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《神奇宝贝特别篇》是日下秀宪作脚本，真斗和山本智作画的1997年连载至今的漫画作品。《精灵宝可梦特别篇》的剧情围绕着主系列游戏的剧情展开，包括了漫画主人公在游戏对应地区历险、挑战地区道馆、参加宝可梦联盟、与地区中传说的宝可梦们邂逅的故事。作品的日文版在日本国内漫画市场多次表现优异。其英文版赢得了2009年第一届尼克国际儿童频道连环画奖“最受欢迎的漫画
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第一章（红·绿·蓝篇）
·主角：小智、小茂、小蓝 ·反派：火箭队 ·涉及册数：1~3 故事大意： 真新镇里，有一位非常喜爱神奇宝贝的少年“小智”。为了让自己变的更强，小智造访大木研究所，并得到博士的认可，从他那得到了一个神奇宝贝图鉴和神奇宝贝“妙蛙种子”。大木博士还告诉他，只要将图鉴资料全部收集完成，他就能成为很厉害的神奇宝贝训练师。 小智并朝着这个目标，展开了他的旅程。旅途中，小智不时会遇到大木博士的孙子“小茂”，两人在旅程中亦敌亦友地互相成长；另外还遇到了一个神秘而机智的少女“小蓝”。 火箭队是个企图利用神奇宝贝来获取更多金钱及利用神奇宝贝的力量征服世界的邪恶组织，因为真新镇（纯白镇）拥有适合神奇宝贝居住的纯净环境。于是他们打算将真新镇（纯白镇）占为己有。小智、小茂、小蓝等人，因此来到火箭队的大本营－金黄市的西尔佛公司和火箭队进行决战，他们能够成功吗？ 之后，小智来到了常磐森林。森林似乎发生了异变，使得在里面迷路的小女孩吓得惊魂未定。还好，小智将这个小女孩送回了她的家－常磐市。在常磐市里，小智也和火箭队馆长－坂木老大进行了激战。 之后，小智、小茂、小蓝等人，参加了三年一度的神奇宝贝联盟赛。到底冠军会奖落谁家呢？
第二章（小黄篇）
·主角：小黄、小智、小茂、小蓝 ·反派：关都四天王 ·涉及册数：4~7 剧情大纲： 在小智等人与希尔佛公司激烈对战后的两年。某天，小智接到以四天王志霸所署名的挑战书，接受挑战后下落不明，只剩下伤痕累累的皮卡回到大木研究所。 就在大木博士等人为了寻找小智而忙的不可开交时，戴着草帽的神秘少年“小黄”出现了。他取得大木博士的认可后，带着皮卡踏上寻找小智的旅程。 在寻找小智的这段期间内，小黄数次和关都四天王发生战斗。其实关都四天王的真实目的是想要建立神奇宝贝的理想国，消灭所有人类，只留下同理念的优秀训练家。为达到此目的，四天王也派了他们的军团，抢夺能产生强大能量的八个道馆馆长徽章。 之后，小黄来到红莲岛，听从道馆馆长夏伯的话，组成搭档前往四天王的大本营-深红岛-那里只有一个入口，没有出口。在那里，小黄遇上了小蓝、正辉、曾为小黄做过特训的小茂以及火箭队三干部。由于目的相同，于是他们决定暂时联手，分成四组，各自和四天王中的一人对战。他们究竟会怎样呢？小智又是怎么出现的呢？
第三章（金·银·水晶篇）
·主角：金、银、水晶、小智、小茂、小蓝、小黄 ·反派：戴面具的男子及火箭队残党 ·涉及册数：8~15（少部分） 故事大意： 关都四天王之战过后一年，新的冒险在城都地方展开。和神奇宝贝情同手足的少年“金”，为了追查从空木研究所偷走小锯鳄及从大木博士那偷走新神奇宝贝图鉴的神秘少年“银”，带着火球鼠等神奇宝贝与好不容易争取回来的新图鉴一起踏上旅程。 另一方面，为了收集图鉴的资料，大木博士找来了捕获专家“水晶”。三人究竟会在什么样的情况下聚集在一起呢？而水君、雷公、炎帝也从地震后的圆朱市苏醒了。他们会为训练师的旅程带来什么样的变化？ 另外，阻挡在三人面前的神秘敌人－戴面具的男子，其真面目似乎是道馆馆长，为此神奇宝贝协会召集了关都和城都的道馆馆长，打算进行对抗战，并从中找出犯人。至于小智等关都的主角们也因为各自有事而来到了城都地方，和拥有新图鉴的三人会合。 到底戴面具的男子召集火箭队残党、捕捉凤王和洛奇亚的目的为何？拥有历代图鉴的少男少女们能顺利阻止他的阴谋吗？道馆馆长也将进行精采的对决...！ 紧张刺激的第三章故事，就此展开！
第四章（红宝石·蓝宝石篇）
原命名芳缘，后经由日方要求改为丰缘。 ·主角：路比、沙菲雅 ·反派：火岩队&水舰队 ·涉及册数：15（大部分）~22 （少部分） 故事大意： “戴面具的男子”事件发生后两年，在丰缘地区，一个刚从城都地方（小金市）搬来这的少年“路比”，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女“沙菲雅”。 沙菲雅是小田卷博士的女儿，由于沙菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。 同时，丰缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，丰缘地方的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。 究竟有没有人能够阻止这两大集团的野心呢？路比和莎菲雅是否能达成自己的目标呢？又是什么命运将他们两个紧紧缠在一起呢？全新的传说即将展开！
第五章（火红·叶绿篇）
·主角：小智 小茂 小蓝 小黄 银 ·反派：火箭队（三兽士、坂木） ·涉及册数：22（少部分）~26（少部分） 故事大意：超古代神奇宝贝复苏事件半年后，在关东，大木博士收回了小智，小茂和小蓝三人的图鉴。小蓝即将与父母见面。一个未知敌人的攻击破坏了重逢的喜悦，小蓝的父母消失。小智和小茂从企图破坏七岛的火箭队三兽士口中得知，攻击小蓝的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇西斯，而代欧奇西斯本身与来自真新镇的图鉴拥有者互相吸引。三人为了战胜胜敌人向极梅婆婆学习了终极绝招，而意外中得知，这是火箭队坂木的阴谋。坂木意图抓住代欧奇西斯，得到全宇宙最大的力量，而借此寻找自己的儿子。而另一个基因神奇宝贝：超梦的出现，使这场战斗更为精彩…… 并且，银的真实身份也将被揭穿……
第六章（绿宝石篇）
·主角：米拉特、水晶、路比、莎菲雅、金、银、小智、小茂、小蓝、小黄 ·反派：盔甲人（水梧桐） ·涉及册数：26（大部分）~29 故事大意： 七之岛骚动约三个月后，被名为对战开拓区的神奇宝贝对战专业区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被梦幻神奇宝贝·拉帝亚斯及拉帝欧斯带到那里去。称为米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热衷于“神奇宝贝对战”，扬言要“称霸”对战开拓区。打算向对战塔提出挑战申请的米拉特，好巧不巧的打断了开幕式。米拉特当然被开拓之脑们训了一顿，但莅临的媒体却以为是开幕式的桥段之一，开拓之脑们为避免混乱，对媒体宣布设施开放的7天，将给予对战开拓区的挑战权，于是米拉特的对战之旅开始了。 另一方面，几乎同时间“许愿星”在对战开拓区中觉醒，觊觎那股力量的魔爪正悄悄逼近…… 主要连载于Pokemon Wonderland（从vol.9开始），单行本第26本开始连载
第七章（钻石·珍珠篇）
·主角：迪亚、帕尔、贝立兹
封面30
