名侦探柯南主线集数
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001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下药变小)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）
004大都会暗号拦桥改地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
柯南主要人物043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一消猜次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
简判226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器）
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律）
394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
最精彩的一个系列，不可不看
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了……）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件）
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案）
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑）
580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇)）
219 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德★
356 怪盗基德之奇异的空中步行★
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇的大冒险（解决篇)
469 基德与四幅名画（前篇)
470 基德与四幅名画（后篇)
472 工藤新一少年时的冒险（前篇)【第一代怪盗基德登场】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇)【儿时黑羽快斗登场】
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇)（柯南回忆）
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
627柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）
628柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）
004大都会暗号拦桥改地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
柯南主要人物043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
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128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
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170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一消猜次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
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254 本厅刑事恋爱物语4（下集）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器）
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259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律）
394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
最精彩的一个系列，不可不看
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了……）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件）
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案）
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑）
580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇)）
219 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德★
356 怪盗基德之奇异的空中步行★
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇的大冒险（解决篇)
469 基德与四幅名画（前篇)
470 基德与四幅名画（后篇)
472 工藤新一少年时的冒险（前篇)【第一代怪盗基德登场】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇)【儿时黑羽快斗登场】
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇)（柯南回忆）
586 黑暗中消失的麒麟之角
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628柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
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1、2、4
新一在与兰去游乐场玩时目睹了组织的地下交易，被琴酒、伏特加发现，强行灌药变小。新一将此事告知阿笠博士，后决定隐藏身份，化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家，转入帝丹小学。
5
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号，并阻止了新干线爆炸。（对应动画被修改为与组织无关）
43
工藤优作、有希子夫妇得知柯南身份。
48-49
柯南意外短暂恢复。服部平次开始怀疑柯南身份。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被误杀，线索中断。
57-58
服部破解柯南身份，二人开始合作。
128-129
琴酒杀害明美。志保服药变小并逃离组织寄住博士家，化名灰原哀转入帝丹小学。
176-178
哀身份被组织成员晌烂皮斯克发现，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德息影并在日本定居。
170-171
柯南解决医生新出智明的父亲被杀一案。
- 茱蒂追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
贝尔摩德制造车祸企图害死新出一家，但新出家被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出医生的身份。
226-227
茱蒂与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到茱蒂、新出、秀一。哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，准备一死了之，被柯南救下。秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
詹姆斯·布莱克与柯南等人结识，后被秀一接走。詹姆斯也发现柯南不一般。
269-270
