1、初始确认时交易费用处理方式不同。
资产在初始确认时交易费用处理方式的不同是由企业持有金融资产的意图不同而造成的，企业持有交易性金融资产主要是为了短期内进行交易，获取交易差价，因此持有该金融资产的目的主要就是获取投资收益；
因此该资产在取得过程中发生的成本之外的交易费用，就是投资者为了取得投资而先付出的代价，因此交易性金融资产的交易费用应该计入“投资收益”的借方；但是，可供出售金融资产的持有意图和持有期间并不确定；
因此，为了避免企业尤其是上市公司利用交易费用调节利润，对于企业持有时间不确定或者是长期资产的交易费用一般是计入到资产的入账价值中的。
2、资产负债表日，资产的公允价值变动处理方式不同。
交易性金融资产的公允价值变动计入当期损益是由它的持有意图决定的，由于交易性金融资产持有时间短，仅是为了赚取差价，因此短期内会处置，所以公允价值变动可以通过“公允价值变动损益”直接计入当期损益；
而可供出售金融资产由于持有意图不明确，持有期间不确定，为了防止企业利用金融资产公允价值变动来人为调节利润，所以可供出售金融资产持有期间的公允价值变动要计入“资本公积—其他资本公积”，等到处置的时候才可以转入当期损益。
3、资产减值损失处理方面不同。
交易性金融资产的公允价值变动直接计入了当期损益，主要是因为持有期限短，不涉及到减值测试和实际利率摊销问题，而且交易性金融资产正常的价值波动已经直接计入了当期损益，计提减值准备也是计入当期损益，因此二者造成的结果一样，不需计提减值准备；
而可供出售金融资产的公允价值发生非暂时性下跌，应当将原计入所有者权益的公允价值下降形成的累计损失，一并转出计入当期损益，主要是因为可供出售金融资产在持有期间的公允价值变动是计入“资本公积—其他资本公积”的，影响的是权益而不是损益，而资产减值的话是会对当期利润造成影响的。
参考资料来源：百度百科—交易性金融资产
参考资料来源：百度百科—可供出售金融资产
交易性金融资产是指：企业为了近期内出售而持有的金融资产。通常情况下，以赚取差价为目的从二级市场购入的股票、债券和基金等，应分类为交易性金融资产，交易性金融资产是07年新增加的科目，主要为了适应现在的股票、债券、基金等出现的市场交易，取代了原来的短期投资，与之类似，又有不同。
可供出售金融资产，是指初始确认时即被指定为可供出售的非衍生金融资产，以及没有划分为持有至到期投资、贷款和应收款项、以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产的金融资产。通常情况下，划分为此类的金融资产应当在活跃市场上有报价，因此，企业从二级市场上购入的有报价的股票、债券、基金等，没有划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或持有至到期投资等金融资产的，可以划分为可供出售金融资产。
在出售时的区别
若为交易性金融资产，按实际收到的金额，借记“银行存款”等科目，按期帐面余额，贷记“交易性金融资产（成本、公允价值变动），其差额记入“投资收益”，同时将在资产负债表日已记入“公允价值变动损益”的部分记到“投资收益”中。
若为可供出售金融资产时，按实际收到的金融，借记“银行存款”等科目，按帐面余额，贷记“可供出售金融资产（成本，公允价值变动、应计利息、利息调整）”，将该项可供出售的金融资产在资产负债表日已记入“资本公积—其他公积”的累计变动额转出，其差额记入“投资收益”。
