用乾农“万稼能重茬根腐专用”微生物菌剂进行防治，历经多年的大面积田间使用数据表明，对由重茬病害、土传病害，根腐病，病毒病害、苗，烂根，棵，立枯病、猝倒病等作物根部病害，都有很好的防治效果。
一、烂根原因
1 青枯病
此病多发生在开花结果期，而且发病急、蔓延快，往往植株成片青枯死亡。发病初期首先是顶端叶片萎蔫下垂，然后是下部叶片凋萎，最后才在中部叶片发病。也有的病株在一侧萎蔫或整株叶片同时萎蔫。发病初期白天萎蔫，傍晚恢复，一般7～8 d死亡。病叶浅绿，病茎表面粗糙，茎中下部增生不定根或不定芽。维管束变褐，手压茎横切面，可见白色菌液流出。
2 枯萎病
一般自结果初期开始发病，发病初期只在病茎一侧自下而上出现凹陷，致一侧叶片发黄，有时也半边叶片或半边花序发黄。开始中下部叶片在中午前后萎蔫，而早晚尚可恢复，以后随着病情的加重，叶片自下而上变黄，根部软腐，一般经过15～30 d枯死。近地面茎基部呈水渍状，高湿时会产生粉红色或蓝绿色霉状物。纵剖病株基部，可见维管束变褐。挤压茎秆横断面，无乳白色粘液流出，别于青枯病。
3 疫霉根腐病
一般结果以前发病，发病初期茎基部或根部产生褐色病斑，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎或绕根1周，茎叶萎蔫，进而全株萎蔫。拔出病株可见粗根变褐，细根腐烂。剖开病根茎，可见一段维管束发生变褐，不长新根，植株逐渐枯萎死亡。此病主要是定植后地温低，土壤湿度大，且持续时间长，或遇连阴天放风不及时，形成高温高湿条件造成的，尤其是大水漫灌后加重该病的发生和蔓延。
4 茎基腐病
定植前后至结果期均可发病，发病初期茎基部皮层生有暗褐色斑点，逐渐扩展成病斑，叶片变黄，晴天中午前后出现萎蔫现象，当病斑绕茎基部1周，表皮层腐烂，病株即可死亡。后期叶片为黄褐色枯死，病叶残留在枝上一般不脱落。拔出病株，根系并不腐烂，剖开病茎基部，可见木质部变为暗褐色。后期病部常形成黑褐色大小不一的菌核，别于早疫病。
5 土壤湿度大
由于冬季大棚内温度低，湿度相对较大，植株叶片的蒸腾量小，大量浇水造成地温过低，土壤通气性不良，引起沤根的现象。
6 夜温低
根系生长的适宜温度为20～30℃，低于13℃生理机能下降。长期13℃植株生长不良，6～8℃停止生长。大棚内夜间气温应保持在15℃以上才能保证地温在20℃以上。
7 昼夜温差大
番茄结果期的适宜温度，白天为25～28℃，夜间为16～20℃。当长时间夜间温度低于15℃，且日温高于30℃时，地下部根系受损，地上部蒸腾过大，从而引起植株萎蔫。
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二、防治方法
1 选择抗病品种。冬暖棚栽培的品种应采用无限生长型、大果、耐寒、耐阴、抗病的优良品种。
2 多施有机肥。容易发生沤根的土壤多是粘重、透气性差的粘壤土。有机肥不但营养全面丰富，而且能有效改善土壤团粒结构，增加土壤通透性，预防病害的发生。
3 栽前高温闷棚。特别是重茬的土壤内有多种致病菌，高温闷棚可杀菌防病，方法是：在定植前7～10 d，将棚内土壤深翻20 cm，喷洒多菌灵杀菌剂，盖好薄膜使棚内温度达50～60℃，闷棚5～7 d，重茬病重地块可重复2～3次。
4 控制浇水次数和时间。冬暖棚由于温度低，土壤水分蒸发较少，应适当控制浇水，不能大水漫灌，也可隔1行浇1行。浇水的时间应掌握在“寒流尾，暖流头”，寒流或连阴天时不能浇水。
5 提高夜温。影响冬暧棚蔬菜生产的制约因素主要是夜温，提高夜温方法主要是加厚草苫，厚度以白天盖棚后棚内不见光为准。双层膜覆盖，即夜间草苫上加盖一层薄膜，既可保温，又可保护草苫不受雨雪侵蚀。
6 加强棚内通风透光。冬暖棚内特别是浇水以后(在保证棚温的前提下)应增加通风透光量，减少棚内空气和土壤湿度，防止病害发生。
7 倒茬换土。任何蔬菜长期在同一地块内种植，会造成病原菌大量繁殖，倒茬换土是防止重茬病害发生的有效措施。
8 青枯病防治：发病初期用72％农用链霉素4000倍、或77％可杀得可湿性粉剂500倍、或25％络氨铜水剂500倍灌根，每株用药液300～500mL，每隔8～10 d灌1次，连灌2～3次。
9 枯萎病防治：发病初期可用70％甲基托布津可湿性粉剂800倍、或50％多菌灵可湿性粉剂600倍、或70％恶霉灵可湿性粉剂2000倍灌根，每株用药液100mL，7～10 d灌根1次，连续进行3～4次。
10 根腐病防治：发病初期用72，2％普力克水剂600倍、或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍、或97％恶霉灵可湿性粉剂2500～3000倍、或70％恶霉灵可湿性粉剂2000倍灌根，每株用药液100mL，7～10 d灌根1次，连续进行2～3次。
11 茎基腐病防治：发病初期用97％恶霉灵可湿性粉剂2500～3000倍、或20％甲基立枯磷乳油1200倍喷洒茎基及土壤、或在病部涂抹200倍五氯硝基苯粉剂加200倍50％福美双可湿性粉剂。也可在茎基部堆施97％恶霉灵可湿性粉剂加萘乙酸药土，在病株基部覆堆，把病部埋上，促其在病斑上方长出不定根，可延缓寿命，争取产量。
