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现设有临床医学11个专业（本硕连读，学制七年; 本硕博连读，学制八年）、口腔临床医学专业（学制五年）、内科学、儿科学、影像医学与核医学、外科学、妇产科学和耳鼻咽喉科学等专业 （医学硕士、博士及硕博连读）。基础医学及现代生物医学研究侧重于重大疾病如恶性肿瘤、心血管病、神经细胞退化等疾病的机理探讨及治疗。南开大学基础医学及现代生物医学研究团队师资雄厚，科研经费 超过三千万元。现设有生物医学工程、生理学、药理学、生物化学与分子细胞生物学、免疫学和人体解剖与组织胚胎学等基础生物医学等专业（理学硕士、博士及硕博连读）。
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