Question

请教GST pull-down assay和免疫共沉淀的区别

Answer 1

GST pull-down一般指用一个带GST标签的重组蛋白，与目的蛋白进行孵育，最后用结合GST的Beads拉下相互作用复合物。
免疫共沉淀一般是用某一蛋白的抗体，在细胞裂解液中与相应的蛋白结果，用Protein A/G将抗原抗体复合物拉下，最后在拉下的复合物中检测目的蛋白的实验。
二者都是用于检测蛋白相互作用的实验。
区别是pull-down一般是验证 体外 相互作用；免疫共沉淀一般用于检测细胞水平的 体内 相互作用。

Answer 2

两者原理和操作上都有一定的区别，比如做GST pull down的蛋白要有标签，但是做免疫共沉淀就用不到，但是做免疫共沉淀需要额外准备抗体。（当然GST蛋白也需要准备抗体，毕竟事后要做WB的）
另外两者都可以测两种已知蛋白是否有相互作用或利用已知蛋白去调未知蛋白。本质上没什么区别，根据自己的情况选择吧。
最后一点要说的就是，CO-IP比较好的一点，就是可以模拟体内互作的情况，结果更真实一点。