·反派：银河团 ·涉及册数：30~38 故事大意： 这个故事是以游戏“钻石·珍珠”作为一个新章。名为“钻石·珍珠篇”。主角分别是迪亚、帕尔、贝立兹，是在2006年11月在小学三年级开始连载的一个新故事。还有，主角迪亚、帕尔2人的性格，与前6章的主角的性格有很多差异。钻石和珍珠为了让幼稚园的小朋友能够有笑容，向着搞笑艺人为目标前进。有一天，2人在搞笑艺人的地方登场，获得了旅行卷（在一周内无限期使用真砂镇公园的自行车）。另一方面，神奥地区的有钱人家“ベルリッツ家”（未有正式中文翻释）里，贝立兹决定“为了收集家徽” 。后来，贝立兹误认为迪亚和帕尔是被聘请的她的保镖，而迪亚和帕尔误认为贝立兹是他们旅行的导游，三人向着共同的目的地——殿元山顶出发了。之后，贝立兹为了为被一群礼士蟋蟀打倒的圆企鹅重拾信心以及为了家族的荣耀，她先后打败了三位道馆馆主，并在迪亚和帕尔的支持和帮助下在华丽比赛胜出了一次。 经过几重波折，贝立兹取得了五枚徽章。和迪亚、帕尔一起和计划“创造新世界”的银河团多次交战，得知他们打算在立志湖、心齐湖、睿智湖之一投下“银河炸弹”来引出三圣菇，制造赤色锁。于是三人分头前往三湖泊阻止银河团的阴谋，却全员落败。（途中贝立兹得到了第六、第七枚徽章）结果银河炸弹在立志湖爆破，三圣菇最终落入银河团之手。为了使自己变得更强，贝立兹接受第八馆主电志的特训，并得到了第八枚徽章，帕尔接受野濑市馆主的特训，迪亚则只身潜入银河团基地救出三圣菇。虽然在基地汇合的三人以“放弃图鉴”的代价解放三圣菇，但是赤色锁也迎来了完成。赤木带着赤色锁前往殿元山与三干部汇合，却遭到六馆主的合击。当三干部迎击六馆主时，赤木成功召唤出掌控时空的神奇宝贝帕鲁奇亚和迪亚鲁加，一举击败刚打败三干部的六馆主。同时，萨奇也来到了殿元山。 她的真名是saque，赤木的新宇宙创造计划从数年前起便开始计划了，当时为了搜集调查与宇宙有关的PM数据，萨奇潜入火箭队，目的是捕获代欧奇希斯敬奉给赤木。同时也通过火箭队知晓其他组织，帮助水梧桐也是因为萨奇觉得就这样让如此强大的邪恶消失实在可惜。当年萨奇的达克莱伊的技能与超梦的技能相互碰撞，产生了出乎意料的效果，使得5人被石化。萨奇对这一现象非常好奇，之后的日子，她一边追逐代欧，一边试图破解人类石化的秘密。当时由于身负重伤，萨奇请求了一组杂兵支援。萨奇因为代欧和调查石化等原因暂时无法回神奥，便在其中一名杂兵中注入了自己的思想，那就是后来的高级杂兵。杂兵对图鉴的高度重视也是由于萨奇本人对图鉴所有者的执著产生的。在追逐代欧的途中，碰到超梦的追击。超梦也很想解开5人的石化。萨奇好不容易才摆脱追踪逃回了殿元山顶。三位馆主分别将自己的PM寄托给白金。因为小李比较穷，没有PM送给白金，于是便将电磁寄放在她身边的帕奇利斯给了白金，白金的队伍正式完成。由于时空双神的战斗，整个神奥地区像这时山顶上空出现了空洞，赤木认为这是新世界的中心，所有旧世界的不完全体都将被空洞吸收。（但是躲在暗处的冥王星却不这么认为）中了空间移动金手指一样，空间的连接变得非常奇怪，时间的流动也反复不定。 戴亚为了阻止空洞扩张，企图冲进洞里从另一头将洞关上。 就在这时，忽然有一股力量拉住了他！ 从白金的包中忽然飞出一只巨型PM拉住了戴亚。 同时被传送到山顶的脚印博士看着巨型PM的脚印解读到 “被任命一直在等待此刻。战斗，为了神奥，与训练师一同竭尽全力” （另外全场除了躲在暗处的冥王星外没人知道这只PM的名字） 在圣柱王的牵制下，空洞没有继续扩大。最后双神解除了束缚，赤木也昏迷不醒。既然来到的山顶，那自然不能忘记这次旅行真正的目的。 家族的纹章完成。 这时躲在暗处的冥王星看着雷吉心里直痒痒。 冥王星的目的是捕捉传说中的PM，但是眼下更重要的事情是调查即将消失的天空的空洞。 这时冥王星的行踪被冬岗和博士等人发现，骚乱中，测定空洞的仪器与空洞的波长发生同调，一个巨大的身影突然出现，抓走了时空双神与赤木。从冥王星口中众人知道了破裂世界的存在。 逃跑中，冥王星无意中掉落的笔记本被戴亚捡到。 众人明确了自己下一步该做的事： 帕尔迪亚 调查笔记中记载的传说精灵 电志 在隐泉之路的黑洞中感受到强大的力量，对此产生了兴趣，为了调查黑洞首先与奥巴在战斗地区合流 其他馆长 医院 冠军 送馆长去医院 贝立兹 原本计划寻找两位原保镖，听了冥王星一席话后......
第八章（白金篇）
神奥地区新的地区—战斗设施，普拉蒂娜·贝立兹决定向对战开拓区出发，决心要挑战对战开拓区，并向开拓区首脑们打听“破碎的时空”的消息，希望能够找到先前因为银河团搞鬼而消失的两位保镖。在对战开拓区，她与正在调查银河团余党的神奇宝贝警察— “Handsome”会和，新的战斗故事由此展开……
第九章（金心魂银篇）
·主角：金、银、水晶、 ·反派：火箭队四天王 故事大意： 金心魂银主要讲述了编号为493的创世神也就是大家熟悉的720为主的一次冒险,本篇四天王和金、银、水晶都在收集石板,石板共16块。 金的波克太郎会在本篇进化成波克基斯，长尾怪手变成双尾怪手......而小茂的铁甲暴龙给了银进化成了超铁暴龙狃拉进化成了玛狃拉,黑暗鸦也同时进化成绅士鸦.... 日本心金魂银已经连载完了,预计明年就可以出了 剧情大概：心金魂银篇的故事被分割成2份 1.金是主角，买了一套新衣服，随小茜到运动会场，参加运动会，赢了一面奖牌，遇上四天王，后来制服了渡失控的启暴龙/快龙，之后在圆朱市（正名为缘寿市）看歌舞妓表演，暗中让PM进行训练，尾太郎成功进化为双尾怪手；而至今唯一没有进化经验的波克太郎在一旁看见就很不是味儿。金再次与馆主松叶相会，并随后遇见了银...接下来，阿尔宙斯突然出现并袭击道馆，然后飞走，之后金独个儿追著阿尔宙斯到了亚鲁夫遗迹，看见受伤的渡，并从他手上取得光之石。金苦战阿尔宙斯，然后波克比成功连续进化，向阿尔宙斯施出强力一击。见证了金和波克太郎羁绊的阿尔宙斯终於被净化，飞走了。结尾还用了一个画面交代金踏上新的冒险。 2.银是主角。 银到旋涡岛的秘密基地会见渡，见不成渡，倒是遇上了同样来找渡的小桩，还被小桩误会是袭击渡的人（渡与小桩的通讯忽然中断，令小桩意识到渡是受到袭击）。之后他们受火箭队暗算。 另一方面，三兽士之一的查克拉成为了火箭队的新首领，在新的狩猎区建了基地；但只认同板木的四将军突然出现，把查克拉打倒，成为了火箭队的领导层。 银追查火箭队的消息，来到了狩猎区，遇到米那君，并与四将军之一的拉姆达战斗。从拉姆达能够易容成渡这点，可肯定他曾见过渡。 另一边厢，水晶要带孤儿院的孩子远足，她母亲对水晶身穿研究服前往远足一事看不过眼，要她换上新衣后才出发...然后她和银在狩猎区相遇。接著她让米那君照顾孩子，她则和银出发展开作战行动。 之后他们受到四将军之一的雅典娜袭击...银成功逃脱并抵达圆朱市，水晶则继续战斗。银想要会见圆朱市的馆主松叶，但受到其他馆主们的拦截。经过战斗后，馆主们发现银的超铁暴龙其实就是从茂的铁甲暴龙进化而成的，银亦说出了圈圈熊跟板木一同失踪的事：战斗边疆的战斗结束后，银带茂回到寓所，但找不到圈圈熊和板木。发现板木失踪时，茂已经变成了心魂版的造型，银则仍然停留在金银时期的造型，没有交代之后是怎样变成心魂造型的... 银终於可以见松叶了，发现金已经先一步来到。 另一方面，阿尔宙斯出现在水晶面前，水晶还企图捕获阿尔宙斯...四将军其余成员都到齐了，但四将军之首的亚波罗不打算制止水晶。他还说不论水晶成功捕获阿尔宙斯与否都没有问题，因为他们的目的只是要到达神都遗迹... 水晶的捕获失败后，阿尔宙斯飞走了，飞到圆朱市并袭击道馆，之后阿尔宙斯再次飞走，金则追阿尔宙斯去了。