在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥(基努·里维斯）发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯(劳伦斯·菲什伯恩)， 精彩剧照
也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂(凯莉·安·摩丝)的指引下，两人见面了，尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵,这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20XX年，人类发明了AI(人工智能)，然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机械人的能源(太阳能)，谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出，与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，并复活了，真正的成为了救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了（删除了） 从此，人类与机械的战争，进入了一个新的时代。
黑客帝国2重装上阵：
上回说到尼奥终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：尼奥将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。他的使命会实现吗？母体会那么甘心被摧毁吗？ 实际上，整个《重装上阵》是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔尼蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，基地的政治家们也上场了。 就在这时，母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良招，决定再次潜入母体，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。同时，尼奥也想再和“先知”谈一谈，以便更多地了解自己的神圣使命。 可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力升级了，数量更是增多了，尼奥的超能力受到致命的挑战。
黑客帝国3矩阵革命：
面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。 锡安的局势越来越危险，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个"母体"的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥来到机器城市。 在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平。
《黑客帝国》系列三部影片主要讲的是机器在被人类发明之后，一步一步的由被人类赋予程序到最后拥有了自己的思想，于是在人机大战中战胜人类从而控制人类，但是觉醒的人类寻找“救世主”拯救人类的这么一个过程。
人机大战中，机器战胜了人类，但是人类遮住了天空，于是阻断了机器的能源供给。后来机器发现可以靠人类的身体为机器供给能源，于是就将人类控制在由“母体”系统控制的矩阵里。然而有些人类觉醒了，逃了出来，来到了“锡安”。人类世界的黑客组织首领墨菲斯一直在寻找一位“救世主”，可以以拯救全人类。于是派成员崔妮蒂，崔妮蒂找到了尼奥，并让他们见面。
于是墨菲斯让尼奥吃下了红药丸，并且决定带尼奥去找先知，然而先知告诉他们尼奥不是救世主，然而在他们要离开“母体”世界时，特工史密斯攻击了他们，为了帮助尼奥和崔妮蒂脱身墨菲斯被抓。尼奥回去救墨菲斯时被史密斯杀害。在相处过程中，崔妮蒂爱上了尼奥，他在尼奥灵魂游荡之际吻上了尼奥，于是尼奥活了过来。
复活的尼奥成为了救世主，于是他和已经成为了女友的崔妮蒂回到了人类基地锡安。而此时锡安正在遭受矩阵创造出的电子乌贼军的攻击，为了保护人类基地拯救全人类，尼奥和崔妮蒂以及墨菲斯又再次来到“母体”，准备从“母体”的内部破坏。然而他们遇到了脱离了“母体”不受“母体”控制的史密斯。而且史密斯拥有了更加强大的功能，可以不断地复制自己。其实，成为了救世主的尼奥也是机器，他和史密斯都是机器，而且是两个互相制衡的机器，尼奥复活激发了史密斯的强大。
尼奥最终没有从内部摧毁“母体”，而他的真实身体虽然留在了人类基地，但是思想却游离于“母体”和“锡安”之间的另一个空间，并且思想被“火车人”控制。于是墨菲斯和崔妮蒂找到了守护天使，打败了“火车人”首领，救出了尼奥。而此时，电子乌贼对锡安又发起了更为激烈的攻击，人类基地危在旦夕。于是尼奥和崔妮蒂经历了重重困难来到了机器之城，见到了这个世界的统治者“机器大帝”。而机器大帝也正在为史密斯头疼，于是他与尼奥谈判，许诺尼奥只要能够打败史密斯，就还锡安安全。
而此时尼奥决定了牺牲，他来到了“母体”与史密斯决一死战。然而，尼奥的强大必然会引起史密斯的强大，打败史密斯的唯一方法就是与他一同去死。而尼奥与崔妮蒂的机器人与人的禁忌之爱也以双双殉难结局。在最后一部《黑客帝国3：矩阵革命》里，电影最后给了我们一个答案，人类的历史演变中，革命是不可避免的，然而改革的最后，不管谁输谁赢都最终只会令改革双方满目疮痍。而人类与机器的革命也会一直维持下去。
你以为你看到了真实.难道你没有怀疑过真实世界也是虚幻?
