Question

两个不同水稻品种里面差异表达的基因怎么筛选

Answer 1

要筛选两个不同水稻品种之间差异表达的基因，可以使用转录组分析技术。以下是一些可能的步骤：

RNA提取：从两个不同品种的水稻中分别提取RNA，可以使用商业化的RNA提取试剂盒或者自己制备RNA提取试剂。

RNA测序：将RNA经过测序，可以使用RNA测序技术，如Illumina HiSeq或PacBio SMRT，以获取全基因组覆盖的转录本序列。

数据处理：对RNA测序数据进行质量控制和预处理，如去除低质量序列、去除接头序列、剔除序列重复等等。

转录本定量：使用一个基因组注释文件将RNA序列比对到参考基因组上，进行转录本定量。可以使用一些开源的工具如Kallisto、Salmon等。

差异表达基因筛选：使用差异表达分析工具如DESeq2、edgeR等，比较两个品种之间的基因表达量差异，并筛选出差异表达的基因。

功能注释：对差异表达基因进行功能注释，如基因本体分析、KEGG通路分析等，了解这些基因的生物学功能和参与的代谢通路。

通过这些步骤，可以筛选出在两个不同品种水稻中表达量差异显著的基因，并了解这些基因的生物学功能，从而对两个品种的差异进行进一步分析。