Question

ILLUMINA 454 ABI 都能不能做到以下几点呢？

A 未知物种基因组的从头测序（De-novo Sequencing）
B 环境(宏)基因组（Metagenomics）测序
C 已经测序物种的基因组重新测序
D 扩增产物重测序
E 基因组尺度转录组学（Transcriptomics）分析
F 基因表达谱及基因调控分析
G 全基因组小分子RNA（miRNA）分析
H 染色质免疫互沉淀分析（ChIP-sequencing）
I PCR产物序列分析
J 多重单核苷酸多态性（SNP）分析
K DNA甲基化（Methylaiton）分析
L 基因组结构变异（Structural Variation）分析

Answer 1

你好！目前的第二代测序平台下的测序仪，如llumina HiSeq2000,AB SOLiD等可以进行全基因组测序，环境（宏）基因组测序，重测序，扩增产物测序等等。一般来说您提到后面的几种分析都是在前面得到测序结果之后进行的一些组件化的分析。这些分析是通过后期的软件进行的，当然测序仪本身都是带有配套的分析软件的，例如AB测序仪的分析软件GeneMapper，但是有时自带的软件不能答高游解决您所有的分析要求。
此时就需要一些开源的或者专业商用软件的支持了，例如GeneMarker等等，它可以读取当前主流的测序仪输出的各种格式的数据，进行分析，目前我知道的分析模块有：SNP分析，甲基化分析，结构变异分析，MLPA分析，AFLP分析，溶解曲线分析等等，念衡序列分析当然没有问题啦。但是目前还不支持转录和表达方面的分析。您可以在确定清销了您到底要做什么之后，再决定到底采用哪个软件。希望能帮到你啦。

Answer 2

de novo测序一般用454，resequencing一般都用竖迹Illumina。454每个read读长比余搭并枝绝illumina长，但每个run的通量没illumina高。

Answer 3

如果不计成本的话，都能做到啊，但是比如做甲基化分析，Chip-Seq等的话，还是需要额外的kit协助……这三种本质上都是二代高通量测散蚂凯悄序，只是测序原理略不同，读长不一样呗冲孙埋～