Question

如何破解新冠病毒基因组全长序列？

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Answer 1

正如如大家所知，高通量测序在新冠病毒的鉴定及诊断中可以和RT-PCR法形成互补，这样不仅能够提高阳性检出率，而且还能进行并发检测，以提供更多的可能感染的病原信息。其中更为重要的是，高通量测序还可以对病毒的序列进行组装，以获得病毒的全长基因组信息，这样为追溯病毒的来源、监测病毒的变异趋势以及探究致病机理提供了研究基础。

科学家们为了获取完整的病毒基因组的序列，目前广泛应用到的高通量测序技术，就是将核酸序列打断成短片段从而进行测序，然后通过相应的分析软件将测得的短序列再进行拼接组装。然而，新型冠状病毒是一种新发病毒，人们在基因测序的深度、测序准确性以及重复序列比例等方面，到目前来讲还没有形成具有参考意义的经验值。那么也就是说如果要将海量的短序列还原出原始的基因组序列，则有可能会在序列拼接中出现以下问题：首先，出现测序错误，从而导致某些重叠的可信度低；再者，基因组序列的不完全覆盖以及高重复序列的干扰会影响基因短序列拼接的准确性和完整性；最后，宏转录组测序样本中的人源序列占到了85%以上，而病原序列仅占到5%左右，这就使得病毒基因组序列的拼接难度更高。

了为避免样本在采样、保存和运输过程中因不确定性而导致提取的核酸含量出现较大地差异，我们现在有两种方案：第一种是对于核酸含量高的样本建议进行rRNA去除再建库；第二种是对于核酸含量低的样本，直接进行RNA的建库，并加大基因测序深度。

通过病原鉴定系统对COVID-19序列进行数据分析并采用IDBA的方法完成基因的拼接。

Answer 2

这个破解难度还是非常高的，当前全国的专家都在对这件事进行努力。

Answer 3

关于新冠病毒的问题利用高通量测序技术快速鉴定并获取病毒基因组信息是认知病毒的关键 ，需要科学家做更深的研究。

Answer 4

需要对病毒进行采样，通过测序获取完整的新冠病毒基因信息，并对其进行重新组装。