高木涉刑警提到与小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。秀一监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI。贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉，并向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南不安。他基本肯定克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂是克丽丝。服部鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，但没有收获。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样（后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入假新出的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀）。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应是秀一和新出。
289-290
哀提到沼渊己一郎曾是组织成员。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从委托人的谈话中柯南了解到他就是龙舌兰接触的对象，但板仓已身亡。柯南获得板仓的日记，里面提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”。柯南试图冒充板仓与伏特加接头，但被琴酒识破而失败，险些被抓。
329-330
博士提到厚司是有名的疯狂科学家，而艾莲娜是英国留学生，组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。秀一对着哀的照片说了一句“真是太像了”。
338-339
哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，秀一也跟踪而来。博士借茱蒂的车将哀送回家，并找新出给哀看病。贝尔摩德发现哀下落，并在博士家安了窃听器。
340-341
柯南找到明美所藏、艾莲娜留给哀的录音带，还没怎么听就交给哀。录音中提到了某件令哀震惊的事。
贝尔摩德找卡尔瓦多斯来帮忙策划行动。
343-344
茱蒂辞去教师职务。兰在茱蒂家意外发现镜后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成新一赴会，而自己在有希子的帮助下化妆成念数哀试图和组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱仔谨首蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让卡尔瓦多斯向兰开枪，并叫兰Angel。卡尔瓦多斯自尽。贝尔摩德逃脱赤井的追捕，并向组织其他人隐瞒了柯南和哀的事。柯南听到了贝尔摩德给组织Boss“那位先生”发邮件时的按键音。
346-347
茱蒂设法瞒过了兰。哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出回归。
374-375
385-387
394-396
柯南在一系列案件中发现按键声的旋律为《七个孩子》，并推出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员基尔，之后与FBI阻止了组织暗杀土门康辉和小五郎的行动。水无重伤昏迷，被FBI控制在杯户中央医院。
429
本堂瑛祐转到兰的班上。
462-465
贝尔摩得去水无出事目击者家调查，引起柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时刻意把话题引向水无，并希望柯南等人前去调查，引起柯南的警觉。组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南得到一张瑛祐父亲的照片。瑛祐及水无的身份逐渐清晰。
491-492
495-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐——与水无长相完全相同的本堂瑛海，怀疑水无是藏起自己姐姐的坏人。
组织派楠田陆道混入杯户中央医院调查。水无承认为CIA卧底和瑛祐的姐姐瑛海，同为CIA的父亲也是CIA的卧底，4年前为掩护瑛海殉职，并答应柯南、秀一的计划。楠田自尽，水无按计划回到组织，为取得组织信任“枪杀”秀一。
507-508
瑛祐得知柯南身份，之后留学美国。
509
水无急报组织派出了厉害的侦探波本。
510-511 冲矢昴在柯南的允许下住进新一家，但哀对冲矢产生对组织的反应。冲矢的推理能力很强，是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及秀一爱喝波本酒。
578-581
伤疤男再现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给小五郎。同时茱蒂在商场收到了“这里很危险，快逃”的提醒。琴酒等人赶到，伤疤男在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩得带来Boss的撤退命令。
646-647
自称侦探的世良真纯转到兰的班上，对新一的能力似乎很有兴趣。
648-650 柯南发现世良很像一个人，并觉得世良对自己很在意，但认为世良不是坏人。
651 茱蒂、卡迈尔感觉世良很像某个人；詹姆斯则一眼看出世良是女孩。
656-657
世良对哀表现出兴趣，并打听冲矢的情况。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后主动拜小五郎为师。
671-674
安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。事后贝尔摩得联络波本，认为波本已取得毛利一行人充分信任。似乎波本就是这三人其中之一。
冲矢的一句“不要露出那种表情”让哀相当在意。
675-676
世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤男的存在后对其相当关注。
哀想起冲矢的那句话和曾在组织卧底的诸星大（即秀一）的用语十分相似，之后哀对冲矢逐渐信任。
681-683 安室为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友。
684-685 哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密。
690-691
世良在新一家发现女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份。后根据柯南的叙述得知女性线索柯南为有希子所留。冲矢得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，内心独白“果然我是个坏孩子呢”。
699-700
哀为救步美三人而短暂恢复为志保，结果被世良、安室、冲矢得知志保将搭乘神秘列车。
701-704 组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩得发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室发现柯南使用麻醉针。贝尔摩得劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室救少年侦探团于险境，冲矢通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰回忆起似乎与世良见过，而且与涟漪有关。
731-732 宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩得假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760 世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”，并破坏了柯南安装的窃听器。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783
波本在贝尔摩得的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
786-787 “领妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领妹”表示柯南未必符合她的期待。
