Question

佛祖是那位？ 是释迦牟尼，还是南无释迦牟尼 ，称曰：“南无本师释迦牟尼佛”，和 如来佛 是什么关系

Answer 1

佛祖就是释迦牟尼，至于“南无”，相当于“皈依、礼敬”，也可以粗浅的理解为“伟大的、尊敬的”。南无本师释迦牟尼佛是完整的佛祖的名号。之所以加上“本师”一词，那是为了强调佛祖是我们的根本老师。
另外，“如来”是“佛”的另一名号，每一位成佛的人都具有“十大名号”：如来、应供、正遍知、明行足、善逝、世间解无上士、调御丈夫、天人师、佛、世尊，你可以理解为“如来”是一种成佛者的泛称，用个不尊敬的比方来理解，“如来”就相当于“教授”的头衔，“王教授”是“教授”，“李教授”也是“教授”，但是“教授”并不是“李教授”也不是“王教授”。所以释迦牟尼是“如来”、阿弥陀佛也是“如来”，药师佛也是“如来”，只不过因为《西游记》电视连续剧的影响，大家都以为“如来佛祖”=释迦牟尼，这是认知上的误差。

Answer 2

你对佛用语尚缺乏了解：
1. 所言的佛祖指释迦牟尼佛，释迦牟尼是其称呼。
2. 南无一词是根据古梵语音译，意为归向、顶礼之意。
3. 本师是根本老师之意。因释迦牟尼佛为此世界第四位下生佛，为贤劫世界佛教创始人与大教 化主，因而被称为世人之本师或世尊。
4. 如来即一切诸佛之称，是证得大涅槃境界的觉悟者的称号，意为本该如此、无始由来之意；可作法王理解。如来与佛是重复相称，一般不称如来佛，那是不合理的。
望你日后不再误解我佛名号，阿弥陀佛！