银出发收集其余的石板（阿尔宙斯的），后来找到受伤的水晶，和她一同到亚鲁夫遗迹，看见金正在苦战阿尔宙斯。四将军也在一旁看著。银身上的石板与阿尔宙斯产生同调，使阿尔宙斯把在场的银、金、水晶、四将军等人都送到了神都遗迹... 在神都遗迹，四将军胁持著阿尔宙斯，并要求银交出石板，银照办...亚波罗利用石板的力量，轻易地改变阿尔宙斯的属性，让阿尔宙斯作出攻击。最后亚波罗更要阿尔宙斯当场制造帝牙卢卡、帕露奇牙、骑拉帝纳3神出来... 正当四将军其中3人泪目时，剩下的拉姆达另有企图...原来狩猎区一战败北后，拉姆达回到基地，尝试易容成银，被牢中的查克拉看见，说出了银是板木儿子的事实。本来拉姆达还是半信半疑，但当他向银提及这点时，从银的反应中看出查克拉说的是事实。 拉姆达突然指挥大口蝠向银用"舌舔"，使银暂时看不见东西和发不出声音。这样一来，当板木回来看见儿子被弄成这样，便会怪罪不知情的四将军，而他则可以佯装是银的保护者，骗取板木的信任。 银忽然自个儿冲向阿尔宙斯，拉姆达慌了，马上叫其余的将军阻止他。金明白银是为了制造机会让他们攻击阿尔宙斯才这样做，於是立刻指挥御三家使出究极技。终於，神奥3神变回能量，逆流到阿尔宙斯体内。阿尔宙斯向四将军发动攻击，令他们消失了。石板被阿尔宙斯吸回体内。取回力量的阿尔宙斯，再一次成为神，完满结束了。
第十章（黑白篇）
主角：布莱克（ブラック）、怀特（ホワイト） 反派：等离子队（暂译） 故事大意： 以称霸合众联盟为目标的布莱克，带着ポカ（暖暖猪）等神奇宝贝踏上旅程，途中遇上BW公司社长的怀特，为了完成暖暖猪的电影制作，所以借布莱克的雄性暖暖猪进行拍摄工作，拍摄时突然遇到神奇宝贝的袭击，为了查明真相，布莱克使用ムンナ食梦，并进行推理。
其实就是按照游戏的剧情改编的，如果玩过游戏的话大致都会了解
·主角：小智、小茂、小蓝 ·反派：火箭队 ·涉及册数：1~3 故事大意： 真新镇里，有一位非常喜爱神奇宝贝的少年“小智”。为了让自己变的更强，小智造访大木研究所，并得到博士的认可，从他那得到了一个神奇宝贝图鉴和神奇宝贝“妙蛙种子”。大木博士还告诉他，只要将图鉴资料全部收集完成，他就能成为很厉害的神奇宝贝训练师。 小智并朝着这个目标，展开了他的旅程。旅途中，小智不时会遇到大木博士的孙子“小茂”，两人在旅程中亦敌亦友地互相成长；另外还遇到了一个神秘而机智的少女“小蓝”。 火箭队是个企图利用神奇宝贝来获取更多金钱及利用神奇宝贝的力量征服世界的邪恶组织，因为真新镇（纯白镇）拥有适合神奇宝贝居住的纯净环境。于是他们打算将真新镇（纯白镇）占为己有。小智、小茂、小蓝等人，因此来到火箭队的大本营－金黄市的西尔佛公司和火箭队进行决战，他们能够成功吗？ 之后，小智来到了常磐森林。森林似乎发生了异变，使得在里面迷路的小女孩吓得惊魂未定。还好，小智将这个小女孩送回了她的家－常磐市。在常磐市里，小智也和火箭队馆长－坂木老大进行了激战。 之后，小智、小茂、小蓝等人，参加了三年一度的神奇宝贝联盟赛。到底冠军会奖落谁家呢？
第二章（小黄篇）
·主角：小黄、小智、小茂、小蓝 ·反派：关都四天王 ·涉及册数：4~7 剧情大纲： 在小智等人与希尔佛公司激烈对战后的两年。某天，小智接到以四天王志霸所署名的挑战书，接受挑战后下落不明，只剩下伤痕累累的皮卡回到大木研究所。 就在大木博士等人为了寻找小智而忙的不可开交时，戴着草帽的神秘少年“小黄”出现了。他取得大木博士的认可后，带着皮卡踏上寻找小智的旅程。 在寻找小智的这段期间内，小黄数次和关都四天王发生战斗。其实关都四天王的真实目的是想要建立神奇宝贝的理想国，消灭所有人类，只留下同理念的优秀训练家。为达到此目的，四天王也派了他们的军团，抢夺能产生强大能量的八个道馆馆长徽章。 之后，小黄来到红莲岛，听从道馆馆长夏伯的话，组成搭档前往四天王的大本营-深红岛-那里只有一个入口，没有出口。在那里，小黄遇上了小蓝、正辉、曾为小黄做过特训的小茂以及火箭队三干部。由于目的相同，于是他们决定暂时联手，分成四组，各自和四天王中的一人对战。他们究竟会怎样呢？小智又是怎么出现的呢？
第三章（金·银·水晶篇）
·主角：金、银、水晶、小智、小茂、小蓝、小黄 ·反派：戴面具的男子及火箭队残党 ·涉及册数：8~15（少部分） 故事大意： 关都四天王之战过后一年，新的冒险在城都地方展开。和神奇宝贝情同手足的少年“金”，为了追查从空木研究所偷走小锯鳄及从大木博士那偷走新神奇宝贝图鉴的神秘少年“银”，带着火球鼠等神奇宝贝与好不容易争取回来的新图鉴一起踏上旅程。 另一方面，为了收集图鉴的资料，大木博士找来了捕获专家“水晶”。三人究竟会在什么样的情况下聚集在一起呢？而水君、雷公、炎帝也从地震后的圆朱市苏醒了。他们会为训练师的旅程带来什么样的变化？ 另外，阻挡在三人面前的神秘敌人－戴面具的男子，其真面目似乎是道馆馆长，为此神奇宝贝协会召集了关都和城都的道馆馆长，打算进行对抗战，并从中找出犯人。至于小智等关都的主角们也因为各自有事而来到了城都地方，和拥有新图鉴的三人会合。 到底戴面具的男子召集火箭队残党、捕捉凤王和洛奇亚的目的为何？拥有历代图鉴的少男少女们能顺利阻止他的阴谋吗？道馆馆长也将进行精采的对决...！ 紧张刺激的第三章故事，就此展开！
第四章（红宝石·蓝宝石篇）
原命名芳缘，后经由日方要求改为丰缘。 ·主角：路比、沙菲雅 ·反派：火岩队&水舰队 ·涉及册数：15（大部分）~22 （少部分） 故事大意： “戴面具的男子”事件发生后两年，在丰缘地区，一个刚从城都地方（小金市）搬来这的少年“路比”，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女“沙菲雅”。 沙菲雅是小田卷博士的女儿，由于沙菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。 同时，丰缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，丰缘地方的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。 究竟有没有人能够阻止这两大集团的野心呢？路比和莎菲雅是否能达成自己的目标呢？又是什么命运将他们两个紧紧缠在一起呢？全新的传说即将展开！
第五章（火红·叶绿篇）
·主角：小智 小茂 小蓝 小黄 银 ·反派：火箭队（三兽士、坂木） ·涉及册数：22（少部分）~26（少部分） 故事大意：超古代神奇宝贝复苏事件半年后，在关东，大木博士收回了小智，小茂和小蓝三人的图鉴。小蓝即将与父母见面。一个未知敌人的攻击破坏了重逢的喜悦，小蓝的父母消失。小智和小茂从企图破坏七岛的火箭队三兽士口中得知，攻击小蓝的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇西斯，而代欧奇西斯本身与来自真新镇的图鉴拥有者互相吸引。三人为了战胜胜敌人向极梅婆婆学习了终极绝招，而意外中得知，这是火箭队坂木的阴谋。坂木意图抓住代欧奇西斯，得到全宇宙最大的力量，而借此寻找自己的儿子。而另一个基因神奇宝贝：超梦的出现，使这场战斗更为精彩…… 并且，银的真实身份也将被揭穿……
第六章（绿宝石篇）
