大战魔王·远吕智数年后，八头的巨大妖蛇出现。与妖蛇呼应而集结，平清盛率领的妖魔军消灭了许多英雄豪杰。在存活下来的司马昭、马超、竹中半兵卫面前，拥跨越时空能力的仙女·辉夜姬出现了。
三人为救回同伴，借其力量回到过去，逐拯救各方英雄豪杰。讨伐军回到过去，并成功抓住妲己。但是，为了保护她，讨伐军被消灭前的英雄豪杰视为敌人。激战后双方终于解开误会，达成和解。
但邪恶的力量又再度融合，成为绝对的破坏神，真·远吕智复活。在素戋鸣等仙界军的全面协助下，众英雄豪杰击溃真·远吕智，赢得了充满希望的未来。
另一方面，在让世界获得和平的众英雄豪杰的面前，出现神秘的假武将，试图挑起战乱。在融合世界里，新的事件正逐渐进行中。
完好无缺的神镜昔日由统领仙界的天帝持有。天帝在与魔物大战时，虽已遭远吕智杀害，但伏羲等人为获得神镜，决定改变该段历史。
虽一度让仍在制造混乱的玉藻前脱逃，但神镜的力量，揭穿了其九尾狐的真面目。英雄豪杰众人追击妖气冲天的九尾狐，终于成功封印。世间回归和平。
普通结局：普通结局是远吕智讨灭战，素戋呜击退站，真远吕智讨灭战过关之后的结局。
真结局：真结局是火口决战，真古志城前哨战，真古志城大决战过关之后的结局。
扩展资料
角色设定：
1、玉藻前：妖蛇死后，突然出现的妖艳美女。气宇轩昂，对人类抱有很强的仇恨，在战乱中，以产生的负面感情为粮食活着。
2、九尾狐：有着人类的样子，与狐狸的耳朵和尾巴的魔性相配合。腰部有9条尾巴生出，这些尾巴可像武器一样自在操纵。
3、神农：掌管医药和农业的仙界人物，半透明的身体是由于确定药草的功效后的结果。
游戏描述在与魔王远吕智的战斗结束之后，在无双武将们的努力下，成功将远吕智所创造的异世界粉碎，让三国、战国与仙界各自回归本位。
在与《无双大蛇·魔王再临》中的真蛇远吕智结束战斗的数年后，这份和平再度被打破，随着巨大怪物妖蛇的突然出现，城镇纷纷遭到袭击吞噬，整个世界再度陷入一片浑沌之中，同时妖魔们更聚集在秘密复活的魔人平清盛之下，并呼应妖蛇的行动不断袭击人们。
角色设定
在游戏中，原《真·三国无双》系列的赵云、关羽、曹操等人和《战国无双》系列的织田信长、真田幸村、上杉谦信等人都会登场。还包括东方神话中的孙悟空、唐三藏等人以及；包括《死或生》中的人物“霞”，神秘角色“应龙”等人。可使用角色数量达到了系列最高的132人。
此外，还有无双系列以外作品的角色登场，分别是《忍者龙剑传》系列的隼龙、《剑刃风暴：百年战争》的贞德、《特洛伊无双》的阿喀琉斯、《死或生》系列的绫音以及《龙士传说》系列的内梅亚等等，游戏中拥有一种名为“武将技”的设定。
普通结局就是大家干掉了大蛇 但是世界已经被大蛇毁坏了
真结局是须佐之男创造了一个新世界 把大家全都送回原来的位面了 然后谁也不记得谁
