吴云东的科研成就
主要从事理论与计算有机化学的研究。提出Sharpless环氧化反应的机理，用理论方法解决过渡金属不对称催化机理及其立体化学；对钼-烷烯基催化物催化烯烃开环复分解聚合反应和炔烃复分解聚合反应的机理及立体化学进行了理论研究；在手性有机小分子催化，特别是脯氨酰胺衍生物催化的不对称直接Aldol反应方面，与他人合作提出Gong-Wu模型；提出了oxa-多肽概念，并设计合成出多种结构的oxa-多肽；指出在溶液中存在与老年痴呆症相关的淀粉样β-多肽单体的结构的可能性，并将其稳定性与淀粉样β-多肽聚集的速度相关起来；通过取代基对碳、硅和氧自由基中心的电荷和自旋的影响，导出诱导效应和自旋离域与自由基稳定性的定量关系。
吴云东主要从事理论与计算有机化学的研究，他的研究跨越有机化学、生物化学、材料科学及药物设计等多个领域，主要研究领域为金属有机催化及不对称合成，多肽及蛋白质的二级和三级结构，基于多肽的药物设计，以及发展有效的计算方法用来研究蛋白质结构及蛋白质与蛋白质相互作用，并在此基础上进行抗癌症、抗病毒及抗老年痴呆症等的药物设计，迄今已在主流化学刊物上发表论文近一百七十篇，其中近七十篇发表在Science（1），PNAS（2），Acc. Chem. Res.（2），JACS（54）和Angew. Chem.（9）。论文他引五千八百多次，H-index=45。吴云东曾67 次在国际和国内学术会议上作邀请报告或大会报告，亦被邀请在世界70 多所知名大学和研究所作了80 场学术报告。
自1992年参加工作以来，吴云东共承担国际或者国家级科研项目21 项，其中独立承担18 项国际课题（项目总金额HK$805.8万）、参与联合申请国际课题1 项（项目总金额HK$340 万）、承担国家自然科学基金1 项（金额RMB￥11.0 万），并获得国家杰出青年科学基金资助（金额RMB￥100 万）。
吴云东自1999年起担任世界理论与计算化学家协会理事会理事，亦是亚太理论与计算化学家协会的共同发起人之一，他同时担任了多个国际和国内著名专业学术刊物的顾问编委，编委或副主编。这些刊物包括：Accounts of Chemical Research（化学研究报告），Journal of Computational Chemistry （计算化学杂志），Molecular Physics （分子物理），Theoretical Chemistry Accounts（理论化学报告）（副主编），Journal of Theoretical and Computational Chemistry （理论与计算化学杂志），Science in China-Chemistry （中国科学-化学），Chinese Journal of Chemistry （中国化学杂志）（副主编）, Acta Physico-Chimica Sinica（物理化学学报）（副主编）。
因其在科学研究及教书育人方面的突出成就，吴云东获得多项荣誉及奖励。其中包括：王宽诚交流学者奖（香港，1998），国家自然科学奖（1999），国家自然科学基金杰出青年奖（2002-2006），中国卓越研究奖（2008），香港科技大学理学院的优秀教育奖（2009），主编的《有机化学》教材被评为教育部度普通高等教育精品教材（2009）。
深圳为引进海外高层次人才推出“孔雀计划”，吸引了全世界一流学府和企业创新团队的报名。经过半年筛选，2011年12月正式公布首批引进的6个团队和61名个人。北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院以吴云东院士为团队带头人的重大疾病化学基因组学团队成功入选，深圳市许勤市长为吴云东院士颁发了“孔雀计划”重大疾病化学基因组学团队牌匾。
