父亲陈克宅,字即卿,正德九年进士,嘉靖中官御史,是一代名吏。陈有年于嘉靖四十一年(1562)进士及第,授刑部主事。后改任吏部,历验封郎中。万历元年(1573)参与廷争,奏不得张居正,告病退职。万历十二年(1585)起用任稽勋郎中,历任考功、文选。“除目下,中外皆服”。迁太常寺少卿,以右佥都御史任江西巡抚。累迁吏部右侍郎,后改任兵部,又改回吏部。万历二十一年(1593),诏拜吏部尚书。万历二十六年(1598)正月,卒,享年六十八岁。四月,被诏任为南京右都御史,但陈有年已经逝世。被加封太子太保,谥恭介。