·主角：米拉特、水晶、路比、莎菲雅、金、银、小智、小茂、小蓝、小黄 ·反派：盔甲人（水梧桐） ·涉及册数：26（大部分）~29 故事大意： 七之岛骚动约三个月后，被名为对战开拓区的神奇宝贝对战专业区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被梦幻神奇宝贝·拉帝亚斯及拉帝欧斯带到那里去。称为米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热衷于“神奇宝贝对战”，扬言要“称霸”对战开拓区。打算向对战塔提出挑战申请的米拉特，好巧不巧的打断了开幕式。米拉特当然被开拓之脑们训了一顿，但莅临的媒体却以为是开幕式的桥段之一，开拓之脑们为避免混乱，对媒体宣布设施开放的7天，将给予对战开拓区的挑战权，于是米拉特的对战之旅开始了。 另一方面，几乎同时间“许愿星”在对战开拓区中觉醒，觊觎那股力量的魔爪正悄悄逼近…… 主要连载于Pokemon Wonderland（从vol.9开始），单行本第26本开始连载
第七章（钻石·珍珠篇）
·主角：迪亚、帕尔、贝立兹
封面30
·反派：银河团 ·涉及册数：30~38 故事大意： 这个故事是以游戏“钻石·珍珠”作为一个新章。名为“钻石·珍珠篇”。主角分别是迪亚、帕尔、贝立兹，是在2006年11月在小学三年级开始连载的一个新故事。还有，主角迪亚、帕尔2人的性格，与前6章的主角的性格有很多差异。钻石和珍珠为了让幼稚园的小朋友能够有笑容，向着搞笑艺人为目标前进。有一天，2人在搞笑艺人的地方登场，获得了旅行卷（在一周内无限期使用真砂镇公园的自行车）。另一方面，神奥地区的有钱人家“ベルリッツ家”（未有正式中文翻释）里，贝立兹决定“为了收集家徽” 。后来，贝立兹误认为迪亚和帕尔是被聘请的她的保镖，而迪亚和帕尔误认为贝立兹是他们旅行的导游，三人向着共同的目的地——殿元山顶出发了。之后，贝立兹为了为被一群礼士蟋蟀打倒的圆企鹅重拾信心以及为了家族的荣耀，她先后打败了三位道馆馆主，并在迪亚和帕尔的支持和帮助下在华丽比赛胜出了一次。 经过几重波折，贝立兹取得了五枚徽章。和迪亚、帕尔一起和计划“创造新世界”的银河团多次交战，得知他们打算在立志湖、心齐湖、睿智湖之一投下“银河炸弹”来引出三圣菇，制造赤色锁。于是三人分头前往三湖泊阻止银河团的阴谋，却全员落败。（途中贝立兹得到了第六、第七枚徽章）结果银河炸弹在立志湖爆破，三圣菇最终落入银河团之手。为了使自己变得更强，贝立兹接受第八馆主电志的特训，并得到了第八枚徽章，帕尔接受野濑市馆主的特训，迪亚则只身潜入银河团基地救出三圣菇。虽然在基地汇合的三人以“放弃图鉴”的代价解放三圣菇，但是赤色锁也迎来了完成。赤木带着赤色锁前往殿元山与三干部汇合，却遭到六馆主的合击。当三干部迎击六馆主时，赤木成功召唤出掌控时空的神奇宝贝帕鲁奇亚和迪亚鲁加，一举击败刚打败三干部的六馆主。同时，萨奇也来到了殿元山。 她的真名是saque，赤木的新宇宙创造计划从数年前起便开始计划了，当时为了搜集调查与宇宙有关的PM数据，萨奇潜入火箭队，目的是捕获代欧奇希斯敬奉给赤木。同时也通过火箭队知晓其他组织，帮助水梧桐也是因为萨奇觉得就这样让如此强大的邪恶消失实在可惜。当年萨奇的达克莱伊的技能与超梦的技能相互碰撞，产生了出乎意料的效果，使得5人被石化。萨奇对这一现象非常好奇，之后的日子，她一边追逐代欧，一边试图破解人类石化的秘密。当时由于身负重伤，萨奇请求了一组杂兵支援。萨奇因为代欧和调查石化等原因暂时无法回神奥，便在其中一名杂兵中注入了自己的思想，那就是后来的高级杂兵。杂兵对图鉴的高度重视也是由于萨奇本人对图鉴所有者的执著产生的。在追逐代欧的途中，碰到超梦的追击。超梦也很想解开5人的石化。萨奇好不容易才摆脱追踪逃回了殿元山顶。三位馆主分别将自己的PM寄托给白金。因为小李比较穷，没有PM送给白金，于是便将电磁寄放在她身边的帕奇利斯给了白金，白金的队伍正式完成。由于时空双神的战斗，整个神奥地区像这时山顶上空出现了空洞，赤木认为这是新世界的中心，所有旧世界的不完全体都将被空洞吸收。（但是躲在暗处的冥王星却不这么认为）中了空间移动金手指一样，空间的连接变得非常奇怪，时间的流动也反复不定。 戴亚为了阻止空洞扩张，企图冲进洞里从另一头将洞关上。 就在这时，忽然有一股力量拉住了他！ 从白金的包中忽然飞出一只巨型PM拉住了戴亚。 同时被传送到山顶的脚印博士看着巨型PM的脚印解读到 “被任命一直在等待此刻。战斗，为了神奥，与训练师一同竭尽全力” （另外全场除了躲在暗处的冥王星外没人知道这只PM的名字） 在圣柱王的牵制下，空洞没有继续扩大。最后双神解除了束缚，赤木也昏迷不醒。既然来到的山顶，那自然不能忘记这次旅行真正的目的。 家族的纹章完成。 这时躲在暗处的冥王星看着雷吉心里直痒痒。 冥王星的目的是捕捉传说中的PM，但是眼下更重要的事情是调查即将消失的天空的空洞。 这时冥王星的行踪被冬岗和博士等人发现，骚乱中，测定空洞的仪器与空洞的波长发生同调，一个巨大的身影突然出现，抓走了时空双神与赤木。从冥王星口中众人知道了破裂世界的存在。 逃跑中，冥王星无意中掉落的笔记本被戴亚捡到。 众人明确了自己下一步该做的事： 帕尔迪亚 调查笔记中记载的传说精灵 电志 在隐泉之路的黑洞中感受到强大的力量，对此产生了兴趣，为了调查黑洞首先与奥巴在战斗地区合流 其他馆长 医院 冠军 送馆长去医院 贝立兹 原本计划寻找两位原保镖，听了冥王星一席话后......
第八章（白金篇）
神奥地区新的地区—战斗设施，普拉蒂娜·贝立兹决定向对战开拓区出发，决心要挑战对战开拓区，并向开拓区首脑们打听“破碎的时空”的消息，希望能够找到先前因为银河团搞鬼而消失的两位保镖。在对战开拓区，她与正在调查银河团余党的神奇宝贝警察— “Handsome”会和，新的战斗故事由此展开……
第九章（金心魂银篇）
·主角：金、银、水晶、 ·反派：火箭队四天王 故事大意： 金心魂银主要讲述了编号为493的创世神也就是大家熟悉的720为主的一次冒险,本篇四天王和金、银、水晶都在收集石板,石板共16块。 金的波克太郎会在本篇进化成波克基斯，长尾怪手变成双尾怪手......而小茂的铁甲暴龙给了银进化成了超铁暴龙狃拉进化成了玛狃拉,黑暗鸦也同时进化成绅士鸦.... 日本心金魂银已经连载完了,预计明年就可以出了 剧情大概：心金魂银篇的故事被分割成2份 1.金是主角，买了一套新衣服，随小茜到运动会场，参加运动会，赢了一面奖牌，遇上四天王，后来制服了渡失控的启暴龙/快龙，之后在圆朱市（正名为缘寿市）看歌舞妓表演，暗中让PM进行训练，尾太郎成功进化为双尾怪手；而至今唯一没有进化经验的波克太郎在一旁看见就很不是味儿。金再次与馆主松叶相会，并随后遇见了银...接下来，阿尔宙斯突然出现并袭击道馆，然后飞走，之后金独个儿追著阿尔宙斯到了亚鲁夫遗迹，看见受伤的渡，并从他手上取得光之石。金苦战阿尔宙斯，然后波克比成功连续进化，向阿尔宙斯施出强力一击。见证了金和波克太郎羁绊的阿尔宙斯终於被净化，飞走了。结尾还用了一个画面交代金踏上新的冒险。 2.银是主角。 银到旋涡岛的秘密基地会见渡，见不成渡，倒是遇上了同样来找渡的小桩，还被小桩误会是袭击渡的人（渡与小桩的通讯忽然中断，令小桩意识到渡是受到袭击）。之后他们受火箭队暗算。 另一方面，三兽士之一的查克拉成为了火箭队的新首领，在新的狩猎区建了基地；但只认同板木的四将军突然出现，把查克拉打倒，成为了火箭队的领导层。 银追查火箭队的消息，来到了狩猎区，遇到米那君，并与四将军之一的拉姆达战斗。从拉姆达能够易容成渡这点，可肯定他曾见过渡。 