史书中并未记载司马迁最终是如何去世的，但今人根据史料记载，只能基本判定他死在汉武帝之前，死因不明。
司马迁受宫刑之后一直担任中书令的官职。现有的资料似乎可以表明，汉武帝最后一年，在中书令位置上的，是一个叫郭穰的人。这就是说，司马迁当时已经离开了中书令的职位。
那时他还未到60岁，不像是告老离去，所以很可能是死于任上，导致中书令的职务另易他人。
学者王国维写道：“史公卒年虽未可遽知，然视为与武帝相始终，当无大误也。”总之，司马迁大概死得比武帝略微早一点。
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东汉前期的班固写成一部完整的西汉断代史《汉书》，其中有《司马迁传》，但对他死于何时、如何死去这件事却一个字也没有提起。根据《汉书》为人列传的一般体例，凡善终之人，班固大都会在传记的末尾交代该人死于何年，终年时有多少岁。
《汉书·司马迁传》对这一点未加交代，不能看作是班固的偶然疏忽。他避免谈及司马迁去世的消息，很像是在为尊者讳，即故意向后人隐瞒司马迁最终被汉武帝处死这个事实。
这里所谓“为尊者讳”，其实不一定完全是在捍卫司马迁的名誉，而更可能是为汉武帝着想。班固称赞“孝武之世，文章为盛”。
总而言之，要说汉武帝因为读了《报任安书》及《史记》，才会第二次迫害司马迁，还缺乏充分令人信服的证据。
但司马迁因“有怨言”而断送了老命，则很可能是历史事实。我们或许有把握说，这对他来说是一个心甘情愿的结局。
因为司马迁早已明白，他如果想要真正地被人们认识，那么他必须用壮烈的死来表明自己的心迹。“要之死日，然后是非乃定”。这10个字写得毅然决然、斩钉截铁，表达了司马迁以死明志的强烈心念。
参考资料来源：百度百科-司马迁
司马迁最后是遭受腐刑而死。 司马迁替李陵说话， 然而， 随着公孙敖迎李陵未功，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。面对大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。
想到文王拘于囚室而推演《周易》，孙膑遭膑脚之刑后修兵法，吕不韦被贬属地才有《吕氏春秋》传世，大概都是贤士圣人发泄愤懑而作。终于，在那个“臧获婢妾犹能引决”的时代，司马迁毅然选择了以腐刑赎身死。至此，司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想，面对极刑而无怯色。 在坚忍与屈辱中，完成那个属于太史公的使命。
《史记》是西汉史学家司马迁撰写的纪传体史书，是中国历史上第一部纪传体通史，记载了上至上古传说中的黄帝时代，下至汉武帝太初四年间共3000多年的历史。太初元年（前104年），司马迁开始了《太史公书》即后来被称为《史记》的史书创作。前后经历了14年，才得以完成。
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陕西省韩城市以南，在俯视黄河的梁山北端有一座祭祀司马迁的建筑。建于此处的司马迁祠始于西晋永嘉四年（310），郡太守建石室、立碑、植柏树。西晋怀帝司马炽祭祀过同姓的司马迁。北宋宣和七年（ 1125）曾修缮墓垣，建寝宫、献殿、山门。
其后，元明清时期又不断修缮改筑，成为今天的祠堂。此司马迁祠的寝宫背后，有司马迁的墓。实际上这不是埋葬墓，只是后人建造、西晋时修缮的。现存圆形坟丘，高2.15米， 周边13.19米，墙面铺装以八卦、花纹砖饰。坟丘之上是一株五叉分枝的大古柏。
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第二种可能，司马迁受任安这个案子的牵连，被汉武帝下令腰斩于市。当时宫廷里面有一场斗争，那么任安牵涉进去了，而当司马迁辗转托人把他的《报任安书》送到狱中以后，任安已经被腰斩了。任安腰斩以后，狱吏在抄检狱室的时候发现了司马迁的信，于是便呈奏给汉武帝，信里面是非常愤慨地表达对汉武帝的不满，那么汉武帝读罢，看到信里面那么多怨愤之词，勃然大怒，再加上有人趁机诬告司马迁和任安是同党，他们俩是好朋友嘛，于是汉武帝便下令把司马迁打入天牢，随后腰斩于市。那么这样看来，似乎是《报任安书》惹的祸，其实司马迁何以不知道《报任安书》会带来什么结果呢，司马迁并非不知道任安作为死囚犯，可能终生读不到这封信，司马迁也并非不知道这封信可能成为一封公开信，因为自己在信中所发泄的不满会招致灾祸，这点司马迁是非常清楚的。但是他不能不说，因为当他完成了《史记》的伟大的著述以后，灾祸对于他而言已经是无足轻重了，况且他选择这样一个与他患难与共的朋友写信的这种方式，选择给朋友写信，而且向世人公布《史记》的完成，这本身就是一种抗争，也是对朋友甚至对朋友死后的灵魂是一种极大的安慰。
第三种可能司马迁再次下狱之后，随同长安狱中的罪犯，无辜地被集体处死的，这是怎么回事呢？据《汉书·宣帝纪》记载，当《报任安书》被汉武帝知道之后，汉武帝看到信中有很多怨言，于是便下诏把司马迁逮捕了，并且叫御史台论罪，就是说并没有判死罪、论罪。就在论他的罪这个期间，不久汉武帝病重，那么有巫师就给他算风水，然后巫师告诉汉武帝，说长安监狱当中有天子气冲撞了圣上，究竟是谁呢？不知道，于是汉武帝下令把狱中所有的囚犯，无论轻重一律处死。这是历史上有记载的，曾经一次把长安城的犯人全部杀了，所以司马迁就这样集体地无辜地被杀了，一代史家就这样死于非命，这是第三种可能。
第四种可能司马迁寿终正寝，其实关于司马迁是被杀，史料还不能够充分地予以证实，说司马迁是自杀，也不过是一种推测。在史料不足的情况下，我们还只能够把他看成是正常病故，司马迁大概活了60岁，司马迁死了，在《史记》完成之后，他悄然无声地离开人世了，他以生命的终结换来了《史记》的诞生，他的死留下一个历史之谜，他的著作却竖立起一块历史的丰碑。
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