一、神兽上的区别：
首先不同的是神兽不一样，晶灿钻石版本的神兽是苍响，明亮珍珠版本的神兽是藏玛然特。
二、独占精灵上的区别：
再接下来晶灿钻石两个版本的区别就是独占精灵了，登场宝可梦会有所不同，目前官方给出的不同的宝可梦有两只，比如单首龙、心鳞宝会出现在《宝可梦明亮珍珠》里；幼基拉斯、黏黏宝则会出现在《宝可梦 盾》里。
三、道馆上的区别：
除了独占精灵外，还有道馆挑战也有一些不同，道馆馆主也将会有版本独占，部分城镇的道馆将会随着游戏版本而有所不同。玩家在《晶灿钻石》可以挑战彩豆，《明亮珍珠》则可以挑战欧尼奥。
