怎么做基于KEGG的生物通路富集分析
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如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。
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北京理加联合科技有限公司
2023-06-13 广告
2023-06-13 广告
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这个只是皮毛介绍一下KEGG,具体操作还要自己摸索的,用文字不好描述,我还是会一点的,就是先将基因的序列下载下来,上传到KEGG,KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里,你就可以看到你的目的基因在那些信号通路里有,我有篇这方面的文章发在蚕业科学上,不过刚接受
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