哈喽~~我是生态是的新生,想请教一下,玫瑰的SSR引物怎么找啊?好多文献都没有~呵呵,
2个回答
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SSR指的是简单重复序列,它的引物是要根据重复序列两侧的保守序列去开发的。
一般可以通过查阅已经测过序的玫瑰的近源物种的DNA序列来设计,或者通过查阅别人做的玫瑰花近源物种的SSR标记所采用的引物,用到自己的实验中,也会有好的效果。
如果要自己开发的话,那就是个庞大的工程,现在未完全测序物种的SSR引物的开发比较多的是采用EST来开发,具体开发过程,你可以查阅相关文献。
希望对你有帮助
一般可以通过查阅已经测过序的玫瑰的近源物种的DNA序列来设计,或者通过查阅别人做的玫瑰花近源物种的SSR标记所采用的引物,用到自己的实验中,也会有好的效果。
如果要自己开发的话,那就是个庞大的工程,现在未完全测序物种的SSR引物的开发比较多的是采用EST来开发,具体开发过程,你可以查阅相关文献。
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你是做多态性分析吗?若是的话你可以选一些通用的技术,如AFLP,若是做基因型分析的话,你得知道你要做的是玫瑰的哪个基因型啊,你这问题太泛了,别人不好回答哦!最后给你贴个STR的工具库:http://www.gramene.org/db/markers/ssrtool。祝你好运!
参考资料: http://www.gramene.org/db/markers/ssrtool
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