求助靶基因go分析,注释和富集
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2016-12-28
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1. Pathway功能分析及显著性判断
对差异表达基因进行Pathway功能分析,并计算Pvalue进行显著性判断,Pvalue越小,表明该pathway变化越显著,并可对每条Pathway通路图进行展示,同时在相应的位置标注差异表达基因。
2. Pathway中基因相关性分析
根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计,绘制基因共相关点线图,进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”,在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息,包括树形及与父结点、子节点关系。
对于未知基因名的序列,可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”,进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件,检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例,“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。
对差异表达基因进行Pathway功能分析,并计算Pvalue进行显著性判断,Pvalue越小,表明该pathway变化越显著,并可对每条Pathway通路图进行展示,同时在相应的位置标注差异表达基因。
2. Pathway中基因相关性分析
根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计,绘制基因共相关点线图,进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”,在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息,包括树形及与父结点、子节点关系。
对于未知基因名的序列,可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”,进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件,检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例,“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。
研载生物科技(上海)有限公司_
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