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轩辕剑3外传：天之痕攻略
十六年前，隋朝太师杨素携手下弟子杨拓以不可思议之奇术将陈国举国之兵力尽皆毁灭。陈国军师陈辅以自己孙子之性命保住陈国唯一后裔陈靖仇，并在十年间苦修鬼谷道术，同时将毕生所学教授于陈靖仇，以期复国大计。
十六年后，靖仇已长大成人。一日，师傅陈辅带靖仇来到伏魔山下……（游戏正式开始）
师傅要靖仇跟上他，沿着师傅前行的山路找到师傅后，突见天空现出妖星奇象，待师傅将身世告诉靖仇之后，两人进入山洞中找到传说中的上古神器"昆仑古镜"，可就在靖仇取起古镜的同时却突然唤醒了附身其上的远古魔兽饕餮，陈辅为救靖仇，以毕生之功力化为冰丝将自己和魔兽封在洞中并让靖仇尽快去雷夏泽寻找师伯公山先生以解救自己。
伏魔山脚，靖仇唤醒符鬼，独身踏上坎坷人生路……
出了伏魔山，靖仇来到东北方的月河村， 但却因为村里即将举行河神祭而无法去到北方的雷夏泽，无奈之下靖仇只能去到旅店暂且歇息，并遇到了满头白发的15岁女孩小雪。休息过后出旅店到对面的岳大夫家知道今年他家的女儿被选中成为河神祭的祭品，出来回到旅店却遇到小雪的弟弟小朔正在肯定老板救救小雪，原来小雪突然愿意代替岳大夫女儿成为祭品。老板爱莫能助，小朔气愤之下离开旅店，靖仇出旅店在村子中找到小朔后答应他的请求解救小雪。
走月河村树林去到月河河洞，一路去到祭奠之地，但为时已晚，小雪已经被村人丢下河洞。靖仇没有理会村人的讥讽，跳下河洞击败假冒河神的鲛鱼精后救出小雪。可等两人回到月河村的时候看到的却是鲛鱼精滥杀无辜村民的惨剧，虽然两人合力再次击败了鲛鱼精，但视小雪为扫帚星的村民却无法容得下她，失去了亲人的小雪只能随着靖仇一起踏上江湖……
来到月河村北方的雷夏泽，靖仇虽然见到了公山师伯，可惜师伯因为协助义军而被宇文太师的"黄金剑（轩辕剑）"所伤，虽侥幸保住性命，但已无余力去解决师弟陈辅。还好公山夫人告诉靖仇只要找到另一上古神?quot;神农鼎"，用其所炼之药便能化去公山身上之剑气，如果时间来得及，靖仇的师傅还能得救。但据说"神农鼎"已经落在了宇文太师手上，公山夫人建议靖仇不妨先去先前保管"神农鼎"的北方鲜卑族的拓拨部落一探。（在雷夏泽可以和屋门口公山师伯的孙女公山梦玩猜数字游戏，如果四个数字完全猜对则能得到"不老之泉水"，笔者得到的答案是3、5、6、0）
来到北方的黑山镇，发现镇上竟然都是女人，打听之下才知道镇人的男人都被抓去了充军，而这两天出现的隋兵竟然连男童都不防过，要将他们抓去杀死后以童子血给什么郡主养颜，进客栈后靖仇听到外边有喧哗声，出去一看正是隋兵在捕捉男童，靖仇正要出手相救之时，拓拨部落首领的妹妹拓拨玉儿出现将隋兵杀死，但隋兵首领高尉官忽然化身为魔将玉儿击伤，靖仇遂出手相救。但讨厌隋人的玉儿并不领这个情，倒是随后赶来的玉儿的姐夫张烈（三郎）热情相邀靖仇去客栈一会，靖仇因此获得了"神农鼎"的消息并决定和张烈（张烈会加入战斗队伍）一起去附近的隋军军营一探究竟。
（在黑山镇可以接下药店老板女人的找寻九种花木的任务，此外如果和镇口右边门前有老头的屋子中的小女孩猜拳获胜的话，可以得到一个翠玉金钗。）
离开黑山镇后，一行三人直接去到镇外东面树林中的隋军大营，乘兵营首领司马尉官去黑山镇之机击败守卫的士兵解救下了被抓到那里的男童。扑空的司马尉官赶回后化身为魔，靖仇三人将其击败后回到黑山镇，随后靖仇便随张烈去到黑山镇上的大雁岭拓拨部落所在地方打听"神农鼎"的消息。
在月儿夫人的帐篷中见到玉儿，但她对隋人的敌意依然不消，出帐篷后张烈让靖仇她们暂且在部落中休息，他自会派人去打听消息，六天后消息终于来了，正当靖仇他们在大帐听张烈讲述神农鼎下落的时候，月儿夫人赶来告诉大家玉儿独自一人去劫神农鼎了，焦急之下张烈决定和靖仇一起去找寻玉儿。
靖仇三人来到东南的芦家渡，去到渡口，但因为皇帝在征妃子因此无法搭乘渡船，小雪觉得玉儿很有可能会被官兵抓起来关在渡船之上，三人决定将计就计，由小雪和靖仇扮成女娃，而张烈则装成押解它们的士兵以混上传。商定之后三人分开行事，张烈去找件隋兵衣服，而靖仇和小雪则去找找胭脂（红色的花，就在渡口左边的地上可以拾到）、乌蛮发簪（在剑师右边屋内可以拿皮靴和小女孩换）、丝绸（拿铁戒指和手镯去和渡口屋内的老婆婆换，而所需要的东西都可以在渡口的杂货郎那里买到），然后三人在客栈集合完成伪装后混上了船。
遵照士兵指示三人来到关押抓来女子的第二厢房，但却没有找到玉儿，反倒得知官兵将各处搜集来的铜器放在船底，三人去到去到那里想看看究竟如何，但却被韩公公识破，三人决定一不做二不休，夺船自己开去大梁。夺到船，靖仇起了仁心折反回去将所有女子防走，如此一延误，韩公公又率着官兵回来，击败官兵并杀死韩公公三人驾船开往大梁。
下船进入大梁城（在城中可以和三个小孩玩猜谜游戏，答案是小四），打听消息后得知隋炀帝的龙舟舰队停泊在此，而"神农鼎"就在龙舟上的某处，三人偷偷潜入龙舟进入放置"神农鼎"的舱室（要注意要乘士兵背对靖仇三人的时候行动才不会被驱逐出龙舟），而放置"神农鼎"的舱室就在第一条龙舟的最东头。进入舱室三人逼问进来的太监才知道真正的"神农鼎"已经被一伙响马给劫走，龙舟上的只是赝品。虽然神鼎依然下落不明，但靖仇三人决定先将玉儿找到，进入龙舟深处，从一处柱子爬上龙舟大梁，一直往东来到龙舟大殿正上方，下面正是寻欢做乐的皇帝杨广，过了一会（让靖仇来回和小雪及张烈对话），发现乔装成被侍女的玉儿中欲行刺皇帝，但却被宇文太师给击伤。靖仇赶忙利用鬼谷之术制作烟雾乘乱就走玉儿，几人跳下龙舟后躲到江边的废物中，张烈因出来日子已久，必须要和靖仇他们分开，而玉儿则死活不愿回部落，假借监视靖仇的行动为借口加入了靖仇和小雪的队伍。而同时皇帝也已下令宇文太师带上宇珂郡主去抓回刺客。
