根据考古专家的研究，光绪帝确实是被慈禧下毒害死。
光绪帝是慈禧扶上皇位的傀儡皇帝，慈禧自己的儿子同治帝死后，慈禧就让光绪帝继位，但朝政大权一直在慈禧手中。
光绪也想改变自己傀儡皇帝的命运，所以就支持康有为等人进行维新变法，但最终变法不足一百天就被慈禧太后叫停，宣布维新党人是叛党，随后开始诛杀维新党人，光绪帝也被慈禧监禁，所以慈禧和光绪政见不合，也可以说是仇人。
1908年慈禧病重，光绪曾在日记中写道，如果慈禧去世，自己会先杀掉李莲英和袁世凯，这段日记被李莲英得知，并报告了慈禧。慈禧知道后非常生气，而且有些胆战心惊，自己一旦去世，朝中大权确实会落入光绪手中，光绪对自己恨之入骨，不仅会杀掉李莲英和袁世凯等人，也许还会命人开馆鞭尸，想到这里慈禧认为必须要让光绪帝死在自己前面。随后年仅38岁的光绪帝去世，22个小时之后，慈禧去世，两人去世的时间相差不到一天。
自从光绪去世之后，人们一直议论光绪是被慈禧毒死的的，但一直没有证据，2008年考古专家开始研究光绪帝的死因，专家用现代的法医手法进行验证，在光绪帝头发里和遗骨等地方，发现大量的砒霜，正常人服用60到200毫克砒霜就会去世，而专家仅在光绪帝的头发和衣服上等地方就发现了201毫克砒霜，证明光绪帝确实是中毒身亡。
光绪帝是砒霜中毒而死，但是谁是凶手至今还是个谜，比较符合条件有慈禧、李莲英和袁世凯。有专家检验过光绪帝的头发，发现他并不是病死的，而是死于砒霜中毒，因此光绪帝死因成为清朝一大谜团，至于谁毒害了光绪帝还无从得知。
首先来分析下慈禧毒害光绪帝的可能性，光绪虽然尊称为慈禧为母后，但慈禧跟他并不是母子，慈禧衰老病重时，怕光绪帝在她死后重掌朝政，所以事先将光绪毒死。
慈禧身边太监李莲英也是谋害光绪帝的疑凶，他曾偷偷听到光绪帝说过，等慈禧一死，就处死李莲英和袁世凯，李莲英因怕死才会给光绪下毒。
最后一个嫌疑人是袁世凯，袁世凯怕光绪帝在慈禧死后重掌政权，所以先下手为强，这点在溥仪的《我的前半生》里有记载，书中说光绪帝是在服用袁世凯送的药后驾崩的，可见袁世凯应该就是害死光绪的真凶。
