作为历史学者,秦晖的研究历程始于1978年,当年他成为文革后首届研究生,方向是土地制度与农民战争史,关注的时代则在明清。此后二十多年来他的视野不断拓展,主要研究方向先后为:明清农民战争、明清经济、古代社会形态、封建社会形态、商品经济史、农业农民史、地域史(关中、云南等)、改革革命与现代化问题的中外历史比较,作为比较对象的古代希腊罗马社会经济、近代俄国与美国史、现代南非史等。曾获:中国高校教师霍英东奖(1991年)、陕西省社会科学成果奖(1990年)、五次获陕西师大科研成果综合奖(1987年、1988年、1991年、1993年、1994年)、陕西师大青年优秀论文奖(1989年)等。