一、概念不同
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
城镇职工基本医疗保险是党中央国务院为适应社会主义市场经济体制，根据财政，企业和个人的承受能力，建立保障职工基本医疗需求的社会医疗保险制度。
二、基本原则不同
新型农村合作医疗基本原则：
1、强调自愿参加，多方筹资。农民以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，遵守有关规章制度，按时足额缴纳合作医疗经费；乡(镇)、村集体要给予资金扶持；中央和地方各级财政每年要安排一定专项资金予以支持。
2、强调以收定支，保障适度。新型农村合作医疗制度要坚持以收定支，收支平衡的原则，既保证这项制度持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。
3、强调先行试点，逐步推广。建立新型农村合作医疗制度必须从实际出发，通过试点总结经验，不断完善，稳步发展。要随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高新型农村合作医疗制度的社会化程度和抗风险能力。
三、覆盖范围不同
新型农村合作医疗制度的覆盖范围只有农民。
城镇职工基本医疗保险的覆盖范围为城镇所有用人单位，包括企业(国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等)、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加基本医疗保险。
扩展资料：
社会保险中最基本最重要的一点就在于，它强调的不是个人成本收益的平等，而是保险金的社会满意度。新型农村合作医疗作为一种社会保险，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满意主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。
就参加新农合而言，很多人都是在外打工或做生意，很多都无城镇医保，故只有合作医疗现实，但却要在户籍地参加新型农村合作医疗，不能在居住地交，很不方便。
就报销而言，参保者大部分的费用都是门诊费用，在居住地不能报销，拿回户籍地还是得不到报销，即便是住院费用，回到户籍地报销也要看金额多大，如果不太大的话，来回成本太高不值得。所以解决的办法是尽快解决支付渠道，尽快实现异地结算、方便结算，尽快实现全国一卡通，方便交费也方便报销。不但合作医疗管理机构可报销、定点医院、定点药店也应可以当场报销。
参考资料来源：百度百科-新型农村合作医疗
参考资料来源：百度百科-城镇居民基本医疗保险