出江边破屋后三人取道北边的豆子坑，三人在镇上打听到夺取神鼎的响马就扎营在豆子坑之后的魔王岩上，玉儿等不及要上魔王岩动手夺回神鼎，而靖仇觉得还是略事休息再动手不迟，三人进入客栈（与老板对话点菜），外边传来隋兵欺压百姓之声，去到外边，解决了官兵之后结识了同样因为路见不平，拔刀相助的程咬金和秦叔宝。
随后去到魔王岩，三人决定偷偷潜入营寨，但必须从营寨旁边的水路（要找到竹管子）或者藏身于进入营寨的运货车之后才能潜入，回到豆子坑，答应和小孩子玩捉迷藏的游戏，将藏匿于豆子坑场景内的所有六个小孩找出来便能得到竹管子；或者答应运粮的小叶的请求，帮他在豆子坑进入魔王岩的出口处找到他娘的香包他便会答应靖仇他们利用自己的货车帮助他们潜入营寨。
注意：进入魔王岩的方法会直接影响到最后的结局，如果选择从水中潜入，则最终小雪将无法和靖仇厮守终生；而如果选择藏身于车中进入魔王岩，则玉儿将和靖仇天人永隔。
殊途同归之后三人顺利的潜入混世魔王程咬金的营寨，三人秘密潜入山洞内的密道，出外见到程咬金和秦叔宝，正为神鼎是否应该归还之事争执不下之时，卫兵来报官兵闯入将神鼎夺走，原来却是宇珂郡主假扮宇文太师将神鼎夺走并嫁祸靖仇三人为奸细，程咬金大怒之下贸然出手，虽被三人击败但仍然不能释怀，幸得秦叔宝从旁解释方才作罢。玉儿为取回部落神鼎和程咬金约定十五日之内将神鼎取回并一对一击败程咬金。
离开魔王岩三人继续往东取道东莱，六天过去了，依然没有打听到神鼎的消息，三人焦急万分。三人在东莱西北的树林中救下受伤男子齐二朗，并将起送回东莱老家，从其妻子田斥口中得知隋兵日前在东面的泰山扎寨并设下了一个诡异的法坛。
三人干掉守山的卫兵后硬闯上泰山山顶，没有看见神鼎但却发现一个奇怪的阵法，正奇怪尖，隋军将领韩腾与杨硕出现，后者祭起妖阵将山下的东莱城彻底毁灭，以东莱六万人之生命换来一颗万灵血珠。三人出外将杨硕解决之后从他身上得到宇文太师的地图和信，按图索骥三人准备前往大梁追寻神鼎的下落。
去到河边空地（在豆子坑的南方），三人决定夺下停泊在这里的朝廷之船去大梁，闯上船后进入里面舱室，打败鱼精化身的队长后宇珂郡主突然出现解决了鱼精并表示愿意将船上的神鼎归还给三人，为防有诈，三人商议之下决定先由靖仇一人随郡主去探个究竟。郡主很大方的将神鼎归还给了三人，甚至连渡船也一并送与他们，临别之时还将一只铃铛发簪送给了小雪，三人遂开船前往大梁。
（支线剧情：在去大梁之前可选择开船到芦家渡去寻找那里传说中的宝藏，宝藏的传说分别对应如下句子：船到桥头自然直；石中隐玉别有心；可遮阳避雨之物；五缶之中藏机巧。据此依次在桥头、大石头、货郎的油布伞、地上的陶缶中依次寻找得到宝物地埝根。此外如果资助客栈前的商人靖仇他们也能得到宝物回报。）
到大梁，可以再次去和那三个小孩玩猜谜游戏（答案为：吕公）。去药材店买药材除了鹪肉之外其余药材都买到了，三人从药店老板那里打听到大梁城外西边山洞里有鹪出没，去到山洞深处，先玩一个打鸟游戏（射矛将空中飞行的三只小鹪打下），然后合力击败出现的鹪得到鹪肉。
回到渡船之上，用神农鼎炼好治疗公山师伯的药材后去到魔王岩履行玉儿先前与他立下的预定，而程咬金也已被秦叔宝说动决定归降朝廷张大人，本无心再和玉儿再战，但奈何不过倔强的玉儿，只得和秦叔宝一起对战靖仇三人，战胜他们后玉儿算是理直气壮的取回了神鼎。在山寨门口略一商议，玉儿决定暂且不回部落，而是先陪靖仇、小雪一起去解救陈辅师傅。
三人赶到雷夏泽，却已完了一步，师伯已经故去，问河边垂钓老人得知师伯母带着孙女去了大梁，折返大梁，在城中街道上找到公山梦，她把靖仇带回家中，从师伯母那里靖仇取得师伯的遗书，得知东海仙岛上有一仙人可敌饕餮。但如要出海，则必须先将渡船打造成海船，在隔壁找到船匠赵四打造出海船后三人扬帆出海……
大海之上，靖仇吹笛、玉儿弹起琵琶、小雪在旁梳发，这最好最美的回忆，将令靖仇一生也无法忘却！
海上，船被海鲸所吞，三人醒来时发现已经在鱼肚里了，往鱼肚深处走去，突然遇到氐族战士，战败他们，氐族女王出现阻止了争斗并邀请三人进入他们的王国。原来氐族人原是陆地上人，因为避难逃入大海遇到仙人指引而生活在仙兽巨海的独中并得到了驻颜及长寿的能力，但不幸的是东海黑龙王因为年老而屡屡吞吃氐族人，氐族已经面临生死关头，女王请求靖仇他们去打败黑龙王。三人答应了下来，乘上女王的小鲸鱼向龙宫进发。
走出海星迷宫来到黑龙王宫，击败龙宫守卫和黑龙王后，玉儿因为想救死去的父母心切而中了垂死的黑龙王的妖言诱惑摘下了让氐族人驻颜的崆峒印而酿下大错。三人回到氐族，果然所有族人都已经垂垂老矣。同样性格倔强的女王不肯接受真心悔过的玉儿的道歉，情急之下玉儿自毁容貌以谢罪。女王不想竟会发生如此惨事，唯有尽力弥补过失，亲自带三人去到仙山岛寻找仙人。
上了仙山岛后，因为玉儿的伤势问题，三人慢慢前行，可即使这样，玉儿依然高烧不起，情况非常的危险，幸好靖仇记起师傅曾经传授给他草木图鉴，按上面的药房靖仇和小雪去百草涧寻找七种草药（大都在涧边上的石头上和花木中），找到草药，熬成药让玉儿服下后却依然不见效。小雪提议不妨以神农鼎熬药（需要再次取药），但还是没用，最后小雪效仿古人割下臂肉做药引终于治好了玉儿的高烧。三人继续前进，过百草涧来到对弈亭。
对弈亭靖仇他们遇到正对弈中的老仙翁和古月仙人，在旁苦等二日之后棋局终了，老仙翁让三人先去天外村然翁居等候。去到那里，靖仇请求古月仙人出手救助师傅，但古月先人坚持不涉尘事之原则不肯答应，只是指点靖仇需要找到百年地稔草方能治疗目前玉儿之伤。因又入夜，老仙翁让三人先住下，明天一早再去寻药，但半夜里玉儿伤势恶化，靖仇割肉熬药并冒险上山采药；而小雪则去到对弈亭苦苦哀求古月先人，他们的诚意终于感动了仙人，出手治疗了玉儿的伤势。古月仙人更表示如果想让玉儿恢复容颜，则需要取得西母峰的血露蟠桃防入神农鼎中炼制方可。
（支线剧情：DOMO工作室就在然翁居之外左边的井内，入内可接到找回十五名组员的任务。）
