Question

mirbase数据库怎么引物设计

Answer 1

miRNA可以设计茎环引物反转录，用探针法或者染料法检测。这个引物设计都是固定格式的

miRNA引物设计（茎环法+染料法检测）
设计方法：通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物，正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列，反向引物在茎环上。

反转录茎环通用序列：
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC
miRNA序列：
>mmu-miR-99b-5p MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p
CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为：
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG
定量PCR反向引物为：TGTCGTGGAGTCGGC
正向引物为：CACCCGTAGAACCGAC

备注：
1 定量PCR反向引物和正向引物的TM值不要相差太大，反向引物TM已经确定，如果正向引物TM较低，则在5`端添加几个碱基（如：G）。
2 染料法的检测可能会出现引物二聚体和非特异性扩增，可以使用探针法检测，探针法和染料法相似，只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点，还有一个探针结合位点。