Question

怎样寻找基因启动子区?

Answer 1

基因启动子位于基因转录起始位点的上游几kb的区域内，一般来说启动子区域具有一定的保守序列特征，另外，启动子区域一般还具有比较高比例的GC含量，这些高GC含量的区域组成一些GC岛；如果一个新的基因在不能确定其启动子的情况下，最好在设计PCR引物时，多设计几对，最大限度地将新基因的启动子区域囊括在这些PCR里面。。如：你可以分析一下，得到高GC含量的区域，然后在涵盖这个区域设计一系列的引物，然后PCR。

Answer 2

因为启动子的tRNA是已知的，因此，只需对启动子的tRNA进行标记，然后开始转录。在一个恰当的时候中断肽链的形成，然后可以观察到正好开始时，结合在启动子区的标记tRNA.

Answer 3

基因的启动子区域，是在一段保守序列内的。你可以通过启动子分析网站进行分析定位！没那么复杂！

Answer 4

DNA聚合酶开始定位的位置

追问

是这样的,我想设计目的基因的启动子和各外显子引物,然后PCR扩增,具体怎么操作?新手上路,请多指教.谢谢.

追答

PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成： 　　①模板DNA的变性：模板DNA经加 热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备； 　　②模板DNA与引 物的退火(复性)：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合； 　　③引物的延伸：DNA模板--引物结合 物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需 2～4分钟，2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。到达平台期(Plateau)所需循环次数取决于样品中模板的拷贝。 　　PCR的反应动力学 PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩增量呈指数上升。反应最终的DNA 扩增量可用Y＝(1＋X)n计算。Y代表DNA片段扩增后的拷贝数，X表示平(Y)均每次的扩增效率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%， 但在实际反应中平均效率达不到理论值。反应初期，靶序列DNA片段的增加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，被扩增的DNA片段不再呈指数增加，而进 入线性增长期或静止期，即出现“停滞效应”，这种效应称平台期数、PCR扩增效率及DNA聚合酶PCR的种类和活性及非特异性产物的竟争等因素。大多数情况下，平台期的到来是不可避免的。