去到天外村边上的西母峰，在西母峰要摘蟠桃之时却遇到守护在此的刑天租扰，和他大干一场（剧情设定必须被打败，因此不必浪费药物）后落败，却原来是老仙翁的考验，顺利通过考验后带蟠桃回到天外村然翁居治好玉儿。更令他们欣喜的是古月仙人也答应了他们前去伏魔山搭救靖仇师傅 。
去到对弈亭见到古月仙人，仙人让他们去向住在海中建木的盘古巨神讨得他的盘古方能行动，三人去到天外村西南海边的莫支滩，乘上古月仙人的坐骑去到海中建木，在海中建木唤醒沉睡中的盘古，击败他的元神后得到盘古斧子。
回到对弈亭将盘古斧交给仙人，老仙翁以御剑之法将众人带到伏魔山。
伏魔山山洞，古月仙人待靖仇救出师傅后，祭起盘古斧将饕餮送回它该在的地方。众人回到天外村然翁居，古月仙人激出了小雪体内潜质，希望她今后能善加利用，救世济民。
稍加休息后去到对弈亭找到老仙翁，方才知道原来他正是让氐族人获得不老青春的云游游侠。老仙翁同意再度施法让氐族人重获青春，并让靖仇他们先去氐族海中皇宫通知女王。众人去到莫支滩乘上鲸鱼去到氐族，却得知宇文太师已经将崆峒印夺去。
回到然翁居，玉儿为了不让神农鼎和崆峒印不被宇文夺走，建议不妨将这两件宝物暂且交给仙人保管，但却使靖仇师父因此而勃然大怒，更不顾身体尚未完全康复，独自外出。三人出外寻找师傅，在莫支滩打听到师傅?quot;大香菇"，去到对弈亭找到师傅。师傅一定要靖仇保留下宝物，并且要抢在宇文之前找齐五样神器，于是告别仙人，从老仙翁那里得到盘古斧打开仙界传送点后去到那里回到人间。
去到人间传送点下面的江都城，师傅累了，故此一行先去客栈休息。客栈中，师傅再次发怒，三人只得出外在城中打听消息。在城中桥上遇见白鹿精化身的算卦先生陆先生，他为靖仇算出伏羲琴在敦煌石窟、崆峒印在长沙并因可得贵人相助而探囊可得、而女娲石则飘忽不定。三人决定先去长沙，为此去到江都城西北面的杏山茅屋找陆先生的朋友乔岱娘为他们打开通往长沙的捷径大禹水路。
（支线任务：江都城中桥上陆先生边上的女子会要求靖仇为她寻找珍珠、乔岱娘会要求靖仇为她到长沙城买回琼花种子。）
通过大禹水路后往西行到长沙，在长沙市集上见到宁珂郡主，郡主告诉靖仇宇文太师也已来到长沙，并已经开始夺取在南岭鬼窟的女娲石和在河西沙漠的伏羲琴，不过他外出的时候把崆峒印留在长沙西北的兵营，只有两个手下守护。郡主相约与靖仇他们里应外合乘此机会夺取崆峒印。
去到隋军大营，一路闯到血阵前，宇文太师手下二虎将之一斛律安出来迎战（又是一场必输的战斗），斛律安击败三人，正欲痛下杀手之时却因为喝了郡主的茶而力气全失，不得不逃避，进入营寨内，击败另一将军上官震远，上官震远见势不妙，从密道逃走，三人追入，通过机关重重的通道后在另一头看到已死的上官震远（为郡主所杀），取得崆峒印后郡主送给靖仇三人通行武关的令牌并让靖仇到京城大兴郡主府去找她。
出密道回到江都后和师傅一起赶往大兴（过长沙往北过武关到大兴），到大兴去到郡主府（入城后西城门旁的街道上），和郡主对话后在郡主府住下，与宇文太师府（郡主府东面）得知太师所布下的血阵下一个目标是长沙，赶回郡主府告诉师傅后赶往长沙救人。
（支线剧情：和大兴城门口左边的小孩对话去到城内利人市的比武擂台，连续念25次天下第一，如果没错的话可以在擂台上找到提高灵力上限值的活灵芝；和擂台边上私奔的男女对话，并资助三千两给男子提亲可以取到他藏在洛阳某处的宝物；和市集山的小孩对话可以去寻找他们所说的藏宝，依次调查利人市酒店招牌--太师府匾额--利人市药店旗帜--大兴城楼大兴牌额，可得到糖葫芦；在客栈和孤女长孙燕儿对话可以设法帮助她；在大兴利人市酒店中听到奸商对话后去到郡主府在凉亭中可以找到绿色彗星碎片）
三人赶到长沙边上隋军大营，可惜仍然迟了一步，血珠已成，靖仇三人直接杀入大营，但根本不是宇文太师之对手（战斗必败），宇文太师以靖仇师傅为人质逼靖仇交出崆峒印和神农鼎两样宝物，无奈之下靖仇只得以缓兵之计求得三天时间。
三人赶到仙界（通过人间传送点）然翁居向古月及老仙翁求助，但两位仙人都不在，住了一晚之后三人只得回隋军大营以神器换回师傅。师傅虽然伤势无大碍，但已无行动能力，三人只得先留下师傅休养赶去大兴郡主府。
到大兴郡王府内，从郡主口中得知真正的女娲石在巴蜀古王墓中并送给靖仇出关令牌，出大兴城西南面关卡去到西面的巴蜀古王墓，谁料宇文太师手下虎将之一斛律安也已到达，三人击败他后在佛像顶部取得女娲石，但却被斛律安拼尽余力利用小雪身体不适之机夺得女娲石并传送回宇文太师那里。
回到郡主府，师傅也已赶到，因得知靖仇以神器交换自己而大发雷霆，靖仇三人只得和郡主去另外的房间商议，但小雪身体突然不适，靖仇和玉儿去请城内最好的宋大夫来为小雪治疗。大夫为小雪下了药之后，郡主带领靖仇和玉儿两人通过密道进入皇家藏宝室偷取神农鼎、崆峒印和女娲石，很顺利的在最里面的藏宝室取得三样神器和虎符令牌后回到郡主府。小雪情况也好了些，但却突然请求靖仇将神器暂且还给宇文太师，两人不知小雪为何如此，但只当是她身体不适，并未放在心上。
翌日，小雪突然不见了，并带走了神农鼎和崆峒印，只在她的屋内留下了女娲石和一束白发，郡主得知后突然变得暴躁起来，让玉儿和靖仇去大兴城门以及玄武门打听小雪是否出城，但两处都称并未见小雪出城，回到郡主府，又有使女来报小雪去了宇文太师府。于是靖仇二人赶到太师府，恰好听到宇文太师要韩腾将军率兵去灵武完成最后一颗血灵珠。两人连忙回到郡主府略作交代之后赶去灵武。
过长寿及萌下两个关卡，走过迷津沙后去到北方的灵武，经过那里赶到灵武城西北的隋军兵营，两人这一次终于赶在血阵发动之前阻止了韩腾将军，击败韩腾之后小雪突然手持轩辕剑出现阻止两人破坏血阵，终于第六颗血灵珠也被炼成。并且两靖仇自以为可以依靠的昆仑镜也被"轩辕剑"击碎，随后韩腾携小雪一起离去。
两人回到郡王府，郡主告诉靖仇说有条通往太师府的密道，可以前去设法取回神器，但靖仇又无心再与任何做对。
