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没有什么好不好的，看你熟悉使用哪一版的，一般来说版本越高功能越强大，但是这些强大的功能你未必能用得上。在精度方面高版本的matlab有很大提高，算法稍有改进，I/O接口方面也有增强，但是确实没有什么太大的感觉（个人观点）。现在matlab和win7系统的兼容性很好，至少7.0和7.1可以在win7上跑，6.5就不知道了，但是要注意系统是64位还是32位的。
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