Question

如何通过琼脂糖凝胶电泳分开两个大小只差50bp左右的片段？

在做双酶切，想回收目的片断。目的片断2776bp，载体2710bp，双酶切后60V，1.0%琼脂糖凝胶跑了90min分不开，可以看见3000bp以下很亮的一条带。请高手指点如何分开大小这么相近的片段。非常感谢！

Answer 1

本人感觉通过琼脂糖凝胶电泳来区分50bp的片段，难度很大。除非采用聚丙烯酰胺凝胶电泳，但是此操作太繁琐。我建议你可以这样做：目的片段和载体的序列应该都是知道的，在这种情况下，你找出两者存在的不同的酶切位点，并进行酶切，这样你的载体的部分序列将会被切开，相应的片段也就会大大缩短，这样就可以将目的片段和载体区分开了
只是建议，祝实验顺利

Answer 2

这两个片段太接近了，通过琼脂糖胶很难分开。建议再用一个载体上有的酶，而目的片段上没有的酶来切一下，也就是做个三酶切，这样载体片段就被切断了。