Question

SSR引物的扩增位点问题

有些文章说，一对SSR引物可能有多个位点，是什么意思？表现在聚丙烯凝胶电泳图谱上是怎么回事？在线等高手，谢谢。

Answer 1

SSR也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列，所以
SSR标记就将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性。
而在一个基因组DNA中，某个微卫星DNA（SSR）有可能存在多个，所以也就会有多个位点，因为他克隆的是SSR本身，具体可能会出现两种情况，一个是它会扩增出两个SSR基因中间的片段，而产生除SSR外的其它条带，也有可能酶的活性不够，SSR基因之间距离过远，就只会产生SSR片段，和正常只有一个位点的情况一样。这个没有自己做过，是我自己根据一些知识推测出来的，希望对你有帮助。

追问

那您的意思是，一般情况下，SSR只有一个位点，如果出现多个位点，是不正常现象？

追答

应该要看那个模板里面你选用来设计位点的SSR到底有多少个了，如果很多的话，自然有多个位点，这个我也不是很确定是不是正常。