另一边厢，水晶要带孤儿院的孩子远足，她母亲对水晶身穿研究服前往远足一事看不过眼，要她换上新衣后才出发...然后她和银在狩猎区相遇。接著她让米那君照顾孩子，她则和银出发展开作战行动。 之后他们受到四将军之一的雅典娜袭击...银成功逃脱并抵达圆朱市，水晶则继续战斗。银想要会见圆朱市的馆主松叶，但受到其他馆主们的拦截。经过战斗后，馆主们发现银的超铁暴龙其实就是从茂的铁甲暴龙进化而成的，银亦说出了圈圈熊跟板木一同失踪的事：战斗边疆的战斗结束后，银带茂回到寓所，但找不到圈圈熊和板木。发现板木失踪时，茂已经变成了心魂版的造型，银则仍然停留在金银时期的造型，没有交代之后是怎样变成心魂造型的... 银终於可以见松叶了，发现金已经先一步来到。 另一方面，阿尔宙斯出现在水晶面前，水晶还企图捕获阿尔宙斯...四将军其余成员都到齐了，但四将军之首的亚波罗不打算制止水晶。他还说不论水晶成功捕获阿尔宙斯与否都没有问题，因为他们的目的只是要到达神都遗迹... 水晶的捕获失败后，阿尔宙斯飞走了，飞到圆朱市并袭击道馆，之后阿尔宙斯再次飞走，金则追阿尔宙斯去了。银出发收集其余的石板（阿尔宙斯的），后来找到受伤的水晶，和她一同到亚鲁夫遗迹，看见金正在苦战阿尔宙斯。四将军也在一旁看著。银身上的石板与阿尔宙斯产生同调，使阿尔宙斯把在场的银、金、水晶、四将军等人都送到了神都遗迹... 在神都遗迹，四将军胁持著阿尔宙斯，并要求银交出石板，银照办...亚波罗利用石板的力量，轻易地改变阿尔宙斯的属性，让阿尔宙斯作出攻击。最后亚波罗更要阿尔宙斯当场制造帝牙卢卡、帕露奇牙、骑拉帝纳3神出来... 正当四将军其中3人泪目时，剩下的拉姆达另有企图...原来狩猎区一战败北后，拉姆达回到基地，尝试易容成银，被牢中的查克拉看见，说出了银是板木儿子的事实。本来拉姆达还是半信半疑，但当他向银提及这点时，从银的反应中看出查克拉说的是事实。 拉姆达突然指挥大口蝠向银用"舌舔"，使银暂时看不见东西和发不出声音。这样一来，当板木回来看见儿子被弄成这样，便会怪罪不知情的四将军，而他则可以佯装是银的保护者，骗取板木的信任。 银忽然自个儿冲向阿尔宙斯，拉姆达慌了，马上叫其余的将军阻止他。金明白银是为了制造机会让他们攻击阿尔宙斯才这样做，於是立刻指挥御三家使出究极技。终於，神奥3神变回能量，逆流到阿尔宙斯体内。阿尔宙斯向四将军发动攻击，令他们消失了。石板被阿尔宙斯吸回体内。取回力量的阿尔宙斯，再一次成为神，完满结束了。
第十章（黑白篇）
主角：布莱克（ブラック）、怀特（ホワイト） 反派：等离子队（暂译） 故事大意： 以称霸合众联盟为目标的布莱克，带着ポカ（暖暖猪）等神奇宝贝踏上旅程，途中遇上BW公司社长的怀特，为了完成暖暖猪的电影制作，所以借布莱克的雄性暖暖猪进行拍摄工作，拍摄时突然遇到神奇宝贝的袭击，为了查明真相，布莱克使用ムンナ食梦，并进行推理。
其实就是按照游戏的剧情改编的，如果玩过游戏的话大致都会了解
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剧情LS那位给的很清楚了，我就介绍下人物
小智档案 ：
人物设定：电玩 红、绿、蓝、黄、火红、叶绿版男主角 姓名意思：红色 特殊能力：战斗之人 性别：男 血型：O型 出身地：真新镇 年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁 生日：8月8日（狮子座） 拥有的神奇宝贝： 妙蛙（妙蛙种子→妙蛙花→妙蛙花） 皮卡（皮卡丘） 快泳（蚊香蛙→快泳蛙） 卡比（卡比兽） 暴鲤（暴鲤龙)( 用大钳蟹和小霞换的） 翼龙（化石翼龙） 小布（太阳精灵，经火箭队改造，可根据进化之石自由变换成水精灵、雷精灵、火精灵） ※注:除以上队伍外，小智亦曾收服过零散的口袋妖怪，在此不列出。 登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：1~4˙6~7˙9˙11˙13~15˙23~26,29 第一章和第五章的主角，是一个热爱神奇宝贝的开朗少年，立志成为最强的神奇宝贝训练师。曾在第九届神奇宝贝联盟中获得优胜。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被米拉特、水晶（克丽丝）、金（阿金）、沙菲雅（蓝宝）、路比解除石化。
小茂档案 ：
姓名意思：绿色 人物设定：电玩 红、绿、蓝、黄、火红、叶绿版劲敌
特殊能力：培育之人
性别：男 血型：AB型 出身地：真新镇
年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁
生日：11月22日（天蝎座）
拥有的神奇宝贝： 喷火龙（小火龙→火恐龙→喷火龙） 飞天螳螂(飞天螳螂) 哥达鸭(哥达鸭) 怪力(豪力→怪力)（与小智交换进化） 比雕(比雕) 九尾(九尾) 3D龙(3D龙)
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：1~7˙9˙12~15˙23~26,29
是小智永远的劲敌也是永远的朋友，个性冷静沉着，是大木博士的孙子。曾在第九届神奇宝贝联盟中获得准优胜(第二名)。在第三章就任常磐训练馆馆长。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化
小蓝档案 ：
人物设定：原漫画特别篇自创人物/电玩火红、叶绿版女主角
特殊能力：进化之人
姓名意思：蓝色
性别：女 血型：A型 出身地：真新镇
年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁
生日：6月1日（双子座）
拥有的神奇宝贝： 小龟（杰尼龟→卡咪龟→水箭龟） 小胖丁（胖丁） 小皮（皮皮→皮可西） 小百（百变怪） 小墨（墨海马） 小尼多（尼多兰♀）
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：2~3?(4)?5~7?(12)?13~15?23~26, 29
真新镇出生的少女，在5岁时曾被戴面具的男子用凤王抓走，后逃出来。原本是穿着黑色连身裙，于火红、叶绿篇换上全新的服装(即电玩 火红、叶绿版女主角)。个性机智、有点容易得意忘形。后来在第五章结局中被石化。 在第六章中被小金和水晶解除石化。
※注:小蓝原本的造型实际上是参照游戏蓝版中，被取消的角色设定。
小黄档案 ：
人物设定：漫画特别篇自创人物
姓名意思：黄色
全名：イエロー?デ?トキワグローブ（小黄。代。常磐丁香）（Amarillo.Del.Bosque.Verde）
特殊能力：治愈之人
性别：女 血型：A型 出身地：常磐市(常磐森林)
年龄：第一章9岁（第3集中登场）/第二章11岁/第三章12岁/第五章14岁/第六章14岁
生日：3月3日（双鱼座）
拥有的神奇宝贝： 皮卡（小智的冲浪皮卡丘） 小拉拉（小拉达→拉达） 小嘟嘟（叔叔送的 嘟嘟→嘟嘟利） 小毛虫（绿毛虫→铁甲蛹→巴大蝶） 小菊石（小霞送的 菊石兽→多刺菊石兽） 小隆隆（小刚送的 隆隆石→隆隆岩）
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：3~7?9?11~15?24~26,29
