非营利性医疗机构的性质区别
1、经营目标不同
营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化;非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
2、分配方式不同
营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
3、处置财产方式不同
营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产;而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。
4、收支结余的用途不同
营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。
5、是否享受财产补贴
政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。
6、价格标准不同
营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格.，非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。
根据卫生部、财政部、国家计委《关于城镇医疗机构实施分类管理的意见》中指出：“城镇个体诊所股份制、股份合作制和中外合资医疗机构一般定为营利性医疗机构。” 根据财政部、国家税务总局《关于医疗、卫生机构有关税收政策的通知》(财税<2 O O O>4 2 号)，对营利性医疗机构有关政策是：该机构取得的收入应按规定征收各种税收。为了支持营利性医疗机构自身的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，可自取得执业登记之日起，三年内给予以下优惠政策：对其取得的医疗收入免征营业税；对其自用的房产土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。
对非营利性医疗机构的政策是：(1)按照国家规定取得的医疗收入免征各种税收，不按照国家规定价格取得的收入，不得享受这项政策。(2)从事非医疗服务取得的收入，应按照规定征收各种税收。(3)非营利性医疗机构将取得的医疗服务收入，直接用于改善医疗条件的部分，经税务部门批准，可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税;(4)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。 现在，在规范营利性和非营利性医疗机构还存在着一些值得注意的问题。有许多个体诊所，承担了很少量妇幼保健防疫业务，便打着村卫生室的牌子，认为自己就是非营利性医疗机构，就要享受相应的税收优惠。
村级卫生组织是农村社会公益机构，是三级医疗预防保健网的基础。主要职能是：实施计划免疫、妇女、儿童保健业务服务，传染病和地方病防治、开展农民常见病、多发病诊治和危重病人就医指导，承担农村合作医疗保健制度的卫生服务。在本行政村区域内，原则上设置一个卫生室，并接受当地卫生行政部门和村委员领导，接受乡镇卫生院业务监督和指导，各项业务收入和经济往来由集体管理，收入不归自己所有，是一个非营利性医疗机构。
而那些假“卫生室”往往是个人出资兴办，以营利赚钱为目的，收支结余不是扩大医疗规模，改善医疗条件，归个人消费使用。提供的医疗、服务价格不是按照政府主管部门制订基准价，而是以市场调节价，自主订价的，不享受同级财政补贴，不受本行政区域内村委会领导，和当地乡镇卫生院业务监督和指导，根本不符合非营利性医疗机构条件。对这种钻政策空子的行为，可定性为偷税，应予以严厉查处。
