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2.8.RNaseHassayIna10Alvolume,1nMa-32P-labeleduidARNAtranscript,50nMoligodesoxynucleot... 2.8. RNase H assay
In a 10 Al volume, 1 nM a-32P-labeled uidA RNA
transcript, 50 nM oligodesoxynucleotide, 40 mM Tris–
HCl pH 7.5, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT and 5 units
RNase H were mixed and incubated at 37 8C for 1 min.
The reaction was stopped by addition of 5 Al stopping
buffer. Reaction products were separated by polyacryl-
amide gel electrophoresis (5%) and gels were exposed
to an X-ray film after drying on Whatman filter paper.
Reaction products for each oligodesoxynucleotide were
determined twice in separate assays.

3. Results

3.1. In vitro analyses of ribozymes targeting the uidA
mRNA

The secondary structure of the uidA mRNA (1811 bp)
was analysed in silico using the program RNAdraw
(Matzura and Wennborg, 1996) and searched for sin-
gle-stranded regions containing a GUC sequence, which
follows the NHH rule and represents an efficient ribo-
zyme cleavage site (Ohkawa et al., 1995; Kore et al.,
1998). Seven such sites were identified within the uidA
mRNA. Four target sites are located in the 5V-region (nt
10, 67, 219, 297), two target sites are located in the
middle region (nt 476, 762) and one site within the 3V-
region of the substrate mRNA (nt 1332; data not shown).
Ribozymes targeting these cleavage sites (rz4–rz10)
were developed (Table 1), transcribed in vitro and ex-
amined qualitatively for cleavage activity of in vitro
transcribed uidA mRNAs. Three uidA substrate lengths
were tested, namely a short version buidAshortQ (nt 1–
217), a medium size version buidAmedQ (nt 1–1090) and
a full-length version buidAlongQ (nt 1–1811). We chose
three different substrate lengths as RNA transcripts
often show reduced stability with increased transcript
length.
Hendry and McCall (1996) reported that a relatively
short arm I (5 bp) together with a longer arm III (10 bp)
improves the cleavage activity of hammerhead ribo-
zymes. To analyse the influence of binding arm length
on cleavage activity, we constructed the ribozymes rz4
and rz5 in two versions, i.e. a symmetric version with
10 binding nucleotides on both arms I and III (rz4sym
and rz5sym), and an asymmetric version with five
binding nucleotides in arm I and 10 binding nucleotides
in arm III (rz4asym and rz5asym). Fig. 3 shows exem-
plarily the result of an in vitro ribozyme assay with
uidAshort as substrate and the symmetric and asym-
metric versions of ribozymes rz4 and rz5. All four
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sylandts2
2011-05-25 · TA获得超过385个赞
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2.8. 核糖核酸酶H鉴定
在10ml反应体系中,包含1纳摩尔的磷32标记的uidA基因的转录RNA,50纳摩尔的寡脱氧核苷酸,40毫摩尔pH值7.5的Tris – HCl缓冲液,4毫摩尔氯化镁,1毫摩尔DTT和5units(酶活单位)的核酸酶H,混合均匀后,于37摄氏度条件下孵育1分钟。加入5ml的终止缓冲液终止该反应。反应产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳(5%)分离,将凝胶置于沃特曼滤纸上通过X射线检测。每个寡脱氧核苷酸反应产物分别检测两次。

3. 结果

3.1. uidA信使RNA核酶的体外分析

采用RNAdraw(Matzura和Wennborg,1996年)对硅片中uidA信使RNA(1811 bp)的二级结构进行了分析,根据NHH原则,单链中包含GUC序列表示其包含一个有效的核酶切割位点(Ohkawa等,1995; Kore的等,1998)。在uidA信使RNA中共鉴定获得了七个核酶切割位点。其中四个位于5V区域(nt10,67,219,297),两个位于中间区域(nt476,762),一个位于3V 区域(nt1332;数据未显示)。核酶作用于这些位点(rz4 - rz10,详见表1)进行转录并定性地检验其转录uidA信使RNA的活性。实验检测到三个不同长度的uidA底物,即一个短的buidAshortQ(nt1-217),一个中等大小的buidAmedQ(nt1-1090)和全长的buidAlongQ(nt1-1811)。实验对三个不同的长度的底物进行RNA转录表明,随着长度的增加稳定逐渐降低。亨德利和麦考尔(1996)研究表明,同时增加一个较短臂I(5 BP)和一个较长臂III(10 bp)可提高了钝化的核酶的切割活性。为了分析粘性臂长度对切割活性的影响,实验分别构建了核酶rz4和rz5,即在臂I和臂III均加入10个粘性核苷酸的对称型(rz4sym和rz5sym),以及分别在臂I增加5个核苷酸和在臂III增加10个核苷酸的非对称型(rz4asym和rz5asym)。图. 3显示了以短链uidA为底物的核酶及对称型和非对称型核酶rz4和rz5的检测结果。所有四个
百度网友26c30cffb
2011-05-21 · 超过45用户采纳过TA的回答
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2.8。RNase H化验
在一个10铝量,uidA 1海里a-32P-labeled RNA
50海里oligodesoxynucleotide成绩单,40毫米,磷酸三-
盐酸pH 7.5,约4毫米,约1毫米MgCl2 DTT和5个单位
RNase H混合及孵化为37个暖1分钟。
反应受到了加5艾尔停下来
缓冲区。反应产物分别进行polyacryl -
聚丙烯酰胺凝胶电泳(5%)和凝胶暴露
一个x光胶片干燥后Whatman滤纸上。
为每个oligodesoxynucleotide反应产物
在不同的测定确定两次。
3。结果
3.1。ribozymes体外分析针对uidA
mRNA
uidA二级结构的mRNA(1811 bp)
分析了在硅元素中使用该程序RNAdraw吗
(Matzura和Wennborg,1996),找罪-
GUC gle-stranded地区,包含一个序列
遵循规则,代表一种有效的NHH ribo -
zyme裂解位点(Ohkawa苏达权等,1995年;看守东门、苏达权等,
1998年)。7这类网站内的uidA鉴定
mRNA。四个目标地点位于5V-region(nt
10日,67岁,219 297)、二靶向部位位于
中部崛起(nt公元476年,762)和一个网站在3V -
基板的mRNA地区(nt 1332;数据未显示)。
针对这些Ribozymes解理地点(rz4-rz10)
被开发(见表1),转录体外和前妻吗
amined定性为解理活动的体外
mRNAs转录uidA。三uidA基体长度
进行了测试,即短版buidAshortQ(nt 1 -
217号),一个中等大小的版本buidAmedQ(nt 1-1090)和
一个完整的版本buidAlongQ(nt 1-1811)。我们选择
三种不同基体长度RNA的文本
经常表现出稳定性降低增高的成绩单
长度。
亨德利和航天(1996)报道说,有一个相对
我(5个短臂bp)连同一段较长的手臂III(10 bp)
提高裂解ribo活动——槌头双髻鲨
zymes。分析了影响的约束力的手臂的长度
在app的活动,我们构建了ribozymes rz4
在和rz5两个版本,即一种对称的版本
10我在双臂绑定核苷酸和III(rz4sym
和rz5sym版本),一个不对称五张
绑定核苷酸在手臂我和10约束力的核苷酸
在手臂和rz5asym III(rz4asym)。图3显示exem -
plarily体外的结果ribozyme化验
uidAshort与降解和对称和asym -
ribozymes度量的版本和rz5 rz4。所有的四个
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我要懂得比你多
2011-05-25
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在想
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