第二章的主角，是个有很长头发的女生。在常磐森林出生，继承了常磐森林所赐予的特殊能力(可用“气”读取神奇宝贝的思想，也可以治愈神奇宝贝)，这个能力每十年传承一次（另外也有传承给渡等人）。曾在常磐森林迷路被小智所救，从而对小智产生好感，后听从小蓝的指示，出发寻找小智。为了保全小智与自己的良好关系，刻意戴上草帽来掩饰她真正的性别。不擅长收服神奇宝贝，也不喜欢让神奇宝贝战斗。过度使用自己的能力后容易打瞌睡。后来在第五章时,由小智将第一代神奇宝贝图鉴交给小黄，并在结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化。
小金档案 ：
人物设定：电玩 金、银、水晶、心金、魂银版男主角
姓名意思：金色
特殊能力：孵化之人
性别：男 血型：B型 出身地：若叶镇
年龄：第三章11岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：7月21日（巨蟹座）
拥有的神奇宝贝： 爆太郎(火球鼠→火岩鼠→火暴兽) 尾太郎(长尾怪手) 蛙太郎(蚊香蝌蚪→蚊香蛙→牛蛙君) 向日太郎(向日种子→向日花怪) 胡太郎(胡说树) 巨翅太郎(巨翅飞鱼+铁炮鱼群) 波克太郎(波克比，寄放在空木博士研究所) 皮丘(皮丘)(皮卡和丘丘生的蛋孵化出的) 雷公（纯帮手） ※注:虽然都名为太郎，但其实阿金的向日花怪为母的。
登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：8?9?(11)?12~15 ?28~29
第三章的主角，在若叶镇出生，家里住着很多神奇宝贝，和它们如同家人般的生活在一起，被若叶镇的人称为“神奇宝贝少年”。个性草率又冒失，但是爱护神奇宝贝的心却不输给其他人。兴趣是台球、滑板和听小胡桃的广播节目。从空木博士那得到火球鼠。及后第六章里与水晶受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。
小银档案 ：
人物设定：电玩 金、银、水晶、心金、魂银版劲敌
姓名意思：银色
特殊能力：交换之人
性别：男 血型：AB型 出身地：常磐市
年龄：第三章11岁/第五章13岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：12月24日（摩羯座）
拥有的神奇宝贝： 大力鳄(小锯鳄→蓝鳄→大力鳄) 狃拉(狃拉) 黑暗鸦(黑暗鸦) 刺龙王(海刺龙→刺龙王)(以布卢和小蓝交换墨海马，后进化，之后和阿金交换再进化) 圈圈熊(圈圈熊) 暴鲤龙(红色暴鲤龙) 班吉拉(向渡借的班吉拉) 炎帝（纯帮手）
登场章：(第二章)、第三章、第五章、第六章、第九章 登场单行本：(7)?8~9?(11)?12~15?22?24~26,29 金的劲敌，曾被戴面具男子抓走，后和小蓝一块逃离，之后并一直从旁协助小蓝，查出事情的真相。个性冷静，说话不多，但战斗实力深不可测。从空木博士那里偷走小锯鳄，也从大木博士那偷走一个新图鉴。在火红、叶绿篇时被确认是坂木的儿子，并在结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化。
水晶档案 ：
人物设定：电玩 水晶版、心金、魂银版女主角
姓名意思：水晶
特殊能力：捕猎之人
性别：女 血型：A型 出身地：吉花市
年龄：第三章11岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：4月30日(金牛座)
拥有的神奇宝贝： 百万蹦跳(菊草叶→月桂叶→大菊花) 风速蹦跳(风速狗) 天然蹦跳(天然雀) 可拉蹦跳(可拉可拉，后寄放在空木研究所) 派拉蹦跳(派拉斯特) 艾比蹦跳(艾比郎) 迷唇蹦跳(迷唇娃，寄放在空木博士研究所，后领出来) 水君（纯帮手）
登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：10~15˙?27~29
是大木博士为了完成图鉴内容找来的捕获专家。擅长使用各式各样的宝贝球,其实力甚至被传说中的精灵---水君所肯定。于第三章结局完成大木博士完成图鉴的任务。在第六章里与金受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。
芳缘地区
路比档案 ：
人物设定：电玩 红宝石、蓝宝石、绿宝石版男主角
姓名意思：红宝石
特殊能力：华丽之人
性别：男 血型：O型 出身地：黄金市(满金市)
年龄：第四章11岁/第六章12
生日：7月2日（巨蟹座）
诞生石：红宝石
口头禅:Beautiful!Wonderful!
拥有的神奇宝贝： ZUZU（水跃鱼→沼跃鱼→巨沼怪） NANA（土狼犬→大狼犬） COCO（向尾猫→优雅猫） RURU（拉鲁拉斯→奇鲁莉安) (曾寄放在小光那） MIMI（笨笨鱼→美纳斯） POPO（原为兹伏奇社长的漂浮泡泡） 正电拍拍(正电拍拍) (纯帮手) 雪拉比（离开了）
登场章：第四章、第六章
登场单行本：15~22?27~29 第四章的主角，橙华道馆馆长千里的儿子，刚从城都地方搬到丰缘地方，为了挑战华丽大赛而离家出走。虽然很着重外表，但其隐藏的战斗力却不可小觑。从小田卷博士那得到水跃鱼。及后与莎菲雅协助平息丰缘地方的两只超古代神奇宝贝之争斗。在第六章与沙菲雅到边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
沙菲雅档案 ：
本名：小田卷·沙菲雅
人物设定：电玩 红宝石.蓝宝石.绿宝石版女主角
姓名意思：蓝宝石
特殊能力：敏捷之人
性别：女 血型：O型 出身地：未白镇
年龄：第四章10岁/第六章11岁
生日：9月20日（处女座）
诞生石：蓝宝石
拥有的神奇宝贝： 稚稚（火稚鸡→力壮鸡→火焰鸡） 多拉拉（可可多拉→可多拉→波士可多拉） 吼鲸（小田卷博士放养的吼鲸王） 费多多（顿甲） 特罗罗龙（小田卷博士放养的热带龙） 基拉拉（古空棘鱼） 负电拍拍(负电拍拍)(纯帮手)
※注:莎菲雅的火焰鸡为少数母的初选口袋妖怪。
登场章：第四章、第六章
登场单行本：15~22?27~29
第四章的女主角，小田卷博士的女儿，从父亲那得到火稚鸡，看似十分野性，其实原先是个温柔的少女；她以得到丰缘地方的所有练功场的徽章为目标而和路比定下了为期80天的约定；及后与路比协助平息丰缘地方的两只超古代神奇宝贝之争斗；在第六章与路比到战斗边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
米拉特档案 ：
姓名意思：绿宝石
特殊能力：识别之人（识别精灵出生地）
性别：男
血型：AB（RH－）型
出身地：未明（丰缘地区的某个地方）
年龄：第六章11岁 生日：5月31日(双子座)
拥有的神奇宝贝： 蜥蜴王(蜥蜴王)夜巨人(夜巨人) 胡说树(胡说树) 吸盘魔偶(吸盘魔偶) 卡比兽(卡比兽) 巨翅飞鱼(巨翅飞鱼)
登场章：第六章
登场单行本：26~29
米拉特是中文正式译名（龙漫），在网上多译为艾美拉或艾美拉路多，他的英文名是Emerald（绿宝石），日文名则是エメラルド。 第六章战斗边疆篇（绿宝石篇）的主人公，外貌和做事都很奇怪的少年，是丰缘地区真正的第三本图鉴所有者（第三本图鉴曾被小光捡走并使用），本来打算挑战边疆却阴差阳错的破坏了边疆的开幕式，但媒体们却认为这是开幕式吸引人的手段之一，于是在首领们经过商议后决定让他在正式开幕之前挑战作为宣传，而与此同时，一个巨大的阴谋也渐渐浮出了水面...............
