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A、在纯种暗红眼♀×纯种朱红眼♂的正交实验中，F1只有暗红眼，说明暗红眼为显性，A正确；
B、正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY），得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，则F2中暗红眼与朱红眼的比为3：1，B正确；
C、根据解析暗红眼为显性，正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY）得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，其中雌果蝇的基因型为XAXa，反交实验中纯种朱红眼♀（XaXa）×纯种暗红眼♂（XAY）得到的F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），C正确，
D、根据C选项可知，反交实验中，F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），的F2的基因型是XAXa、XaXa、XAY、XaY，表现型比为1：1：1：1，所以子代暗红眼与朱红眼的比为1：1，D错误．
B、正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY），得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，则F2中暗红眼与朱红眼的比为3：1，B正确；
C、根据解析暗红眼为显性，正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY）得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，其中雌果蝇的基因型为XAXa，反交实验中纯种朱红眼♀（XaXa）×纯种暗红眼♂（XAY）得到的F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），C正确，
D、根据C选项可知，反交实验中，F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），的F2的基因型是XAXa、XaXa、XAY、XaY，表现型比为1：1：1：1，所以子代暗红眼与朱红眼的比为1：1，D错误．
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