Question

来る的 变法 こよう的时候こよう这3个字连读1个音吗？还是こ跟よう这样分开读2个音？

Answer 1

こ跟よう这样分开读没错，不过，这是一个三拍子，也就是三个假名的音长。
只是~う是长音符号，本身不发う的音，就是读よ的时候，拉长一拍。

Answer 2

是こ跟よう这样分开读2个音

Answer 3

こよう是来る的意志型，こよう不是拗音（拗音是那些如しゃ、しゅ、しょ等，第二个假名是小写的，读法才连读一个音节），因为こよう不是拗音，所以こ跟よう这样分开读2个音。