新奥地区
迪亚档案 ：
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版男主角
姓名意思：钻石
特殊能力：情感之人
性别：男 出身地：双叶镇
年龄：第七章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、神奇宝贝手表、自行车
拥有的神奇宝贝： 阿鲁(草苗龟→树林龟→土台龟) 阿博(小卡比兽) 盾甲龙→护城龙(神奥地区第六个道馆馆主送的) 象牙猪贝立兹送的
登场章：第七章
登场单行本：30~ 38（上半部分）
第七章的主角之一。虽然作为男主角，却非常没有男主角该有的气质，取代英俊气质的是迪亚异常可爱，天真冷静的性格，做事虽然很慢，但遇到麻烦却会表现出冷静的性格；他和帕鲁一起成长，两个人感情很好，虽然帕鲁时常骂他，打他，但他知道其实帕鲁关心他，帮助他很多，所以他十分珍惜和帕鲁的友谊~~（真是纯洁的友情~~）；他一直很向往小品演说家皮皮大师和胖丁老师，于是经常和帕鲁练习相声；他非常喜欢吃东西，胃口很好，却不见长胖 。
帕鲁档案 ：
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版劲敌
姓名意思：珍珠
性别：男
特殊能力：意志之人
出身地：双叶镇
年龄：第七章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、神奇宝贝手表、自行车
拥有的神奇宝贝： 小火彦(小火焰猴→猛火猴→烈焰猴) 聒噪彦(聒噪鸟) 伦琴彦(伦琴猫) 泳气彦(泳气鼬) 地鼠彦(地鼠) 肯泰彦(肯泰罗)
登场章：第七章
登场单行本：30~38（上半部分）
帕鲁是神奇宝贝特别篇第7章钻石珍珠篇的主角之一。和迪亚从小时候起就是朋友，聪明、机灵而且元气十足的他和同伴迪亚形成鲜明对比，虽然帕鲁经常骂迪亚和打迪亚，但他十分珍惜与迪亚的友谊。不过帕鲁有时的急躁也会让他们陷入麻烦之中。现在有一个师傅—马克士（水系馆主），在与迪亚的相声表演中，帕鲁一般是逗哏。由于从小接受爸爸的熏陶，具有幽默的性格；另外他还会写相声剧本~
贝立兹档案 ：
普拉蒂娜·贝立兹（Platinum.Ojyou）
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版女主角
姓名意思：白金
特殊能力：知识之人
性别：女
出身地：真砂镇
年龄：第七章/第八章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、珍珠戒指、钻石戒指、神奇宝贝手表、自行车、饰品盒、松饼盒
拥有的神奇宝贝： 帝王拿波(波加曼→波皇子→帝王拿波) 烈焰马(小火马→烈焰马) 长耳兔(长耳兔) 雪妖女【崧送的】 帕奇利兹【电磁送阿李然后阿李又转送的】 樱花儿【菜种送的】
登场章：第七章 第八章
登场单行本：30~39~
贝立兹是神奇宝贝特别篇第7章钻石珍珠篇的主角之一，名为普拉蒂娜，由于出身名门望族，所以她的名字很少被公开，在许多场合被称为大小姐。在开始旅行之前，她与父亲都是真砂镇山梨博士的助手，学习的经历让她对神奇宝贝有了充分的了解。她的形象来源于神奇宝贝钻石珍珠的女主角（参照神奇宝贝tv版dp女主角小光）。
小智档案 ：
人物设定：电玩 红、绿、蓝、黄、火红、叶绿版男主角 姓名意思：红色 特殊能力：战斗之人 性别：男 血型：O型 出身地：真新镇 年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁 生日：8月8日（狮子座） 拥有的神奇宝贝： 妙蛙（妙蛙种子→妙蛙花→妙蛙花） 皮卡（皮卡丘） 快泳（蚊香蛙→快泳蛙） 卡比（卡比兽） 暴鲤（暴鲤龙)( 用大钳蟹和小霞换的） 翼龙（化石翼龙） 小布（太阳精灵，经火箭队改造，可根据进化之石自由变换成水精灵、雷精灵、火精灵） ※注:除以上队伍外，小智亦曾收服过零散的口袋妖怪，在此不列出。 登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：1~4˙6~7˙9˙11˙13~15˙23~26,29 第一章和第五章的主角，是一个热爱神奇宝贝的开朗少年，立志成为最强的神奇宝贝训练师。曾在第九届神奇宝贝联盟中获得优胜。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被米拉特、水晶（克丽丝）、金（阿金）、沙菲雅（蓝宝）、路比解除石化。
小茂档案 ：
姓名意思：绿色 人物设定：电玩 红、绿、蓝、黄、火红、叶绿版劲敌
特殊能力：培育之人
性别：男 血型：AB型 出身地：真新镇
年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁
生日：11月22日（天蝎座）
拥有的神奇宝贝： 喷火龙（小火龙→火恐龙→喷火龙） 飞天螳螂(飞天螳螂) 哥达鸭(哥达鸭) 怪力(豪力→怪力)（与小智交换进化） 比雕(比雕) 九尾(九尾) 3D龙(3D龙)
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：1~7˙9˙12~15˙23~26,29
是小智永远的劲敌也是永远的朋友，个性冷静沉着，是大木博士的孙子。曾在第九届神奇宝贝联盟中获得准优胜(第二名)。在第三章就任常磐训练馆馆长。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化
小蓝档案 ：
人物设定：原漫画特别篇自创人物/电玩火红、叶绿版女主角
特殊能力：进化之人
姓名意思：蓝色
性别：女 血型：A型 出身地：真新镇
年龄：第一章11岁/第二章13岁/第三章14岁/第五章16岁/第六章16岁
生日：6月1日（双子座）
拥有的神奇宝贝： 小龟（杰尼龟→卡咪龟→水箭龟） 小胖丁（胖丁） 小皮（皮皮→皮可西） 小百（百变怪） 小墨（墨海马） 小尼多（尼多兰♀）
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：2~3?(4)?5~7?(12)?13~15?23~26, 29
真新镇出生的少女，在5岁时曾被戴面具的男子用凤王抓走，后逃出来。原本是穿着黑色连身裙，于火红、叶绿篇换上全新的服装(即电玩 火红、叶绿版女主角)。个性机智、有点容易得意忘形。后来在第五章结局中被石化。 在第六章中被小金和水晶解除石化。
※注:小蓝原本的造型实际上是参照游戏蓝版中，被取消的角色设定。
小黄档案 ：
人物设定：漫画特别篇自创人物
姓名意思：黄色
全名：イエロー?デ?トキワグローブ（小黄。代。常磐丁香）（Amarillo.Del.Bosque.Verde）
特殊能力：治愈之人
性别：女 血型：A型 出身地：常磐市(常磐森林)
年龄：第一章9岁（第3集中登场）/第二章11岁/第三章12岁/第五章14岁/第六章14岁
生日：3月3日（双鱼座）
拥有的神奇宝贝： 皮卡（小智的冲浪皮卡丘） 小拉拉（小拉达→拉达） 小嘟嘟（叔叔送的 嘟嘟→嘟嘟利） 小毛虫（绿毛虫→铁甲蛹→巴大蝶） 小菊石（小霞送的 菊石兽→多刺菊石兽） 小隆隆（小刚送的 隆隆石→隆隆岩）
登场章：第一至三章、第五章至第六章 登场单行本：3~7?9?11~15?24~26,29
第二章的主角，是个有很长头发的女生。在常磐森林出生，继承了常磐森林所赐予的特殊能力(可用“气”读取神奇宝贝的思想，也可以治愈神奇宝贝)，这个能力每十年传承一次（另外也有传承给渡等人）。曾在常磐森林迷路被小智所救，从而对小智产生好感，后听从小蓝的指示，出发寻找小智。为了保全小智与自己的良好关系，刻意戴上草帽来掩饰她真正的性别。不擅长收服神奇宝贝，也不喜欢让神奇宝贝战斗。过度使用自己的能力后容易打瞌睡。后来在第五章时,由小智将第一代神奇宝贝图鉴交给小黄，并在结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化。
小金档案 ：
人物设定：电玩 金、银、水晶、心金、魂银版男主角
姓名意思：金色
特殊能力：孵化之人
性别：男 血型：B型 出身地：若叶镇
年龄：第三章11岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：7月21日（巨蟹座）
拥有的神奇宝贝： 爆太郎(火球鼠→火岩鼠→火暴兽) 尾太郎(长尾怪手) 蛙太郎(蚊香蝌蚪→蚊香蛙→牛蛙君) 向日太郎(向日种子→向日花怪) 胡太郎(胡说树) 巨翅太郎(巨翅飞鱼+铁炮鱼群) 波克太郎(波克比，寄放在空木博士研究所) 皮丘(皮丘)(皮卡和丘丘生的蛋孵化出的) 雷公（纯帮手） ※注:虽然都名为太郎，但其实阿金的向日花怪为母的。
登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：8?9?(11)?12~15 ?28~29
第三章的主角，在若叶镇出生，家里住着很多神奇宝贝，和它们如同家人般的生活在一起，被若叶镇的人称为“神奇宝贝少年”。个性草率又冒失，但是爱护神奇宝贝的心却不输给其他人。兴趣是台球、滑板和听小胡桃的广播节目。从空木博士那得到火球鼠。及后第六章里与水晶受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。
小银档案 ：
人物设定：电玩 金、银、水晶、心金、魂银版劲敌
姓名意思：银色
特殊能力：交换之人
性别：男 血型：AB型 出身地：常磐市
年龄：第三章11岁/第五章13岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：12月24日（摩羯座）
拥有的神奇宝贝： 大力鳄(小锯鳄→蓝鳄→大力鳄) 狃拉(狃拉) 黑暗鸦(黑暗鸦) 刺龙王(海刺龙→刺龙王)(以布卢和小蓝交换墨海马，后进化，之后和阿金交换再进化) 圈圈熊(圈圈熊) 暴鲤龙(红色暴鲤龙) 班吉拉(向渡借的班吉拉) 炎帝（纯帮手）
登场章：(第二章)、第三章、第五章、第六章、第九章 登场单行本：(7)?8~9?(11)?12~15?22?24~26,29 金的劲敌，曾被戴面具男子抓走，后和小蓝一块逃离，之后并一直从旁协助小蓝，查出事情的真相。个性冷静，说话不多，但战斗实力深不可测。从空木博士那里偷走小锯鳄，也从大木博士那偷走一个新图鉴。在火红、叶绿篇时被确认是坂木的儿子，并在结局中被石化。在第六章中被金和水晶解除石化。
水晶档案 ：
人物设定：电玩 水晶版、心金、魂银版女主角
姓名意思：水晶
特殊能力：捕猎之人
性别：女 血型：A型 出身地：吉花市
年龄：第三章11岁/第六章13岁/第九章16岁
生日：4月30日(金牛座)
拥有的神奇宝贝： 百万蹦跳(菊草叶→月桂叶→大菊花) 风速蹦跳(风速狗) 天然蹦跳(天然雀) 可拉蹦跳(可拉可拉，后寄放在空木研究所) 派拉蹦跳(派拉斯特) 艾比蹦跳(艾比郎) 迷唇蹦跳(迷唇娃，寄放在空木博士研究所，后领出来) 水君（纯帮手）
登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：10~15˙?27~29
是大木博士为了完成图鉴内容找来的捕获专家。擅长使用各式各样的宝贝球,其实力甚至被传说中的精灵---水君所肯定。于第三章结局完成大木博士完成图鉴的任务。在第六章里与金受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。
芳缘地区
路比档案 ：
人物设定：电玩 红宝石、蓝宝石、绿宝石版男主角
姓名意思：红宝石
特殊能力：华丽之人
性别：男 血型：O型 出身地：黄金市(满金市)
年龄：第四章11岁/第六章12
生日：7月2日（巨蟹座）
诞生石：红宝石
口头禅:Beautiful!Wonderful!
