台湾百合的剧情概要
第一集开始，叙述到国民政府怎样施压二二八事件，之后平民就过著被施压的日子，无时无刻不能随意乱说话，以免被国民政府的特务抓去审问。一名菜贩吴文章正在卖菜的时候，有个候选人拿着爱国的旗帜，随意插在萝卜上，吴文章很生气，觉得这种旗帜，拿来擦屁股都还嫌太粗，也影响了吴文章做生意，就随即将旗帜拔起来任意丢弃，有个国民政府的官员，看到此情景，非常生气，说怎么可以这么不爱国，但卖菜的菜贩只会说闽南语，沟通与解释上都很困难，还好有一位小姐会说“官话”（即国语），也会说闽南语，当场解决了这一场尴尬。后来跑来一名谁都没看过的人，随意撒了传单，传单上鼓吹“工农兵大团结”，吴文章搞不清楚怎么一回事，随即捡起来看，想不到吴文章这么一捡，但却逃跑得最慢，被国民政府“逮个正著”，当场就将吴文章，还有拿到传单的“可疑人士”抓起来，成了名副其实的政治犯。
另外一方面，一位国小女老师王美琴，借给一名大陆人士阿凤风琴，并弹奏起大陆地方的歌曲，当时，弹奏大陆地方的歌曲是严重违法的，有叛国之嫌疑，故此时国民政府以迅速的方式，也将王美琴与阿凤被逮捕起来，也成了“名副其实”的“女政治犯”。
剧中叙述到国民兵是怎样对待政治犯，也要他们一定要即时回头，“忠党爱国”。
剧中有许多不人道的虐待方式，其中一集，因一位女囚犯反嘴了项萍，项萍火大了，把这位女囚犯五花大绑，并吊在半空中，看似“天鹅样”，并要其他也笑项萍的女囚犯们，以“交互蹲跳”的方式，进行“癞蛤蟆吃天鹅肉”的“惩罚”。
另外一项“不仁道”的惩罚，就是将表现不好的囚犯，关入“水牢”内，当时的囚犯，美名水牢是“海底大饭店”，实际上，被囚禁在水牢内，是非常痛苦的，水牢底部都是海水，脚很难踏到底，要囚犯抓住铁窗的栏杆不是，要囚犯落入海底也不是，不擅长游泳的囚犯，就很容易淹死在“海底大饭店”内，或者是天气寒冷的时候，很多身体勇健的囚犯，或者是擅长游泳的囚犯，也因为太冷而冷死在“海底大饭店”内。
还有一次，孔处长将一名囚犯丢入石油桶内，然后从阶梯的最高处朝着石油桶踢，结果石油桶“受了地心引力”的影响，石油桶每落到一阶，囚犯就痛苦得大叫，落到底的时候，囚犯也不省人事，以杀鸡儆猴的方式，告诫其他的政治犯不可以随便乱来，否则下场就像这位在石油桶内的囚犯一样，生不如死。
电视剧的取景，以绿岛监狱为主，当然为了顺应“复古风”，后阶段的取景，也采用台北的红楼剧场拍摄，具有其“地方特色”，也顺应当时的“民风淳朴”。
最后一集中，特务马面仍然找“政治犯”的麻烦，搜出了“美丽岛杂志”，但政府于1987年解禁（包括解除报禁、党禁等）后，整个事件材告一落幕，政府开放大陆探亲后，朱队长也趁此返回大陆探亲，虽然解禁，朱队长仍然感到别扭，仍然摆脱不了以前的一些习惯；最后曾经是政治犯的居民，又快乐的在红楼剧场前，一起玩骰子、吃香肠，长达三十八年、人人闻之色变的“白色恐怖”，划下了休止符，《台湾百合》连续剧，也圆满落幕；剧中一些军官演员，也著军服向二二八事件罹难者哀悼。
