Question

如何看go数据库中查出来的pathway，是否与肿瘤相关

我现在手上有一份通过肿瘤基因在go数据库查出来的pathway的excel，我现在需要知道里面哪些是与肿瘤有关的，需要进行删选。去go数据库，我发现不知怎么看才能判断这个pathway是否与肿瘤相关，有知道怎么看么？传授下

Answer 1

我对这个也不算非常了解，简单说下我的经验，仅供参考。
首先其实有很多pathway都与肿瘤相关，一般来说与肿瘤发生相关的pathway包括细胞信号转导（akt，notch，MAPK等）、细胞损伤修复（ATM，NHEJ等）、细胞周期调控（Cdk）、基因表达调控（如 p53）以及细胞迁移等，而且它们之间一般都有交叉。虽然大多数pathway都或多或少参与肿瘤发生，但是直接相关的一般是我提到的这些，主要作用于cancer的发生，成熟以及迁移。
其次，通过你这个图上列出来的这个肿瘤基因有可能参与的过程，我觉得有可能参与肿瘤发生的包括：regulation of cell morphogenesis（因为肿瘤细胞形成中细胞形态会发生变化）；regulation of gene expression（比如p53就会抑制与cancer发生相关基因的表达，但这个功能实在太宽泛了，可以说所有细胞活动都和基因表达相关，请问你这个基因是transcript factor吗？如果是的话这就很可能是它直接参与cancer development的原因）；positive regulation of peptidase activity （和前面那点一样，这种广谱性影响蛋白质变化的过程可以参与任何方面）；response to corticosteroid （有可能通过response to一些皮质类激素调节cell signal）；positive regulation of macromolecule biosynthetic process（调节大分子生物合成也可能影响蛋白质表达）；anatomical structure formation involved in morphogenesis （同在morphogenesis的解释）。
最后说明一点，仅仅通过这种方法其实并不会很大的缩小范围，但是如果结合你的目的蛋白的功能研究（如果之前有相关文献报道或者你已知目的蛋白具有酶活性）或定位分析，就可以大大缩小范围了。
希望能对你有所帮助，如果有进一步问题，我们可以继续讨论。

Answer 2

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了，世界早就和平了~多看看文献吧，加油。

Answer 3

GO是看不出与肿瘤的关系的。要达到你的目的，应做KEGG通路分析或者更猛一点的IPA、Metacore分析。
本人在大学里面教生物信息学和系统生物学的……

Answer 4

的选择放下，在轻松愉悦中才能

Answer 5

你把肿瘤吃了就可以了