拥有的神奇宝贝： ZUZU（水跃鱼→沼跃鱼→巨沼怪） NANA（土狼犬→大狼犬） COCO（向尾猫→优雅猫） RURU（拉鲁拉斯→奇鲁莉安) (曾寄放在小光那） MIMI（笨笨鱼→美纳斯） POPO（原为兹伏奇社长的漂浮泡泡） 正电拍拍(正电拍拍) (纯帮手) 雪拉比（离开了）
登场章：第四章、第六章
登场单行本：15~22?27~29 第四章的主角，橙华道馆馆长千里的儿子，刚从城都地方搬到丰缘地方，为了挑战华丽大赛而离家出走。虽然很着重外表，但其隐藏的战斗力却不可小觑。从小田卷博士那得到水跃鱼。及后与莎菲雅协助平息丰缘地方的两只超古代神奇宝贝之争斗。在第六章与沙菲雅到边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
沙菲雅档案 ：
本名：小田卷·沙菲雅
人物设定：电玩 红宝石.蓝宝石.绿宝石版女主角
姓名意思：蓝宝石
特殊能力：敏捷之人
性别：女 血型：O型 出身地：未白镇
年龄：第四章10岁/第六章11岁
生日：9月20日（处女座）
诞生石：蓝宝石
拥有的神奇宝贝： 稚稚（火稚鸡→力壮鸡→火焰鸡） 多拉拉（可可多拉→可多拉→波士可多拉） 吼鲸（小田卷博士放养的吼鲸王） 费多多（顿甲） 特罗罗龙（小田卷博士放养的热带龙） 基拉拉（古空棘鱼） 负电拍拍(负电拍拍)(纯帮手)
※注:莎菲雅的火焰鸡为少数母的初选口袋妖怪。
登场章：第四章、第六章
登场单行本：15~22?27~29
第四章的女主角，小田卷博士的女儿，从父亲那得到火稚鸡，看似十分野性，其实原先是个温柔的少女；她以得到丰缘地方的所有练功场的徽章为目标而和路比定下了为期80天的约定；及后与路比协助平息丰缘地方的两只超古代神奇宝贝之争斗；在第六章与路比到战斗边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
米拉特档案 ：
姓名意思：绿宝石
特殊能力：识别之人（识别精灵出生地）
性别：男
血型：AB（RH－）型
出身地：未明（丰缘地区的某个地方）
年龄：第六章11岁 生日：5月31日(双子座)
拥有的神奇宝贝： 蜥蜴王(蜥蜴王)夜巨人(夜巨人) 胡说树(胡说树) 吸盘魔偶(吸盘魔偶) 卡比兽(卡比兽) 巨翅飞鱼(巨翅飞鱼)
登场章：第六章
登场单行本：26~29
米拉特是中文正式译名（龙漫），在网上多译为艾美拉或艾美拉路多，他的英文名是Emerald（绿宝石），日文名则是エメラルド。 第六章战斗边疆篇（绿宝石篇）的主人公，外貌和做事都很奇怪的少年，是丰缘地区真正的第三本图鉴所有者（第三本图鉴曾被小光捡走并使用），本来打算挑战边疆却阴差阳错的破坏了边疆的开幕式，但媒体们却认为这是开幕式吸引人的手段之一，于是在首领们经过商议后决定让他在正式开幕之前挑战作为宣传，而与此同时，一个巨大的阴谋也渐渐浮出了水面...............
新奥地区
迪亚档案 ：
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版男主角
姓名意思：钻石
特殊能力：情感之人
性别：男 出身地：双叶镇
年龄：第七章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、神奇宝贝手表、自行车
拥有的神奇宝贝： 阿鲁(草苗龟→树林龟→土台龟) 阿博(小卡比兽) 盾甲龙→护城龙(神奥地区第六个道馆馆主送的) 象牙猪贝立兹送的
登场章：第七章
登场单行本：30~ 38（上半部分）
第七章的主角之一。虽然作为男主角，却非常没有男主角该有的气质，取代英俊气质的是迪亚异常可爱，天真冷静的性格，做事虽然很慢，但遇到麻烦却会表现出冷静的性格；他和帕鲁一起成长，两个人感情很好，虽然帕鲁时常骂他，打他，但他知道其实帕鲁关心他，帮助他很多，所以他十分珍惜和帕鲁的友谊~~（真是纯洁的友情~~）；他一直很向往小品演说家皮皮大师和胖丁老师，于是经常和帕鲁练习相声；他非常喜欢吃东西，胃口很好，却不见长胖 。
帕鲁档案 ：
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版劲敌
姓名意思：珍珠
性别：男
特殊能力：意志之人
出身地：双叶镇
年龄：第七章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、神奇宝贝手表、自行车
拥有的神奇宝贝： 小火彦(小火焰猴→猛火猴→烈焰猴) 聒噪彦(聒噪鸟) 伦琴彦(伦琴猫) 泳气彦(泳气鼬) 地鼠彦(地鼠) 肯泰彦(肯泰罗)
登场章：第七章
登场单行本：30~38（上半部分）
帕鲁是神奇宝贝特别篇第7章钻石珍珠篇的主角之一。和迪亚从小时候起就是朋友，聪明、机灵而且元气十足的他和同伴迪亚形成鲜明对比，虽然帕鲁经常骂迪亚和打迪亚，但他十分珍惜与迪亚的友谊。不过帕鲁有时的急躁也会让他们陷入麻烦之中。现在有一个师傅—马克士（水系馆主），在与迪亚的相声表演中，帕鲁一般是逗哏。由于从小接受爸爸的熏陶，具有幽默的性格；另外他还会写相声剧本~
贝立兹档案 ：
普拉蒂娜·贝立兹（Platinum.Ojyou）
人物设定：电玩 钻石.珍珠.白金版女主角
姓名意思：白金
特殊能力：知识之人
性别：女
出身地：真砂镇
年龄：第七章/第八章12岁
持有物:神奇宝贝图鉴(第5代)、珍珠戒指、钻石戒指、神奇宝贝手表、自行车、饰品盒、松饼盒
拥有的神奇宝贝： 帝王拿波(波加曼→波皇子→帝王拿波) 烈焰马(小火马→烈焰马) 长耳兔(长耳兔) 雪妖女【崧送的】 帕奇利兹【电磁送阿李然后阿李又转送的】 樱花儿【菜种送的】
登场章：第七章 第八章
登场单行本：30~39~
贝立兹是神奇宝贝特别篇第7章钻石珍珠篇的主角之一，名为普拉蒂娜，由于出身名门望族，所以她的名字很少被公开，在许多场合被称为大小姐。在开始旅行之前，她与父亲都是真砂镇山梨博士的助手，学习的经历让她对神奇宝贝有了充分的了解。她的形象来源于神奇宝贝钻石珍珠的女主角（参照神奇宝贝tv版dp女主角小光）。
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在百科里查〔神奇宝贝特别篇〕……
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