税收争议的产生原因
税收立法存在的缺陷
（1）由于经济管理体制的多种原因，税收法律法规虽有规定，但是实际可操作性不强或是没有可操作性。例如我国当前对部分纳税人实行定期定额征收管理，虽然这极大的方便了纳税人的纳税和税务机关的管理，但由于缺乏较强操作性的定税标准，常常引起同行业、同地段纳税人对其纳税定额的争议。而且对于此类纳税人依照征管法规定和其他相关规定应如实申报其应税销售额或应纳税所得额，当纳税人超过应税销售额或应纳税所得额时应当补缴税款，而当纳税人未超过应税销售额或应纳税所得额仍得缴纳核定的税款，很容易引起争议。
（2）税收法律法规虽有规定但是缺乏相应的具体规定和配套措施，造成税务机关工作人员以及纳税人、扣缴义务人因不同的理解导致不同的处理结果，从而引起争议。
（3）税收法律法规没有规定。由于我国市场经济发展迅速而作为经济体制重要部分的税收法律法规的理论研究相对滞后，对刚刚出现的一些新问题新现象没有纳入到现行的税收征管法律体系之中，造成税务机关与纳税人对新现象认识的不同产生冲突。
（4）税收法律法规规定与其他行业法律法规、行业标准相脱节，如金融、烟草、石油等，造成纳税人、扣缴义务人出现双向违法的现象，遵守税收法律法规就会违反行业法律法规受到处罚，遵守其他行业法律法规就会违反税收法律法规受到处罚导致纳税人扣缴义务人与税务机关产生争议。
（5）税收法规中的部分条款规定不符合效率公平原则，欠缺对行政相对人层面的考虑。例如税收法规中关于涉及税收行政处罚的条款都只是对应受处罚行为的简单列举规定过于原则性，未对税务行政相对人违法行为划分层次，处罚幅度也模糊的规定为“并处不缴或应缴税款的50%以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”，而对于处罚50%以上五倍以下这个幅度所对应的违法行为没有明确规定，致使税务机关及其工作人员的自由裁量权过大，可能会出现行政处罚的不公平。
纳税人、扣缴义务人原因
（1）纳税人、扣缴义务人对税收法律法规不了解或解读错误。虽然近几年纳税人对税收法律知识的通过税务机关、媒体的宣传以及其他途径的了解对税收法律法规的认识有了很大的提高，但是由于纳税人的文化程度、知识结构、心理状态等因素的影响对于税收法律法规的理解难免会出现偏差或错误，从而导致与税务机关产生争议。
（2）作为纳税人之所以进行生产经营的目的是为了追求利益最大化，而出于此目的部分纳税人往往就想方设法逃避纳税义务。这些纳税人经常自己或者挑唆别人通过一些非正常手段纠缠税务机关及其工作人员减轻自己的纳税义务，达不到目的就四处上访，从而引起税务争议。
（3）纳税人对同行业、同地域的税收管理的自我判断存在误区而产生的争议。
税务机关及其工作人员原因
（1）税收管理员素质参差不齐对税收日常管理中的一些问题处理可能存在差异，可能导致在处理同一问题上不同的税收管理人员处理结果不一致的现象，从而引发与纳税人、扣缴义务人的争议。
（2）税收管理手段与税收管理体制的冲突。虽然现在我们国税系统在依托现代化技术方面处于全国领先地位，但税收信息化系统于传统的管理体制间仍然有很大矛盾，两者缺乏有效的衔接引起与纳税人、扣缴义务人的争议。
（3）税收管理观念过于陈旧。虽然服务纳税人的观念在我们税务机关已经深入人心，但对于如何服务纳税人仍存在着这样那样的问题，有部分的税务工作人员仍然用沿用以往的税收征管手段和理念去管理纳税人与我们税务管理发展的方向相悖。
（4）现行的一些管理规范设置的环节过多手续过于繁琐，导致纳税人的不便从而引起争议。
（5）当前运行的综合税收征管软件偏重于对税务人员的监控，部分环节设置没有做到方便纳税人，反而给纳税人带来不便，引起纳税人与税务机关的争执。综合征管软件上线以来对于规范税收征收管理和提高工作效率起了极大的推动作用，但是在服务纳税人方面显然考虑不够，从而给纳税人到了了很多不便。
（6）作为执法主体的税务工作人员的法律素质不够全面，常常引起不必要的税收争议/我们的税务执法人员对于税收程序法和税收实体法十分熟悉，但是对于其他法律法规知识相对缺乏了解会在不经意间侵犯到纳税人的其他合法权益。
（7）国税、地税之间由于处于对自身利益的考量，对纳税人的税收管辖问题特别是企业所得税、营业税和增值税范围的区分经常引起国税、地税和纳税人三方的争议。
（8）税务机关在纳税宣传过程中缺乏对纳税人过于强调纳税义务，而忽略了纳税人的权利宣传，使其缺乏一个正确的纳税观念。而且纳税宣传只停留在固定的时间、固定的内容和固有的方式上缺乏新意不易让纳税人的接受。
（9）经济发达地区与经济欠发达地区对税源管理宽严程度不同引起和税收争议。一般而言，经济发达地区由于税收收入任务完成情况相对比较容易，偏重于对主体税源、大宗税源和重点税源的管理，对小税源和零星税源管理偏松，小税源和零星税源的税收环境相对宽松。而经济欠发达地区由于大宗税源比较缺乏，完成收入任务的难度比较大，存在着“大宗税源不足零散补”的收入观念，在收入工作中习惯于“既抱西瓜拣芝麻”，抓大不放小，热衷于集贸市场、个体商户和零星税收的管理，出现了“越穷越收、越收越穷”的现象，由此引发经济欠发达地区的税收争议。
其他当事人的原因
（1）纳税人在破产清算后，其他债权人对于债权提出的主张权利的要求而引起的争议。这类争议的原因主要产生的原因是对于不同债权在行使权力时清偿顺序的争议。
（2）作为税务机关为追缴税款而行使代位权而与纳税人的债务人引起的争议，产生争议的主要原因是如何判断作为债权人的纳税人怠于行使其债权威胁到税款征收，涉及民事担保的于其他债权人关于清偿顺序和债权的最终行使问题。
