1、奥运期间承担的赛事不一样：
2008年北京奥运会期间，国家游泳中心承担游泳、跳水、花样游泳等比赛。
鸟巢，作为北京2008年奥运会与残奥会的主会场，国家体育场（即“鸟巢”）承办北京奥运会、残奥会开闭幕式、田径及足球等相关活动和赛事。
2、设计理念不一样：
水立方，融建筑设计与结构设计于一体，设计新颖，结构独特，与国家体育场比较协调，功能上完全满足2008年奥运会赛事要求，而且易于赛后运营。
鸟巢，设计应充分体现可持续发展的思想，采用世界先进可行的环保技术和建材，最大限度地利用自然通风和自然采光，在节省能源和资源、固体废弃物处理、电磁辐射及光污染的防护和消耗臭氧层物质（ODS）替代产品的应用等方面符合奥运工程环保指南的要求，部分要求达到国际先进水平，树立环保典范。”
通过环境管理体系的建立和执行，改进国家体育场的建筑功能和性能，持久地贯彻绿色奥运的概念。
3、赛后利用不一样：
水立方，奥运会后，国家游泳中心将对市民开放，内有游泳、跳水、嬉水乐园和冰上娱乐设施。
鸟巢，举办主要的国际、区域和中国的国内大赛事，另外也包括一些非传统体育赛事，为体育迷们提供一个感受新鲜体育文化的机会；除了体育赛事，其他一些大型活动，如：文艺演出、非商业性质的政府主办的大型活动以及私营企业的大型活动也可以在国家体育场举行。
参考资料来源：
水立方和鸟巢区别很大，除了靠的近其他都不一样，建筑不一样，水立方主要是在里面进行水上项目。
鸟巢位于北京奥林匹克公园中心区南部，为2008年北京奥运会的主体育场。工程总占地面积21公顷，场内观众坐席约为91000个。
举行了奥运会、残奥会开闭幕式、田径比赛及足球比赛决赛。奥运会后成为北京市民参与体育活动及享受体育娱乐的大型专业场所，并成为地标性的体育建筑和奥运遗产。
体育场由雅克·赫尔佐格、德梅隆、艾未未以及李兴刚等设计，由北京城建集团负责施工。体育场的形态如同孕育生命的“巢”和摇篮，寄托着人类对未来的希望。
2003年12月24日开工建设，2008年3月完工，总造价22.67亿元。作为国家标志性建筑，2008年奥运会主体育场，国家体育场结构特点十分显著。体育场为特级体育建筑，大型体育场馆。主体结构设计使用年限100年，耐火等级为一级，抗震设防烈度8度，地下工程防水等级1级。
“水立方”本来是一个大家司空见惯、平凡至极的盒式建筑，但由于其外表全部由一种蓝色的建筑材料“膜”建构，许多蓝色的泡泡使“水立方”变得晶莹剔透、美丽无比。设计方案一开始就围绕水、快乐、节能等元素，考虑如何表达“水”的意念。但很快就显示了东西方文化的差异。国外设计师大多拿出了含有波浪、曲线等具有冲击力的设计方案。而中方3个设计师却各自不约而同地作出了平顶的造型。外方问他们，为什么他们3个都作平屋顶设计啊？他们说，他们的设计都表达了一种阴阳对比和含蓄，而这是中国传统文化中墨家和道家文化的一次对话。
“水立方”是北京奥运场馆中唯一 一个由港澳台同胞和侨胞捐资修建的场馆，它表达了全球华人参与2008年北京奥运会的共同心愿。