792-793 哀透露朗姆为组织No.2，一只眼为义眼。
827-828 柯南发现世良或“领妹”的本名可能为“Mary”。
837 安室回忆赤井杀死了公安卧底苏格兰。
844 柯南发现哀与“领妹”长相相似。
850
861-864
866-867
哀提到羽田秀吉的义兄羽田浩司是APTX4869名单上一员，柯南和赤井推理认为浩司被朗姆嫌疑人浅香杀害。
世良与“领妹”都很关心浩司案件，“领妹”得知柯南使用变声器破案，世良称其为“妈妈”。
贝尔摩得与波本刺探疑似与浅香有关的歌词，但其与组织无关。
新一在与兰去游乐场玩时目睹了组织的地下交易，被琴酒、伏特加发现，强行灌药变小。新一将此事告知阿笠博士，后决定隐藏身份，化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家，转入帝丹小学。
5
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号，并阻止了新干线爆炸。（对应动画被修改为与组织无关）
43
工藤优作、有希子夫妇得知柯南身份。
48-49
柯南意外短暂恢复。服部平次开始怀疑柯南身份。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被误杀，线索中断。
57-58
服部破解柯南身份，二人开始合作。
128-129
琴酒杀害明美。志保服药变小并逃离组织寄住博士家，化名灰原哀转入帝丹小学。
176-178
哀身份被组织成员晌烂皮斯克发现，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德息影并在日本定居。
170-171
柯南解决医生新出智明的父亲被杀一案。
- 茱蒂追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
贝尔摩德制造车祸企图害死新出一家，但新出家被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出医生的身份。
226-227
茱蒂与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到茱蒂、新出、秀一。哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，准备一死了之，被柯南救下。秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
詹姆斯·布莱克与柯南等人结识，后被秀一接走。詹姆斯也发现柯南不一般。
269-270
高木涉刑警提到与小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。秀一监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI。贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉，并向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南不安。他基本肯定克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂是克丽丝。服部鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，但没有收获。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样（后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入假新出的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀）。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应是秀一和新出。
289-290
哀提到沼渊己一郎曾是组织成员。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从委托人的谈话中柯南了解到他就是龙舌兰接触的对象，但板仓已身亡。柯南获得板仓的日记，里面提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”。柯南试图冒充板仓与伏特加接头，但被琴酒识破而失败，险些被抓。
329-330
博士提到厚司是有名的疯狂科学家，而艾莲娜是英国留学生，组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。秀一对着哀的照片说了一句“真是太像了”。
338-339
哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，秀一也跟踪而来。博士借茱蒂的车将哀送回家，并找新出给哀看病。贝尔摩德发现哀下落，并在博士家安了窃听器。
340-341
柯南找到明美所藏、艾莲娜留给哀的录音带，还没怎么听就交给哀。录音中提到了某件令哀震惊的事。
贝尔摩德找卡尔瓦多斯来帮忙策划行动。
343-344
茱蒂辞去教师职务。兰在茱蒂家意外发现镜后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成新一赴会，而自己在有希子的帮助下化妆成念数哀试图和组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱仔谨首蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让卡尔瓦多斯向兰开枪，并叫兰Angel。卡尔瓦多斯自尽。贝尔摩德逃脱赤井的追捕，并向组织其他人隐瞒了柯南和哀的事。柯南听到了贝尔摩德给组织Boss“那位先生”发邮件时的按键音。
346-347
茱蒂设法瞒过了兰。哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出回归。
374-375
385-387
394-396
柯南在一系列案件中发现按键声的旋律为《七个孩子》，并推出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员基尔，之后与FBI阻止了组织暗杀土门康辉和小五郎的行动。水无重伤昏迷，被FBI控制在杯户中央医院。
429
本堂瑛祐转到兰的班上。
462-465
贝尔摩得去水无出事目击者家调查，引起柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时刻意把话题引向水无，并希望柯南等人前去调查，引起柯南的警觉。组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南得到一张瑛祐父亲的照片。瑛祐及水无的身份逐渐清晰。
491-492
495-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐——与水无长相完全相同的本堂瑛海，怀疑水无是藏起自己姐姐的坏人。
组织派楠田陆道混入杯户中央医院调查。水无承认为CIA卧底和瑛祐的姐姐瑛海，同为CIA的父亲也是CIA的卧底，4年前为掩护瑛海殉职，并答应柯南、秀一的计划。楠田自尽，水无按计划回到组织，为取得组织信任“枪杀”秀一。
507-508
瑛祐得知柯南身份，之后留学美国。
509
水无急报组织派出了厉害的侦探波本。
510-511 冲矢昴在柯南的允许下住进新一家，但哀对冲矢产生对组织的反应。冲矢的推理能力很强，是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及秀一爱喝波本酒。
578-581
伤疤男再现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给小五郎。同时茱蒂在商场收到了“这里很危险，快逃”的提醒。琴酒等人赶到，伤疤男在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩得带来Boss的撤退命令。
646-647
自称侦探的世良真纯转到兰的班上，对新一的能力似乎很有兴趣。
648-650 柯南发现世良很像一个人，并觉得世良对自己很在意，但认为世良不是坏人。
651 茱蒂、卡迈尔感觉世良很像某个人；詹姆斯则一眼看出世良是女孩。
656-657
世良对哀表现出兴趣，并打听冲矢的情况。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后主动拜小五郎为师。
671-674
安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。事后贝尔摩得联络波本，认为波本已取得毛利一行人充分信任。似乎波本就是这三人其中之一。