深夜，玉儿一人在弹琵琶以遣愁怀，郡主出现以情诱动玉儿随她去太师府密道找寻小雪。在太师府内玉儿找到小雪，方才知道原来宇文太师和小雪分别是昆仑镜和女娲石转世之人，而宇文太师以预见未来之能力预见了赤贯星之灾，为此必须集齐琴鼎镜石印五样神器以补天之痕方才能弥此灾祸。小雪不能离开太师府，留下书信给玉儿让其告诉靖仇，但归途中郡主突然现出魔头真面目，突袭玉儿并栽赃给宇文及小雪使得靖仇误以为真。靖仇不肯让小雪替伤重的玉儿治疗，只是听其所劝将玉儿带到仙界找古月仙人救治，无奈为时已晚，古月仙人赶到之时玉儿已无气息，古月纵有回天之力也无法使玉儿复生，唯有替其做一水晶棺材以保其身体及魂魄不散。
三日后，靖仇去到对弈亭，古月仙人听了靖仇所述后劝其放弃与宇文争斗之心，因宇文目前几已天下无敌，连古月也已不是他对手了。古月还告诉靖仇天界的伏羲宫殿中的天女白玉轮可使死去之人复活，但要登天，则必须集齐其他五样神器方可。
靖仇收起放置玉儿之水晶棺后到对弈亭与仙人告别后回到大兴郡主府，此时的靖仇心丧若灰，只想回到北方玉儿故乡，师傅见靖仇如此，也不再勉强复国之时，唯有叹息而已，而郡主见无计可施，也只有自己再谋他法。
往北方行的途中，靖仇和师傅在河道断崖过夜，夜里救下被匪徒所劫之居民后靖仇吹笛思人，巧遇李世民，两人一见如故并相约第二日在太原城门口相会。
翌日，在太原城门见到李世民，李带两人来到自家府邸，靖仇在那里见到玉儿姐夫张烈和李靖。靖仇将所有之事尽皆告诉张烈后两人决定一起去找宇文太师算帐。张烈自称从宇文义父那里学到了针对其弱点的鬼谷道术，因此带领大家先去云岗石窟寻找可以与宇文想抗衡的宝物（似乎也没有吗！），在云岗石窟，用汰玉如来放在顶端石窟的桌子上开启天梯直通洛阳。
赶到通天塔，却为宇文所施放的地龙阴火所阻无法入塔，三人只得先回到洛阳寻找李靖已取其去准备的宝物以破地龙阴火。在客栈遇到郡主后三人洛阳城门口遇到李靖，其后一起去到张烈（虬髯客）在洛阳准备的虬髯客栈，张烈将十年来在中原经营积累全部交于李靖后与靖仇一起赶去通天塔阻止宇文拓布阵。以龙狱破了地龙阴火之后入塔，去到高处遇到在此防卫的韩腾，将其击败后上到塔顶，宇文太师第一次以十分之一的力量和靖仇及张烈战斗失败，为了顺利施法不得已动用轩辕剑将靖仇击败（第二次战斗必败）。正此其时，郡主突然出现以小雪为人质扰乱宇文心神，靖仇伺机击倒宇文太师，郡主终于现出真面目，原来她原是西方撒旦之女魔将，如此处心积虑就是为了乘天狗蚀日，赤贯妖星划破天界结界的机会让西方魔界进入人间为祸。
千钧一发之时，小雪以轩辕剑的力量护送靖仇、张烈和自己三人躲入洛阳边上的荒野山洞，几天后，靖仇醒来方知原委，见大错已酿成，决定去找仙人看是否还有挽救的办法。
到天外村然翁居找到老仙翁，他也没有办法，但让靖仇去莫支滩找古月仙人看是否会有解救之法。找到古月仙人，仙人指点出两个方法，靖仇连忙通过传送点去到凡间寻找已经失落的神奇和宇文拓。
通过魔界传送（按次序先后从仙界依次打开的魔界传送点行动）点分别去到殇魂塔击败千年狐狸精取得崆峒印和在蛰魂塔击败千年琵琶精取得神农鼎。去到通天塔，在门口遇到了程咬金和秦叔宝，原本想入内救出宇文拓和伏羲琴，但被魔界之火所阻，只有回到仙界向仙人讨教。古月仙人再次陪同靖仇下凡来解决难题，古月将通天塔门口的魔火熄灭后众人兵分三路，靖仇一行去救宇文太师、古月去塔顶布阵、而李世民、程咬金等人则去破坏血灵珠。
靖仇三人在塔内找到宇文拓，却被已恢复魔力的郡主所阻，击败她（难打）后，郡主虽是魔界中人，但却为了情之一字放弃了吃下撒旦魔果和宇文太师做最后一搏的机会而死去。上到瘩顶，众人按古月仙人的安排布下失却之阵，以昆仑镜（宇文太师）为核心发动阵法回到赤贯破天之前。古月为耗费了大量体力的宇文恢复精力之后，不顾靖仇师傅的呵斥，再次发动失却之阵到达连接天界的虚无之门，众人通过虚无之门最终到达传说中的伏羲神殿。
众人在伏羲神殿中见到了古月先前所说的可使死人复活的天女白玉轮之阵，靖仇不由生出了使玉儿复生的念头，但如此一来，则可能耗去已化为人形的昆仑镜及女娲石的宇文和小雪的大量体力，有使他们在进行最后的失却之阵时回复原形，而要再次投胎转世，则需要一个甲子的时间。孰去孰从，靖仇不禁进退彷徨……
这之后的剧情发展取决于之前的进入魔王岩的发方法，如果选择藏身于车中进入，则玉儿会在这里复活；如果之前选择潜水进入，则玉儿不会复活。
之后去到伏羲神殿旁的赤贯星内，经过赤贯星中心之柱后进入赤贯星最深处将两处光芒关闭打开开启失却之阵的传送点，去到失却之阵的布阵之地，布阵完毕，郡主却又赶至，现出魔女原形，打败她后。宇文拓念其在魔界世界中对自己的一番情谊，遂答应魔女最后的要求，死后将她的灵魂带回西方的故乡，而古月也将其魂魄封入伏羲琴中，以使其再次转世虽仍身出魔界，但已无魔心。正要发动阵法，突然发现有人在破坏赤贯星中枢之柱，为保阵法得以施法，靖仇三人赶往那里，却发现原来是受了魔女诱惑吃下撒旦之果的师傅在捣乱，逼不得已之下，靖仇只得与已化身为魔师傅为敌，最终虽战败了师傅，但师傅也已逝去，顾不得心中的悲痛，靖仇三人赶回失却之阵，古月仙人祭起阵法……
天空白光闪过，天之痕慢慢补起。
大结局一：
虚空中，靖仇忘却了心中最惦念的师傅的记忆，突又见到小雪前来道别，小雪耗尽了最后的体力，实在无法继续坚持，变回了原形，唯有在这最后的时刻祝福靖仇能和玉儿此生永远幸福的在一起；临别之前，小雪用最后的能力将与师傅的回忆还给了靖仇，等众人回到陆地上，小雪已经回复成了女娲之石……
天上一日，人间十年。靖仇他们回到大地已是十年之后，隋朝战乱已经结束，而天下也早已归于李家（唐代）。
自此，靖仇与玉儿结为伴侣，终生在终南山后守护着女娲石与师傅的衣冠冢；而张烈找到在人间守侯他十年的月儿后，两人云游天下，逍遥自在；宇文则自认罪孽深重，带着独孤郡主的灵魂前往西方，临别前将轩辕剑与靖仇之炼妖壶交换以作纪念……
人间有情、更胜天道！六百年后，终南山靖仇夫妇墓前，常常会见到一白发胜雪之仙子，飘然而至，在两人墓前垂手供花……
大结局二：
玉儿无法复活，随着失却之阵的发动，她在靖仇心
