Question

NCBI转录组数据能否直接下载FASTA格式序列，windows 32操作系统无法将下载的SRA文件转换成FASTQ文件。

Answer 1

方法/步骤

1. 进入NCBI主页，选择Nucleotide数据库

2. 在Nucleotide数据库的检索框中输入甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的基因名（GAPDH）或者基因的GenBank号：X02662.1。点击搜索。在右边Top Organisms中选择物种来源，点More可以显示更多隐藏选项

3. 选择所需要的物种信息

4. GenBank会根据设定的检索条件得出相应结果，选择所需要的序列

   

5. 点击相应序列打开详序列的细信息，默认为GBFF(GenBank Flat File)格式文件。主要包括以下三部分组成：第一部分：描述符，其中包含了关于整个记录的信息；第二部分：特征表，包含了注释这一记录的特性；第三部分：核酸序列本身；在最后一行以“// ”结尾

6. 在这里也可以选择FASTA格式。

7. FASTA格式又称Pearson 格式

8. 特点：最常用、最简单的序列注释格式 

9. 命名规则：

    1、以大于号“>"起始 

    2、 标题行(a single-line description) 位于文件的第一行

    3、 序列行随后，序列行中不允许有空间，每行文字不超 过80个字符

    4、组成序列信息字符串的符号应为IUB/IUPAC（International Union Of Pure And Applied Chemistry）核苷酸或氨基酸的符号

    5、核苷酸字符大小写均可，氨基酸字符应大写

    6、"-"单个连字符表示一个空位 “gap”

    7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示，氨基酸用X表示

    8、 氨基酸序列中“*”表示终止

10. 导出序列时点击Send to

11. 在弹出的窗口选择文件单选按钮

    

12. 在下拉框中选择你需要的文件格式

    点击创建文件即可开始下载，下载后的文件可以通过任意文本编辑软件打开。由于NCBI上的文件采用的是Unix/Linux文本格式，而Unix系统里，每行结尾只有“<换行>”，即“\n”；但Windows系统里面，每行结尾是“<换行><回车>”，即“\n\r”，在用记事本等软件打开时每行结尾有一个黑方框，这里只需用兼容Unix/Linux文本格式的编辑器打开即可

    

Answer 2

NCBI是可以直接下载FASTA格式文件的，在NCBI检索完毕后，选择send-file-fasta 就可以啦，检索要选择基因或核酸进行

追问

谢谢你的回答，但是我问的是下载整个转录组数据，而不是单个基因，请问你知道怎么弄吗？