1995年学校曾投资2500万元在离城45公里,丹阜高速公路东侧建立了国内第一所普通中学的自然分校。分校占地面积近800亩,建筑面积13000平方米,主要用于高三年级封闭教学。自然分校位于苏家屯区陡子峪村,依山傍水、钟灵毓秀、池鱼潜翔、荷花绽放、花卉飘香。优雅、和谐的学习环境陶冶着学生的情操,培养着学生的健全人格,促进了生可持续发展。该分校于2012年停用,2013年,高三的学生搬到原沈阳市第三十八中学校址。2014年,不设分校,所有学生在主校上课,沈北新区新校区在建。2015年,高三学生回到原沈阳市第三十八中学校址,高一、高二同学分楼上课。