Question

it's been three years since we last saw them这个it's为什么是it has？能否用It was 代替it's？

Answer 1

因为这个句子的时态是现在完成进行时，所以it's代表着it has。
It's可以代表很多含义，也可以代表It was。但是在这个句子里面不能用It was 代替it's。

现在完成进行时，是英语中，动词的一种基本时态，其构成为：主语+助动词（have/has）+been+动词的现在分词+其他成分。表示动作从某一时间开始，一直持续到现在，或者刚刚终止，或者可能仍然要继续下去。（与since，for连用时，要用连续性动词，不可用瞬间动词，但连续性动词常常表示动作会进行下去）
也可以表示某种经历。
但注意，现在完成进行时所应用的语境必须是现在（now等状语的提示或者根据上下文、语境）的，不能应用在过去的语境（如出现明确表示是在过去某一个时刻的状语）。
现在完成进行时(Present perfect continuous)
主语+have/has+been+动词-ing(延续性动词)
（一）表示从过去某时开始一直持续到现在的动作，并且还将持续下去。
The Chinese have been making paper for two thousand years.中国有2000年的造纸历史。（动作还将继续下去）
I have been learning English three years ago.三年以来我一直在学英语。（动作还将继续下去）
（二）表示在说话时刻之前到现在正在进行的动作。
We have been waiting for you for half an hour.我们已经等你半个钟头了(人还没到，如同在电话里说的，还会继续等)
（三）有些现在完成进行时的句子等同于现在完成时的句子。
They have been living in this city for ten years.
They have lived in this city for ten years.
他们在这个城市已经住了10年了。（动作还将继续下去）
I have been working here for five years.
I have worked here for five years.
我在这里已经工作五年了。（动作还将继续下去）

Answer 2

不行，因为这句句子是过去完成时，因为这句话翻译成“距离我们上一次看到他们已经过去三年了”，你看，后面用的是“saw”过去式，而因为我们上一次“saw”他们已经是在三年前，也就是比“saw”过去式更早的时态，也就是过去完成时，所以要用have/has been而不能用was been。