十六年前，隋朝太师杨素携手下弟子杨拓以不可思议之奇术将陈国举国之兵力尽皆毁灭。陈国军师陈辅以自己孙子之性命保住陈国唯一后裔陈靖仇，并在十年间苦修鬼谷道术，同时将毕生所学教授于陈靖仇，以期复国大计。
十六年后，靖仇已长大成人。一日，师傅陈辅带靖仇来到伏魔山下……（游戏正式开始）
师傅要靖仇跟上他，沿着师傅前行的山路找到师傅后，突见天空现出妖星奇象，待师傅将身世告诉靖仇之后，两人进入山洞中找到传说中的上古神器"昆仑古镜"，可就在靖仇取起古镜的同时却突然唤醒了附身其上的远古魔兽饕餮，陈辅为救靖仇，以毕生之功力化为冰丝将自己和魔兽封在洞中并让靖仇尽快去雷夏泽寻找师伯公山先生以解救自己。
伏魔山脚，靖仇唤醒符鬼，独身踏上坎坷人生路……
出了伏魔山，靖仇来到东北方的月河村， 但却因为村里即将举行河神祭而无法去到北方的雷夏泽，无奈之下靖仇只能去到旅店暂且歇息，并遇到了满头白发的15岁女孩小雪。休息过后出旅店到对面的岳大夫家知道今年他家的女儿被选中成为河神祭的祭品，出来回到旅店却遇到小雪的弟弟小朔正在肯定老板救救小雪，原来小雪突然愿意代替岳大夫女儿成为祭品。老板爱莫能助，小朔气愤之下离开旅店，靖仇出旅店在村子中找到小朔后答应他的请求解救小雪。
走月河村树林去到月河河洞，一路去到祭奠之地，但为时已晚，小雪已经被村人丢下河洞。靖仇没有理会村人的讥讽，跳下河洞击败假冒河神的鲛鱼精后救出小雪。可等两人回到月河村的时候看到的却是鲛鱼精滥杀无辜村民的惨剧，虽然两人合力再次击败了鲛鱼精，但视小雪为扫帚星的村民却无法容得下她，失去了亲人的小雪只能随着靖仇一起踏上江湖……
来到月河村北方的雷夏泽，靖仇虽然见到了公山师伯，可惜师伯因为协助义军而被宇文太师的"黄金剑（轩辕剑）"所伤，虽侥幸保住性命，但已无余力去解决师弟陈辅。还好公山夫人告诉靖仇只要找到另一上古神?quot;神农鼎"，用其所炼之药便能化去公山身上之剑气，如果时间来得及，靖仇的师傅还能得救。但据说"神农鼎"已经落在了宇文太师手上，公山夫人建议靖仇不妨先去先前保管"神农鼎"的北方鲜卑族的拓拨部落一探。（在雷夏泽可以和屋门口公山师伯的孙女公山梦玩猜数字游戏，如果四个数字完全猜对则能得到"不老之泉水"，笔者得到的答案是3、5、6、0）
来到北方的黑山镇，发现镇上竟然都是女人，打听之下才知道镇人的男人都被抓去了充军，而这两天出现的隋兵竟然连男童都不防过，要将他们抓去杀死后以童子血给什么郡主养颜，进客栈后靖仇听到外边有喧哗声，出去一看正是隋兵在捕捉男童，靖仇正要出手相救之时，拓拨部落首领的妹妹拓拨玉儿出现将隋兵杀死，但隋兵首领高尉官忽然化身为魔将玉儿击伤，靖仇遂出手相救。但讨厌隋人的玉儿并不领这个情，倒是随后赶来的玉儿的姐夫张烈（三郎）热情相邀靖仇去客栈一会，靖仇因此获得了"神农鼎"的消息并决定和张烈（张烈会加入战斗队伍）一起去附近的隋军军营一探究竟。
（在黑山镇可以接下药店老板女人的找寻九种花木的任务，此外如果和镇口右边门前有老头的屋子中的小女孩猜拳获胜的话，可以得到一个翠玉金钗。）
离开黑山镇后，一行三人直接去到镇外东面树林中的隋军大营，乘兵营首领司马尉官去黑山镇之机击败守卫的士兵解救下了被抓到那里的男童。扑空的司马尉官赶回后化身为魔，靖仇三人将其击败后回到黑山镇，随后靖仇便随张烈去到黑山镇上的大雁岭拓拨部落所在地方打听"神农鼎"的消息。
在月儿夫人的帐篷中见到玉儿，但她对隋人的敌意依然不消，出帐篷后张烈让靖仇她们暂且在部落中休息，他自会派人去打听消息，六天后消息终于来了，正当靖仇他们在大帐听张烈讲述神农鼎下落的时候，月儿夫人赶来告诉大家玉儿独自一人去劫神农鼎了，焦急之下张烈决定和靖仇一起去找寻玉儿。
靖仇三人来到东南的芦家渡，去到渡口，但因为皇帝在征妃子因此无法搭乘渡船，小雪觉得玉儿很有可能会被官兵抓起来关在渡船之上，三人决定将计就计，由小雪和靖仇扮成女娃，而张烈则装成押解它们的士兵以混上传。商定之后三人分开行事，张烈去找件隋兵衣服，而靖仇和小雪则去找找胭脂（红色的花，就在渡口左边的地上可以拾到）、乌蛮发簪（在剑师右边屋内可以拿皮靴和小女孩换）、丝绸（拿铁戒指和手镯去和渡口屋内的老婆婆换，而所需要的东西都可以在渡口的杂货郎那里买到），然后三人在客栈集合完成伪装后混上了船。
遵照士兵指示三人来到关押抓来女子的第二厢房，但却没有找到玉儿，反倒得知官兵将各处搜集来的铜器放在船底，三人去到去到那里想看看究竟如何，但却被韩公公识破，三人决定一不做二不休，夺船自己开去大梁。夺到船，靖仇起了仁心折反回去将所有女子防走，如此一延误，韩公公又率着官兵回来，击败官兵并杀死韩公公三人驾船开往大梁。
下船进入大梁城（在城中可以和三个小孩玩猜谜游戏，答案是小四），打听消息后得知隋炀帝的龙舟舰队停泊在此，而"神农鼎"就在龙舟上的某处，三人偷偷潜入龙舟进入放置"神农鼎"的舱室（要注意要乘士兵背对靖仇三人的时候行动才不会被驱逐出龙舟），而放置"神农鼎"的舱室就在第一条龙舟的最东头。进入舱室三人逼问进来的太监才知道真正的"神农鼎"已经被一伙响马给劫走，龙舟上的只是赝品。虽然神鼎依然下落不明，但靖仇三人决定先将玉儿找到，进入龙舟深处，从一处柱子爬上龙舟大梁，一直往东来到龙舟大殿正上方，下面正是寻欢做乐的皇帝杨广，过了一会（让靖仇来回和小雪及张烈对话），发现乔装成被侍女的玉儿中欲行刺皇帝，但却被宇文太师给击伤。靖仇赶忙利用鬼谷之术制作烟雾乘乱就走玉儿，几人跳下龙舟后躲到江边的废物中，张烈因出来日子已久，必须要和靖仇他们分开，而玉儿则死活不愿回部落，假借监视靖仇的行动为借口加入了靖仇和小雪的队伍。而同时皇帝也已下令宇文太师带上宇珂郡主去抓回刺客。
出江边破屋后三人取道北边的豆子坑，三人在镇上打听到夺取神鼎的响马就扎营在豆子坑之后的魔王岩上，玉儿等不及要上魔王岩动手夺回神鼎，而靖仇觉得还是略事休息再动手不迟，三人进入客栈（与老板对话点菜），外边传来隋兵欺压百姓之声，去到外边，解决了官兵之后结识了同样因为路见不平，拔刀相助的程咬金和秦叔宝。
