Question

如何用perl访问二维表格，并提取其中的三列数据？

我用SSRlocator进行SSR位点分析，得到的结果为一个电子表格，我想提取其中的表示位点在基因组位置的三列，然后，提取这个相应的序列进行同源性比对，请问这个用程序应该如何实现？如果比较麻烦的话，只需要回答如何访问得到电子表格中的三列数据即可，后面的我自己想办法实现……

如图，想提取contig，start_SSR及End_SSR三列

Answer 1

你这个数据看起来是文本，可以用记事本打开确认，如果是文本数据，PERL读取是很容易的，open打开文件，以行为单位读入，使用split分为数组，然后取你需要的就可以了，大概的代码如下：

my ($str,@arr);
open(FD,'xxx.txt');
while($str=<FD>){
    @arr=split(/\s+/,$str);
    print $arr[1]."\t".$arr[5],"\t".$arr[6]."\n";
}
close(FD);