Question

如何查询某个基因片段的甲基化位点

Answer 1

找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：
1. MSP,亚硫酸氢盐转化后,将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中,进行测序（金标准）.挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化.大概可以测400+片段,但是问题是没有办法太精确,因为测得越多越精确,测太多太贵.
2. 焦磷酸测序,这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序,亚硫酸氢盐转化后,对于启动子片段进行PCR扩增,测序,测出甲基化程度,仪器中Q24有FDA的认证,可以合作开发开发试剂盒.大概可以测60-70bp片段,胜在快速和稳定,但是引物设计成功率不高50%左右,适合小样本.
3. MassARRAY平台进行甲基化检测,用的是质谱法,也是亚硫酸氢盐转化,针对目标片段可以最多到500bp,但是问题是要求样本量一般比较大,位点数*样本数要等于384才好做,至少大于300因为那东西一张片子384,用两次就废了,一周不用完也废了.
4. 甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错.
5. 甲基化测序,这个比较高端,也比较贵,25000一个,一般来说是去筛选未知的一些甲基化位点的方式,全基因组范畴,效果拔群.