随后去到魔王岩，三人决定偷偷潜入营寨，但必须从营寨旁边的水路（要找到竹管子）或者藏身于进入营寨的运货车之后才能潜入，回到豆子坑，答应和小孩子玩捉迷藏的游戏，将藏匿于豆子坑场景内的所有六个小孩找出来便能得到竹管子；或者答应运粮的小叶的请求，帮他在豆子坑进入魔王岩的出口处找到他娘的香包他便会答应靖仇他们利用自己的货车帮助他们潜入营寨。
注意：进入魔王岩的方法会直接影响到最后的结局，如果选择从水中潜入，则最终小雪将无法和靖仇厮守终生；而如果选择藏身于车中进入魔王岩，则玉儿将和靖仇天人永隔。
殊途同归之后三人顺利的潜入混世魔王程咬金的营寨，三人秘密潜入山洞内的密道，出外见到程咬金和秦叔宝，正为神鼎是否应该归还之事争执不下之时，卫兵来报官兵闯入将神鼎夺走，原来却是宇珂郡主假扮宇文太师将神鼎夺走并嫁祸靖仇三人为奸细，程咬金大怒之下贸然出手，虽被三人击败但仍然不能释怀，幸得秦叔宝从旁解释方才作罢。玉儿为取回部落神鼎和程咬金约定十五日之内将神鼎取回并一对一击败程咬金。
离开魔王岩三人继续往东取道东莱，六天过去了，依然没有打听到神鼎的消息，三人焦急万分。三人在东莱西北的树林中救下受伤男子齐二朗，并将起送回东莱老家，从其妻子田斥口中得知隋兵日前在东面的泰山扎寨并设下了一个诡异的法坛。
三人干掉守山的卫兵后硬闯上泰山山顶，没有看见神鼎但却发现一个奇怪的阵法，正奇怪尖，隋军将领韩腾与杨硕出现，后者祭起妖阵将山下的东莱城彻底毁灭，以东莱六万人之生命换来一颗万灵血珠。三人出外将杨硕解决之后从他身上得到宇文太师的地图和信，按图索骥三人准备前往大梁追寻神鼎的下落。
去到河边空地（在豆子坑的南方），三人决定夺下停泊在这里的朝廷之船去大梁，闯上船后进入里面舱室，打败鱼精化身的队长后宇珂郡主突然出现解决了鱼精并表示愿意将船上的神鼎归还给三人，为防有诈，三人商议之下决定先由靖仇一人随郡主去探个究竟。郡主很大方的将神鼎归还给了三人，甚至连渡船也一并送与他们，临别之时还将一只铃铛发簪送给了小雪，三人遂开船前往大梁。
（支线剧情：在去大梁之前可选择开船到芦家渡去寻找那里传说中的宝藏，宝藏的传说分别对应如下句子：船到桥头自然直；石中隐玉别有心；可遮阳避雨之物；五缶之中藏机巧。据此依次在桥头、大石头、货郎的油布伞、地上的陶缶中依次寻找得到宝物地埝根。此外如果资助客栈前的商人靖仇他们也能得到宝物回报。）
到大梁，可以再次去和那三个小孩玩猜谜游戏（答案为：吕公）。去药材店买药材除了鹪肉之外其余药材都买到了，三人从药店老板那里打听到大梁城外西边山洞里有鹪出没，去到山洞深处，先玩一个打鸟游戏（射矛将空中飞行的三只小鹪打下），然后合力击败出现的鹪得到鹪肉。
回到渡船之上，用神农鼎炼好治疗公山师伯的药材后去到魔王岩履行玉儿先前与他立下的预定，而程咬金也已被秦叔宝说动决定归降朝廷张大人，本无心再和玉儿再战，但奈何不过倔强的玉儿，只得和秦叔宝一起对战靖仇三人，战胜他们后玉儿算是理直气壮的取回了神鼎。在山寨门口略一商议，玉儿决定暂且不回部落，而是先陪靖仇、小雪一起去解救陈辅师傅。
三人赶到雷夏泽，却已完了一步，师伯已经故去，问河边垂钓老人得知师伯母带着孙女去了大梁，折返大梁，在城中街道上找到公山梦，她把靖仇带回家中，从师伯母那里靖仇取得师伯的遗书，得知东海仙岛上有一仙人可敌饕餮。但如要出海，则必须先将渡船打造成海船，在隔壁找到船匠赵四打造出海船后三人扬帆出海……
大海之上，靖仇吹笛、玉儿弹起琵琶、小雪在旁梳发，这最好最美的回忆，将令靖仇一生也无法忘却！
海上，船被海鲸所吞，三人醒来时发现已经在鱼肚里了，往鱼肚深处走去，突然遇到氐族战士，战败他们，氐族女王出现阻止了争斗并邀请三人进入他们的王国。原来氐族人原是陆地上人，因为避难逃入大海遇到仙人指引而生活在仙兽巨海的独中并得到了驻颜及长寿的能力，但不幸的是东海黑龙王因为年老而屡屡吞吃氐族人，氐族已经面临生死关头，女王请求靖仇他们去打败黑龙王。三人答应了下来，乘上女王的小鲸鱼向龙宫进发。
走出海星迷宫来到黑龙王宫，击败龙宫守卫和黑龙王后，玉儿因为想救死去的父母心切而中了垂死的黑龙王的妖言诱惑摘下了让氐族人驻颜的崆峒印而酿下大错。三人回到氐族，果然所有族人都已经垂垂老矣。同样性格倔强的女王不肯接受真心悔过的玉儿的道歉，情急之下玉儿自毁容貌以谢罪。女王不想竟会发生如此惨事，唯有尽力弥补过失，亲自带三人去到仙山岛寻找仙人。
上了仙山岛后，因为玉儿的伤势问题，三人慢慢前行，可即使这样，玉儿依然高烧不起，情况非常的危险，幸好靖仇记起师傅曾经传授给他草木图鉴，按上面的药房靖仇和小雪去百草涧寻找七种草药（大都在涧边上的石头上和花木中），找到草药，熬成药让玉儿服下后却依然不见效。小雪提议不妨以神农鼎熬药（需要再次取药），但还是没用，最后小雪效仿古人割下臂肉做药引终于治好了玉儿的高烧。三人继续前进，过百草涧来到对弈亭。
对弈亭靖仇他们遇到正对弈中的老仙翁和古月仙人，在旁苦等二日之后棋局终了，老仙翁让三人先去天外村然翁居等候。去到那里，靖仇请求古月仙人出手救助师傅，但古月先人坚持不涉尘事之原则不肯答应，只是指点靖仇需要找到百年地稔草方能治疗目前玉儿之伤。因又入夜，老仙翁让三人先住下，明天一早再去寻药，但半夜里玉儿伤势恶化，靖仇割肉熬药并冒险上山采药；而小雪则去到对弈亭苦苦哀求古月先人，他们的诚意终于感动了仙人，出手治疗了玉儿的伤势。古月仙人更表示如果想让玉儿恢复容颜，则需要取得西母峰的血露蟠桃防入神农鼎中炼制方可。
（支线剧情：DOMO工作室就在然翁居之外左边的井内，入内可接到找回十五名组员的任务。）
去到天外村边上的西母峰，在西母峰要摘蟠桃之时却遇到守护在此的刑天租扰，和他大干一场（剧情设定必须被打败，因此不必浪费药物）后落败，却原来是老仙翁的考验，顺利通过考验后带蟠桃回到天外村然翁居治好玉儿。更令他们欣喜的是古月仙人也答应了他们前去伏魔山搭救靖仇师傅 。
