只要是种子植物都具有这两个基本特征:第一,体内有维管组织,即有韧皮部和木质部;第二,能产生种子并用种子繁殖。种子植物可分为裸子植物和被子植物。二者在种子的形态上就可以得到区分,裸子植物的种子是裸露着的,其外层无果皮包被,而被子植物的种子则有果皮包被。
花粉管的产生与种子的出现有着紧密的联系,花粉管将精子送到卵旁,这样受精这个重要的环节就不再受环境的限制。它们的孢子体发达,高度分化,并占绝对优势;相反配子体则极为简化,不能离开孢子体而独立生活。种子最早产生于裸子植物中的种子蕨目,其中最原始的化石种子蕨植物在上泥盆纪地层中发现。不管是种子植物,还是蕨类植物都具有世代交替。