Question

怎样用r程序分割fasta文件

Answer 1

前几天在柳城博客中看到《Perl处理Fasta序列的又一实例》一文。我以前就听说在生物医药领域perl使用极其广泛。我不懂生物学，是凑热闹的。
文章中给出了一段Perl脚本用来将一个fasta文件中的序列每两条一组分割成若干个文件。用Perl处理文本文件当然是非常合适的。我也经常处理文本文件，例如LabWindows程序采集的数据，不过一直使用Python，近期也没有学习Perl的计划，语言学得太多了反而容易把自己搞糊涂。Python非常好用，但是在进行一些简单的文本处理时不够方便，所以有时使用sed+awk作为补充。
对于上面提到的文章所述的例子，我试着用awk来手兆做（在Windows XP下用GnuWin32提毕激租供的awk）：
C:\LAB>awk "/^>/ && i++%2==0{j++} {print > \铅滚"out_file\" j \".txt\"}" in_fasta.txt
似乎达到了要求。