去到对弈亭见到古月仙人，仙人让他们去向住在海中建木的盘古巨神讨得他的盘古方能行动，三人去到天外村西南海边的莫支滩，乘上古月仙人的坐骑去到海中建木，在海中建木唤醒沉睡中的盘古，击败他的元神后得到盘古斧子。
回到对弈亭将盘古斧交给仙人，老仙翁以御剑之法将众人带到伏魔山。
伏魔山山洞，古月仙人待靖仇救出师傅后，祭起盘古斧将饕餮送回它该在的地方。众人回到天外村然翁居，古月仙人激出了小雪体内潜质，希望她今后能善加利用，救世济民。
稍加休息后去到对弈亭找到老仙翁，方才知道原来他正是让氐族人获得不老青春的云游游侠。老仙翁同意再度施法让氐族人重获青春，并让靖仇他们先去氐族海中皇宫通知女王。众人去到莫支滩乘上鲸鱼去到氐族，却得知宇文太师已经将崆峒印夺去。
回到然翁居，玉儿为了不让神农鼎和崆峒印不被宇文夺走，建议不妨将这两件宝物暂且交给仙人保管，但却使靖仇师父因此而勃然大怒，更不顾身体尚未完全康复，独自外出。三人出外寻找师傅，在莫支滩打听到师傅?quot;大香菇"，去到对弈亭找到师傅。师傅一定要靖仇保留下宝物，并且要抢在宇文之前找齐五样神器，于是告别仙人，从老仙翁那里得到盘古斧打开仙界传送点后去到那里回到人间。
去到人间传送点下面的江都城，师傅累了，故此一行先去客栈休息。客栈中，师傅再次发怒，三人只得出外在城中打听消息。在城中桥上遇见白鹿精化身的算卦先生陆先生，他为靖仇算出伏羲琴在敦煌石窟、崆峒印在长沙并因可得贵人相助而探囊可得、而女娲石则飘忽不定。三人决定先去长沙，为此去到江都城西北面的杏山茅屋找陆先生的朋友乔岱娘为他们打开通往长沙的捷径大禹水路。
（支线任务：江都城中桥上陆先生边上的女子会要求靖仇为她寻找珍珠、乔岱娘会要求靖仇为她到长沙城买回琼花种子。）
通过大禹水路后往西行到长沙，在长沙市集上见到宁珂郡主，郡主告诉靖仇宇文太师也已来到长沙，并已经开始夺取在南岭鬼窟的女娲石和在河西沙漠的伏羲琴，不过他外出的时候把崆峒印留在长沙西北的兵营，只有两个手下守护。郡主相约与靖仇他们里应外合乘此机会夺取崆峒印。
去到隋军大营，一路闯到血阵前，宇文太师手下二虎将之一斛律安出来迎战（又是一场必输的战斗），斛律安击败三人，正欲痛下杀手之时却因为喝了郡主的茶而力气全失，不得不逃避，进入营寨内，击败另一将军上官震远，上官震远见势不妙，从密道逃走，三人追入，通过机关重重的通道后在另一头看到已死的上官震远（为郡主所杀），取得崆峒印后郡主送给靖仇三人通行武关的令牌并让靖仇到京城大兴郡主府去找她。
出密道回到江都后和师傅一起赶往大兴（过长沙往北过武关到大兴），到大兴去到郡主府（入城后西城门旁的街道上），和郡主对话后在郡主府住下，与宇文太师府（郡主府东面）得知太师所布下的血阵下一个目标是长沙，赶回郡主府告诉师傅后赶往长沙救人。
（支线剧情：和大兴城门口左边的小孩对话去到城内利人市的比武擂台，连续念25次天下第一，如果没错的话可以在擂台上找到提高灵力上限值的活灵芝；和擂台边上私奔的男女对话，并资助三千两给男子提亲可以取到他藏在洛阳某处的宝物；和市集山的小孩对话可以去寻找他们所说的藏宝，依次调查利人市酒店招牌--太师府匾额--利人市药店旗帜--大兴城楼大兴牌额，可得到糖葫芦；在客栈和孤女长孙燕儿对话可以设法帮助她；在大兴利人市酒店中听到奸商对话后去到郡主府在凉亭中可以找到绿色彗星碎片）
三人赶到长沙边上隋军大营，可惜仍然迟了一步，血珠已成，靖仇三人直接杀入大营，但根本不是宇文太师之对手（战斗必败），宇文太师以靖仇师傅为人质逼靖仇交出崆峒印和神农鼎两样宝物，无奈之下靖仇只得以缓兵之计求得三天时间。
三人赶到仙界（通过人间传送点）然翁居向古月及老仙翁求助，但两位仙人都不在，住了一晚之后三人只得回隋军大营以神器换回师傅。师傅虽然伤势无大碍，但已无行动能力，三人只得先留下师傅休养赶去大兴郡主府。
到大兴郡王府内，从郡主口中得知真正的女娲石在巴蜀古王墓中并送给靖仇出关令牌，出大兴城西南面关卡去到西面的巴蜀古王墓，谁料宇文太师手下虎将之一斛律安也已到达，三人击败他后在佛像顶部取得女娲石，但却被斛律安拼尽余力利用小雪身体不适之机夺得女娲石并传送回宇文太师那里。
回到郡主府，师傅也已赶到，因得知靖仇以神器交换自己而大发雷霆，靖仇三人只得和郡主去另外的房间商议，但小雪身体突然不适，靖仇和玉儿去请城内最好的宋大夫来为小雪治疗。大夫为小雪下了药之后，郡主带领靖仇和玉儿两人通过密道进入皇家藏宝室偷取神农鼎、崆峒印和女娲石，很顺利的在最里面的藏宝室取得三样神器和虎符令牌后回到郡主府。小雪情况也好了些，但却突然请求靖仇将神器暂且还给宇文太师，两人不知小雪为何如此，但只当是她身体不适，并未放在心上。
翌日，小雪突然不见了，并带走了神农鼎和崆峒印，只在她的屋内留下了女娲石和一束白发，郡主得知后突然变得暴躁起来，让玉儿和靖仇去大兴城门以及玄武门打听小雪是否出城，但两处都称并未见小雪出城，回到郡主府，又有使女来报小雪去了宇文太师府。于是靖仇二人赶到太师府，恰好听到宇文太师要韩腾将军率兵去灵武完成最后一颗血灵珠。两人连忙回到郡主府略作交代之后赶去灵武。
过长寿及萌下两个关卡，走过迷津沙后去到北方的灵武，经过那里赶到灵武城西北的隋军兵营，两人这一次终于赶在血阵发动之前阻止了韩腾将军，击败韩腾之后小雪突然手持轩辕剑出现阻止两人破坏血阵，终于第六颗血灵珠也被炼成。并且两靖仇自以为可以依靠的昆仑镜也被"轩辕剑"击碎，随后韩腾携小雪一起离去。
两人回到郡王府，郡主告诉靖仇说有条通往太师府的密道，可以前去设法取回神器，但靖仇又无心再与任何做对。