冲矢的一句“不要露出那种表情”让哀相当在意。
675-676
世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤男的存在后对其相当关注。
哀想起冲矢的那句话和曾在组织卧底的诸星大（即秀一）的用语十分相似，之后哀对冲矢逐渐信任。
681-683 安室为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友。
684-685 哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密。
690-691
世良在新一家发现女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份。后根据柯南的叙述得知女性线索柯南为有希子所留。冲矢得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，内心独白“果然我是个坏孩子呢”。
699-700
哀为救步美三人而短暂恢复为志保，结果被世良、安室、冲矢得知志保将搭乘神秘列车。
701-704 组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩得发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室发现柯南使用麻醉针。贝尔摩得劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室救少年侦探团于险境，冲矢通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰回忆起似乎与世良见过，而且与涟漪有关。
731-732 宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩得假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760 世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”，并破坏了柯南安装的窃听器。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783
波本在贝尔摩得的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
786-787 “领妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领妹”表示柯南未必符合她的期待。
792-793 哀透露朗姆为组织No.2，一只眼为义眼。
827-828 柯南发现世良或“领妹”的本名可能为“Mary”。
837 安室回忆赤井杀死了公安卧底苏格兰。
844 柯南发现哀与“领妹”长相相似。
850
861-864
866-867
哀提到羽田秀吉的义兄羽田浩司是APTX4869名单上一员，柯南和赤井推理认为浩司被朗姆嫌疑人浅香杀害。
世良与“领妹”都很关心浩司案件，“领妹”得知柯南使用变声器破案，世良称其为“妈妈”。
贝尔摩得与波本刺探疑似与浅香有关的歌词，但其与组织无关。
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001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一宏掘出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘蔽含核密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归老肢）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一宏掘出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘蔽含核密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归老肢）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
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以下是1到745的主线剧情
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来数指自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪销毕雹的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下亏帆集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来数指自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪销毕雹的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下亏帆集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
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1．云霄飞车杀人事件 黑衣组织出现
76．柯南对怪盗基德 怪盗基德出现
128．黑衣组织10亿元抢劫事件 黑衣组织出现
129．来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 黑衣组织出现
132．魔术爱好者杀人事件（事件篇） 基德出现 但是伪装了
133．魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） 基德出现 但是伪装了
134．魔术爱好者杀人事件（解决篇） 基德出现 但是伪装了
176．与黑暗组织的再会（灰原篇） 黑衣组织出现凯枯
177．与黑暗组织的再会（柯南篇） 黑衣组织出现
178．与黑暗组织的再会（解决篇） 黑衣组织出现
219．被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德 基德出现
226．格斗游戏的陷阱（前篇） FBI出现
227．格斗游戏的陷阱（后篇） FBI出现
230．神秘的乘客（前篇） 黑衣组织（新出医生，贝尔摩德假扮）FBI（朱蒂，秀一）
231．神秘的乘客（后篇） 同上
254．总局刑警恋爱物语4（后篇） FBI出现
258．来自芝加哥的男子（前篇） FBI出现
259．来自芝加哥的男子（后篇） FBI出现
267．情人节的真相（推理篇） FBI出现
270．犯罪的纪念品（后篇） FBI出现
271．情急之下的应变之道（前篇） FBI出现
272．情急之下的应变之道（后篇） 黑衣组织，FBI出现
274．幽灵屋的真相（前篇） 黑衣组织出现
277．英语教师VS西部空灶名侦探（前篇）FBI（朱蒂出现）
278．英语教师VS西部名侦探（后篇） FBI
284．中华街的雨中幻影（前篇） FBI（秀一 小兰的幻影）
288．工藤新一纽约事件（解决篇） 黑衣组织(温莎，也就是贝尔摩德出现)，FBI（秀一出现）
289．光彦森林迷失记（前篇）黑衣组织出现（原来那杀人犯也是。。）
290．光彦森林迷失记（后篇） 黑衣组织出现 同上
307．残留下来的无声证言（前篇）黑衣组织出现
308．残留下来的无声证言（后篇）黑衣组织，FBI出现
309．接触黑色组织（交涉篇） 黑衣组织，FBI出现
310．接触黑色组织（追踪篇） 黑衣组织出现
311．接触黑色组织（决死篇） 黑衣组织，FBI出现
335．东都现象所的秘密（前篇） FBI出现 （秀一在跟踪）
336．东都现象所的秘密（后篇） FBI出现 同上
338．四辆保时捷（前篇） FBI出现（秀一跟踪）
339．四辆保时捷（后篇） FBI出现，黑衣组织出现
340．隐藏在厕所中的秘密（前篇） 黑衣组盯亏洞织出现
341．隐藏在厕所中的秘密（后篇） 黑衣组织出现
343．便利商店的陷阱（前篇）FBI出现
344．便利商店的陷阱（后篇）FBI出现
345．与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ FBI出现 黑衣组织出现 这集值得一看
关于LZ的问题 我先回答到这儿 之后的 百度百科里其实都有。。。。。也有标识。。可以自己去看了
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