Question

为什么明朝到中后期最能打的都是将领自己的部队？比如戚继光的戚家军，卢象升的天雄军，孙传庭的秦军，

秦良玉的白杆兵，袁崇焕和吴三桂的关宁军等

Answer 1

所有的古代职业化军队都是这样的。不光明朝如此，唐代的安禄山、史思明也是一样的性质。不光是中国如此，罗马帝国时期的军团，或者更确切的说是前三头同盟时代之后的罗马军团，也是一样的。
职业化军人长期从军，每天只管训练，战斗经验丰富。自然比那些战时征兵役、原本只是农民的非职业军队战斗力强。将领长期指挥、控制手下的军队驾轻就熟，兵熟悉将，将熟悉兵。但是坏处是，士兵“唯知为将之恩泽而不知有天子”。反与不反仅凭将领的一念之差。忠臣有岳飞、戚继光，反臣有安禄山史思明。这些军队无论是否忠于朝廷，战斗力都非常强悍。
忠与奸也不是非黑即白，更多的时候是灰色的中间态。像安禄山那样从老早开始就打算举旗造反的、和像岳飞那样二话不说回京受死的，分别是两个极端。更多的时候是像凯撒一样，最初抱着振兴罗马的信念东征西讨，立功无数、歼敌无算。元老院最初也很信任凯撒。凯撒指挥军队的时候，年龄是不够的，元老院破格提拔他。制度规定执政官指挥军队期限只有一年，但凯撒说临阵换将这不是扯犊子吗，元老院只好破例让凯撒继续指挥。随着自身实力渐渐膨胀，一来是自己有了声望和实力，二来是元老院越来越怀疑和不信任他，元老院开始处处给凯撒使绊子，渐渐的与统治层产生了矛盾。最后我们看到，元老院发布最终劝告，逼迫凯撒交出兵权返回罗马。凯撒回去了，但他是带着跟随他多年的历战军团回去的。凯撒违抗元老院的命令杀回了罗马，但凯撒并没有背叛罗马，而是背叛了共和制度，取代议会自己当了独裁官，跟拥护元老院的庞培打内战。
所以说，封建制度下的职业军队，优点是战斗力强，缺点是容易反。这种所谓的“将领自己的部队”皇帝是又爱又怕的。

Answer 2

可能与封建制度中的分封制有关联。
即封建统治者以爵土分封给各诸侯，分区管理，被封的诸侯继续下发分封，这样逐级分封，下级对上级承担缴纳贡物，军事保卫，服从命令等义务。封建地方割据势力以此由来，这种培养个人亲信势力的封建割据制度也在古代军营里也比较常见。