深夜，玉儿一人在弹琵琶以遣愁怀，郡主出现以情诱动玉儿随她去太师府密道找寻小雪。在太师府内玉儿找到小雪，方才知道原来宇文太师和小雪分别是昆仑镜和女娲石转世之人，而宇文太师以预见未来之能力预见了赤贯星之灾，为此必须集齐琴鼎镜石印五样神器以补天之痕方才能弥此灾祸。小雪不能离开太师府，留下书信给玉儿让其告诉靖仇，但归途中郡主突然现出魔头真面目，突袭玉儿并栽赃给宇文及小雪使得靖仇误以为真。靖仇不肯让小雪替伤重的玉儿治疗，只是听其所劝将玉儿带到仙界找古月仙人救治，无奈为时已晚，古月仙人赶到之时玉儿已无气息，古月纵有回天之力也无法使玉儿复生，唯有替其做一水晶棺材以保其身体及魂魄不散。
三日后，靖仇去到对弈亭，古月仙人听了靖仇所述后劝其放弃与宇文争斗之心，因宇文目前几已天下无敌，连古月也已不是他对手了。古月还告诉靖仇天界的伏羲宫殿中的天女白玉轮可使死去之人复活，但要登天，则必须集齐其他五样神器方可。
靖仇收起放置玉儿之水晶棺后到对弈亭与仙人告别后回到大兴郡主府，此时的靖仇心丧若灰，只想回到北方玉儿故乡，师傅见靖仇如此，也不再勉强复国之时，唯有叹息而已，而郡主见无计可施，也只有自己再谋他法。
往北方行的途中，靖仇和师傅在河道断崖过夜，夜里救下被匪徒所劫之居民后靖仇吹笛思人，巧遇李世民，两人一见如故并相约第二日在太原城门口相会。
翌日，在太原城门见到李世民，李带两人来到自家府邸，靖仇在那里见到玉儿姐夫张烈和李靖。靖仇将所有之事尽皆告诉张烈后两人决定一起去找宇文太师算帐。张烈自称从宇文义父那里学到了针对其弱点的鬼谷道术，因此带领大家先去云岗石窟寻找可以与宇文想抗衡的宝物（似乎也没有吗！），在云岗石窟，用汰玉如来放在顶端石窟的桌子上开启天梯直通洛阳。
赶到通天塔，却为宇文所施放的地龙阴火所阻无法入塔，三人只得先回到洛阳寻找李靖已取其去准备的宝物以破地龙阴火。在客栈遇到郡主后三人洛阳城门口遇到李靖，其后一起去到张烈（虬髯客）在洛阳准备的虬髯客栈，张烈将十年来在中原经营积累全部交于李靖后与靖仇一起赶去通天塔阻止宇文拓布阵。以龙狱破了地龙阴火之后入塔，去到高处遇到在此防卫的韩腾，将其击败后上到塔顶，宇文太师第一次以十分之一的力量和靖仇及张烈战斗失败，为了顺利施法不得已动用轩辕剑将靖仇击败（第二次战斗必败）。正此其时，郡主突然出现以小雪为人质扰乱宇文心神，靖仇伺机击倒宇文太师，郡主终于现出真面目，原来她原是西方撒旦之女魔将，如此处心积虑就是为了乘天狗蚀日，赤贯妖星划破天界结界的机会让西方魔界进入人间为祸。
千钧一发之时，小雪以轩辕剑的力量护送靖仇、张烈和自己三人躲入洛阳边上的荒野山洞，几天后，靖仇醒来方知原委，见大错已酿成，决定去找仙人看是否还有挽救的办法。
到天外村然翁居找到老仙翁，他也没有办法，但让靖仇去莫支滩找古月仙人看是否会有解救之法。找到古月仙人，仙人指点出两个方法，靖仇连忙通过传送点去到凡间寻找已经失落的神奇和宇文拓。
通过魔界传送（按次序先后从仙界依次打开的魔界传送点行动）点分别去到殇魂塔击败千年狐狸精取得崆峒印和在蛰魂塔击败千年琵琶精取得神农鼎。去到通天塔，在门口遇到了程咬金和秦叔宝，原本想入内救出宇文拓和伏羲琴，但被魔界之火所阻，只有回到仙界向仙人讨教。古月仙人再次陪同靖仇下凡来解决难题，古月将通天塔门口的魔火熄灭后众人兵分三路，靖仇一行去救宇文太师、古月去塔顶布阵、而李世民、程咬金等人则去破坏血灵珠。
靖仇三人在塔内找到宇文拓，却被已恢复魔力的郡主所阻，击败她（难打）后，郡主虽是魔界中人，但却为了情之一字放弃了吃下撒旦魔果和宇文太师做最后一搏的机会而死去。上到瘩顶，众人按古月仙人的安排布下失却之阵，以昆仑镜（宇文太师）为核心发动阵法回到赤贯破天之前。古月为耗费了大量体力的宇文恢复精力之后，不顾靖仇师傅的呵斥，再次发动失却之阵到达连接天界的虚无之门，众人通过虚无之门最终到达传说中的伏羲神殿。
众人在伏羲神殿中见到了古月先前所说的可使死人复活的天女白玉轮之阵，靖仇不由生出了使玉儿复生的念头，但如此一来，则可能耗去已化为人形的昆仑镜及女娲石的宇文和小雪的大量体力，有使他们在进行最后的失却之阵时回复原形，而要再次投胎转世，则需要一个甲子的时间。孰去孰从，靖仇不禁进退彷徨……
这之后的剧情发展取决于之前的进入魔王岩的发方法，如果选择藏身于车中进入，则玉儿会在这里复活；如果之前选择潜水进入，则玉儿不会复活。
之后去到伏羲神殿旁的赤贯星内，经过赤贯星中心之柱后进入赤贯星最深处将两处光芒关闭打开开启失却之阵的传送点，去到失却之阵的布阵之地，布阵完毕，郡主却又赶至，现出魔女原形，打败她后。宇文拓念其在魔界世界中对自己的一番情谊，遂答应魔女最后的要求，死后将她的灵魂带回西方的故乡，而古月也将其魂魄封入伏羲琴中，以使其再次转世虽仍身出魔界，但已无魔心。正要发动阵法，突然发现有人在破坏赤贯星中枢之柱，为保阵法得以施法，靖仇三人赶往那里，却发现原来是受了魔女诱惑吃下撒旦之果的师傅在捣乱，逼不得已之下，靖仇只得与已化身为魔师傅为敌，最终虽战败了师傅，但师傅也已逝去，顾不得心中的悲痛，靖仇三人赶回失却之阵，古月仙人祭起阵法……
天空白光闪过，天之痕慢慢补起。
大结局一：
虚空中，靖仇忘却了心中最惦念的师傅的记忆，突又见到小雪前来道别，小雪耗尽了最后的体力，实在无法继续坚持，变回了原形，唯有在这最后的时刻祝福靖仇能和玉儿此生永远幸福的在一起；临别之前，小雪用最后的能力将与师傅的回忆还给了靖仇，等众人回到陆地上，小雪已经回复成了女娲之石……
天上一日，人间十年。靖仇他们回到大地已是十年之后，隋朝战乱已经结束，而天下也早已归于李家（唐代）。
自此，靖仇与玉儿结为伴侣，终生在终南山后守护着女娲石与师傅的衣冠冢；而张烈找到在人间守侯他十年的月儿后，两人云游天下，逍遥自在；宇文则自认罪孽深重，带着独孤郡主的灵魂前往西方，临别前将轩辕剑与靖仇之炼妖壶交换以作纪念……
人间有情、更胜天道！六百年后，终南山靖仇夫妇墓前，常常会见到一白发胜雪之仙子，飘然而至，在两人墓前垂手供花……
大结局二：
玉儿无法复活，随着失却之阵的发动，她在靖仇心
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